Programų kūrimo metodologija.

Šis kursas galėtų būti prerekvizitas tiems kursams, kuriuose praktikos
darbų metu studentai turi parašyti savo programas ar skriptus ir jas
pritaikyti.

Prerekvizitas -- mokėti dirbti Unix tipo sistemose.

a) Programų rašymo apžvalga (priminimui): mažinos kodai, autokodai
asembleriai, makroprocesoriai, aukšto lygio programavimo
kalbos. Bendras programos kūrimo darbo ciklas:
edit-compile-link-(test)-run. Šiulaikinių interpretuojamų kalbų darbo
ciklas: edit-compile+test-run

b) Programų surinkimo būdas: kompiliacija, surinkimas (compiling,
linking)

c) Programų surinkimo automatizavimas. Make, Ant. Aplinkos sukūrimas
naudojant GNU Make. Integruotos terpės (Eclipse, Anjuta). IDE plg. su
komandinės eilutės įrankiais. Elementarūs make-failai, taisyklės
(rules), komandos, tikslai (targets), gerai žinomi tikslai (well-known
targets). GNU Make kintamieji ir funkcijos. Make kalba.

d) Versijų kontrolė -- kas tai yra, kam ji reikalinga. Versijų
kontrolės sistemų ir PĮ kūrimo procesų variantai: paskirstytas ir
centralizuotas PĮ kūrimas ir versionavimas. Centrlizuotos versijų
kontrolės sistemos: RCS, Subversion, CVS, (paminėti ClearCase, VSS,
Bitkeeper, ... jeigu gamintojai parems ;D ) Paskirstytos (distributed)
versijų kontrolės sistemos: BazaarNG (bzr), monotone, mercurial,
opencm, git, arch. Komandos darbas su versijų kontrolės sistema:
revizijos ir versijos, atsikėlimas (checkout), pakeitimų įkėlimas
(checkin), suliejimas (merging), užraktai (locking), konfliktai
(conflicts) ir jų sprendimas. Žurnaliniai įrašai (log records). Senų
versijų atsikėlimas ir analizė, skirtumai (diff, annotate), senų ir
mišrių revizijų surinkimas, paleidimas ir testavimas.

d') Programų kūrimo organizavimo būdai, naudojant versijų kontrolės
sistemas. Kamienas (trunk), šakos (branches). Darbas kamiene, darbas
individualiose šakose. Šakų suliejimas su kamienu (branch
merging). Suliejimo ir surinkimo organizavimo būdai: mergre queue,
merge server, merge leutnant (officer), cherry-picking. Merge
tracking.

d'') Programos laidos ciklo (release cycle) organizavimas, naudojant
versijų kontrolės sistemas: versijos (Versions), žymės (tags).

e) Programų testavimas -- kam jis reikalingas, ką jis duoda ir ko
ne. Apskritai, kodėl testavimas veikia. Automatinis testų valdymas
Make programa. Regresijos testai. Modulių testai (Unit tests),
testavimo serveriai. XP (Extreme programming); kūrimas, paremtas
testais (test driven development). Testų padengtis (test coverage).

f) Programų formalus specifikavimas ir teisingumo įrodymas. Pradinės
sąlygos (preconditions), pabaigos sąlygos (postconditions),
invariantai (invariants). Formalūs (automatizuoti) įrodymai. Design by
contract (Eiffel). Formalių metodų privalumai, trūkumai, galimybės ir
ribos. (gal paminėti Z-notaciją ir Vienos mokyklą, labai
nesigilinant?)

g) Programų optimizavimas ir profiliavimas. 20/80
taisyklė. Profiliavimo įrankiai: gprof/gmon.

h) Moksliniai (bioinformatiniai) skaičiavimai ir galimybė juos valdyti
make-tipo sistemomis. Pradiniai failai, algoritmai, parametrai,
rezultatų failai. Apibendrintas skaičiavimo procesas ir jo valdymas
make pagalba. Integravimas su vizualiomis (visual, windows based)
sistemomis.