Taip pat, trumpai apibūdinkite, kas yra Ramačandrano diagrama, kaip ji sudaroma, kam naudojama, ką bioinformatikai gali sužinoti iš Ramačandrano diagramų ir a.r padėčių jose.
Piešinuke matote baltymo grandinės dalį su joje sužymėtais skaičiaus. Sudėliokite, kurie skaičiai ką žymi:
>gi|9630954|ref|NP_047551.1| PTP [Bombyx mori NPV] MFPARWHNYLQCGQVIKDSNLICFKTPLQPELFAYVTSEEDVWTTEQIVKQNPSIGAIIDLTNTSKYYDG VHFLRAGLLYKKIQVPGQTLPSESIVQEFIDTVEEFTEKCPGMLVGVHCTHGINRTGYMVCRYLMHTLGI APQEAINRFEKARGHKIERQNYVQDLLI
Keliais būdais gali susidaryti S-S tilteliai tarp 8 Cys liekanų?
Paveiksliuke pateikta baltymo grandinės dalis (atvaizduota naudojant Rasmol, Ball and stick modelis). Teisingai pažymėkite, kurie atomai/grandinės dalys kaip pažymėtos (pasirinkite tiksliausią atsakymą).
Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis su sunumeruotais kai kuriais atomais (viso 10 atomų, sunumeruotų nuo 1 iki 10). Kuris (kurie) atomai yra c-alfa atomai?
CIF duomenų vardų semantikai aprašyti ir duomenų failams automatiškai tikrinti naudojami:
CIF duomenų vardų semantikai aprašyti naudojami:
Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis. Teisingai sudėliokite teiginius apie šią grandinės dalį ir jos komponentus.
Paveiksliuke matote baltymo grandinės dalį (pavaizduota su Rasmol). Išsirinkite tiksliausius atsakymus iš pateiktų.
Kokia konformacija nurodyta piešinuke?
ATOM 15785 C ARG J 19 116.586 -34.847 84.102 1.00 25.14 C
Piešinuke matote keturis skirtingus dNTP. Kokios bazių poros susidarys klasikiniu (įprastu) atveju?
Nurodykite teisingas CIF eilutes:
data_3PS5 {#1} # _entry.id 3PS5 {#2} # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx dic {#3} _audit_conform.dict_version 4.007 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop {#4} _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 3PS5 RCSB RCSB062750 # _database_PDB_rev.num 1 _database_PDB_rev.date 2011 04 20 {#5} _database_PDB_rev.date_original 2010-11-30 _database_PDB_rev.status ? _database_PDB_rev.replaces 3PS5 _database_PDB_rev.mod_type 0 # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 3PS5 _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.SG_entry ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? # loop_ {#6} _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Wang, W.' 1 {#7} 'Liu, L. 2 {#8} Song, X. 3 {#9} 'M'o, Y.' 4 {#10} 'Komma, C.' 5 'Bellamy, H.D.' 6 {#11} 'Zhao, Z.J.' 7 'Zhou, G.W.' 8 # _citation.id primary _citation.title 'Crystal structure of human protein tyrosine phosphatase SHP-1 in the open conformation.' _citation.journal_abbrev J.Cell.Biochem.
Nurodykite, kurios CIF failo ištraukos eilutės yra teisingos, o kurios ne:
loop {#1} _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.sense A 1 2 anti-parallel A-2 3 anti-parallel {#2} A 3 4 anti-parallel B 1 2 parallel {#3} B 2 3 anti-parallel B 3 4 anti-parallel C 1 2 parallel C 2 3 parallel # _atom_sites.entry_id 3PS5 _atom_sites.Cartn_transform_axes ? {#4} _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004312 {#5} _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0,002489 {#6} _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 {#7} _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004979 _atom_sites.fract_transf matrix[2][3] 0.000000 {#8} _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 {#9} _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01268p {#10} # loop_ {#11} _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.Cartn_x {#12} _atom_site.Cartn y {#13} _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . MET A 1 1 21.591 -42.833 7.023 1.00 103.11 1 MET A N 1 ATOM 2 C CA . MET A 1 1 20.948 -41.529 7.353 1.00 103.11 1 MET A CA ? {#14} ATOM 3 C C . {#15} MET A 1 1 19.722 -41.712 8.256 {#16} 1.00 103.11 1 MET A C 1 ATOM 4 O O . MET A 1 1 18.682 -42.218 7.818 1.00 103.11 1 MET A O 1 ATOM 5 C CB . MET A 1 1 20.583 -40.772 6.066 1.00 133 56 1 MET A CB 1 {#17} ATOM 6 C CG . MET A 1 1 20.003 -39.374 6.276 1.00 13.56 1 MET A CG 1 {#18} ATOM 7 S SD . MET A 1 1 21.066 -38,274 7.237 1.00 133.56 1 MET A SD 1 {#19} ATOM 8 C CE . MET A 1 1 20.136 -36.745 7.157 1.00 13 . 6 1 MET A CE 1 {#20}
Nurodykite, kurios CIF failo eilutės teisingos, o kurios ne:
loop_ {#1} _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 4225 S S SO4 B 2 25.976 -54.492 7.328 -1.00 88.63 596 SO4 A S 1 {#2} HETATM 4226 O O1 SO4 B 2 27.336 -53.987 7.492 1.00 88,63 596 SO4 A O1 1 {#3} HETATM 4227 O O2 SO4 B 2 25.490 -54.137 6.001 1.00 88.63 596 SO4 A O2 1 {#4} HETATM ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? {#5} HETATM 4229 O O4 SO4 B 2 25.114 -53.894 8.339 0.70 88.63 596 SO4 A O4 1 {#6} HETATM 4230 S S SO4 C 2 8.156 -42.167 25.468 1.00 130.88 597 SO4 A S 1 {#7} HETATM 4231 1 O1 SO4 C 2 8.623 -43.406 26.082 1.00 130.88 597 SO4 A O1 1 {#8} _pdbx_prerelease_seq.entity_id 1 _pdbx_prerelease_seq.seq_one_letter_code ;ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATG {#9} QQQGVLQDRDGTIIHLKYPLNCSDPTSERWYHGHMSGGQAETLLQAKGEPWTFLVRESLSQPGDFVLSVLSDQPKAGPGS PLRVTHIKVMCEGGRYTVGGLETFDSLTDLVEHFKKTGIEEASGAFVYLRQPYYATRVNAADIENRVLELNKKQESEDTA KAGFWEEFESLQKQEVKNLHQRLEGQRPENKGKNRYKNILPFDHSRVILQGRDSNIPGSDYINANYIKNQLLGPDENAKT YIASQGCLEATVNDFWQMAWQENSRVIVMTTREVEKGRNKCVPYWPEVGMQRAYGPYSVTNCGEHDTTEYKLRTLQVSPL DNGDLIREIWHYQYLSWPDHGVPSEPGGVLSFLDQINQRQESLPHAGPIIVHSSAGIGRTGTIIVIDMLMENISTKGLDC DIDIQKTIQMVRAQRSGMVQTEAQYKFIYVAIAQFIETTKKKLEVLQSQKGQESEYGNITYPPAMKNAHAKASRTSSKHK EDVYENLHTKNKREEKVKKQRSADKEKSKGSLKRK ; {#10}
Žemiau pateikta CIF (mmCIF) failo ištrauka. Reikiamose vietose nurodykite, ar eilutė teisinga ar klaidinga (sintaksiškai). Pirmąsias ATOM ir HETATM eilutes galite laikyti teisingomis.
data_2QN5 _entry.id 2QN5 ;comments in CIF files are written like this. {#1} loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 2QN5 RCSB RCSB043807 Lietuva 1234 {#2} loop {#3} _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Li, H.T.' 1 'Lin'a, Y.H.' 2 {#4} 'Guan, H.H.' 3 'Hsieh, Y.C. 4' {#5} _cell.entry_id 2QN5 _cell.length_a 69.653 _cell.length_b 69.653 _cell.length_c 158.169 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 89.99 {#6} _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2QN5 _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2 {#7} loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N MET A 1 1 -21.822 51.085 24.067 1.00 52.21 1 MET B N 1 ATOM 2 C CA MET A 1 1 -21.837 -1551.386 25.521 1.00 51.97 1 MET B CA 1 {#8} ATOM 3 C C MET A 1 1 -20.521 52.014 25.939 1.00 52.26 MET B C 1 {#9} ATOM 4 O O MET A 1 1 {#10} -19.786 52.535 25.106 1.00 52.30 {#11} 1 MET B O 1 {#12} ATOM 2481 O OD1 ASN B 2 223 -40.904 39.061 36.238 1.00 65.50 245 ASN T OD1 1 ATOM 2482 N ND2 ASN B 2 223 -41.273 36.875 35.887 1.00 63.98 245 ASN T ND2 1 -2 {#13} ATOM 2483 O OXT ASN B 2 223 -45.795 40.202 34.535 1.00 60.41 245 ASN T OXT 1 HETATM 2484 O O HOH C 3 . 6.321 40.381 10.963 1.00 60.37 137 HOH B O 1 HETATM 2485 O O HOH C 3 . -24.405 27.844 17.749 1.00 60.37 138 HOH B O 1 HETATM 2486 O O HOH C 3 . -2.902 49 338 19.039 1.00 60.37 139 HOH B O 1 {#14} HETATM 2487 O O HOH C 3 . -10.444 38.214 31.760 1.00 60.37 140 HOH B O 1 HETATM 2488 O O HOH C 3 . 1.149 46.918 15.758 1.00 60.37 141 HOH B O 1 HETATM 2489 O O HOH C 3 . 15,547 45.464 -0.046 1.00 60.37 142 HOH B O 1 {#15} HETATM 2490 O O HOH C 3 . -1.651 38.216 35.386 1.00 60.37 143 HOH B O 1 HETATM 2491 O O HOH C 3 . 8.137 36.882 15.566 1.00 60.37 144 HOH B O 1 HETATM 2492 O O HOH C 3 . -9203 39.088 44.960 1.00 60.37 145 HOH B O 1 {#16} HETATM 2493 O O HOH C 3 . 19.151 46.102 -3.758 1.00 60.37 146 HOH B O 1
# _loop {#1} _atom_site.group_PDB _atom_site.id {#2} _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id atom_site.label_seq_id {#3} _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.Cartn_x_esd _atom_site.Cartn_y_esd {#4} _atom_site.Cartn_a_esd {#5} _atom_site.occupancy_esd _atom_site.B_iso_or_equiv_esd _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id_ {#6} _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLN A 1 1 ? 262.637 -44.868 -139.720 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ? -4 GLN A N 1 ATOM 2 C CA . GLN A 1 1 ? 262.940 -45.668 -140.880 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ? -4 GLN A CA 1 {#7} ATOM 3 C C . GLN A 1 1 ? 264.310 -45.263 -141.384 1.00 0.00 ? ? ? ? ? -4 GLN A C 1 {#8} ATOM 4 O O . GLN A 1 1 ? 264.947 -45.961 -142.174 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ? 123 GLN A O 1 {#9} ATOM 9 N NE2 . GLN A 1 1 ? 259.238 -44.706 -143.272 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ? -4 GLN A NE2 1 {#10} ATOM 10 H H1 . GLN A 1 1 ? 261.689 -44.878 -139.402 1.00 0.00 ! ! ! ! ! ! -4 GLN A H1 1 {#11} ATOM 11 H HA . GLN A 1 1 ? 263.008 -46.697 -140.558 5.00 0.00 ? ? ? ? ? ? GLN A HA 1 {#12} ATOM 12 H HB2 . GLN A 1 1 ? 261.820 -44.471 -142.334 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ? -4 GLN A HB2 1 {#13} ATOM 13 . HB3 . GLN A 1 1 ? 262.134 -46.167 -142.855 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ? -4 GLN A HB3 1 {#14} HETATM 14 H HG2 . GLN A 1 1 ? 260.466 -46.988 -141.139 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ? -4 GLN A HG2 1 {#15} #
Žemiau pateiktas mmCIF failo fragmentas. Pažymėkite, kurios eilutės yra teisingos, kurios ne.
data-2LFP {#1} # _entry_id 2LFP {#2} # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 4.015 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # _loop {#3} _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 2LFP {#4} RCSB RCSB102335 BMRB 17768 # _database_PDB_rev.num 1 _database_PDB_rev.date 2011-09-28 _database_PDB_rev.date_original 2011-07-07 _database_PDB_rev.mod_type 0 _database_PDB_rev.replaces 2LFP _database_PDB_rev.status ? {#5} # loop {#6} _pdbx_database_related.content_type +pdbx_database_related.db_id {#7} _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details {#8} unspecified 2gjv PDB . unspecified 3fz2 PDB {#9} unspecified 3fzb PDB . unspecified 1z1z PDB . {#10} 'unspecified 2l25' PDB . {#11} unspecified 17768 BMRB . #
Žemiau pateiktas mmCIF failo fragmentas. Pažymėkite, kurios eilutės yra sintaksiškai teisingos, o kurios ne.
# loop_ -citation_author.citation_id {#1} -citation_author.name {#2} _citation_author.ordinal {#3} primary {#4} 'Chagot, B.' {#5} 1 {#6} primary Auzat, I. 2 {#7} primary 'Gallopin, M. 3' {#8} primary 'Petit'pas, I.' 4 {#9} primary 'Gilquin, B.' {#10} primary 'Tavares, P.' 6 7 {#11} primary 'Zinn-Justin, S.' 7 {#12}
Iš meniu pasirinkite tokias reikšmes, kad gautumėte teisingą CIF failą.
{#1}_1PPO _entry.id {#2} {#3} _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Pickersgill, R.W.' 1 'Rizkallah, P.' 2 'Harris, G.W.' 3 {#4} _citation.id primary _citation.title 'Determination of the Structure of Papaya Protease Omega' _citation.journal_abbrev 'Acta Crystallogr.,Sect.B' _citation.journal_volume 47 _citation.page_first 766 _citation.page_last 771 _citation.year {#5} _cell.entry_id 1PPO _cell.length_a 74.110 _cell.length_b 74.110 _cell.length_c 77.810 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma {#6} _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis {#7} loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id ATOM 1 N N LEU -1.190 36.339 13.905 1.00 0.52 LEU A N ATOM 2 C CA LEU -1.937 37.551 13.354 1.00 0.28 LEU A CA ATOM 3 C C LEU -1.460 38.802 14.128 1.00 0.15 LEU A C ATOM 4 O O LEU -0.848 38.614 15.182 1.00 0.32 LEU A O ATOM 5 C CB LEU -3.440 37.407 13.571 1.00 0.60 LEU A CB ATOM 6 C CG LEU -4.315 37.010 12.447 1.00 0.40 LEU A CG ATOM 7 C CD1 LEU -5.674 36.588 12.820 1.00 0.23 LEU A CD1 ATOM 8 C CD2 LEU -4.111 37.406 11.023 1.00 {#8} LEU A CD2
Teisingai sudėliokite reikiamus CIF elementus.
# {#1} {#2} _audit_author.pdbx_ordinal {#3} {#4} # # {#5} _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Love, R.A.' 1 primary 'Stroud, R.M.' 2 1 'Agard, D.A.' 3 #
Kokia struktūra pavaizduota paveiksliuke?
Kokia struktūra pavaizduota paveikslėlyje?
Kurie parametrai PDB eilutėje neturi fizikinės prasmės (t.y. neaprašo realaus, gamtinio baltymo struktūros PDB formatu), laikant, kad atomo cheminis tipas yra teisingas?
Which parameters have no physcal sense in the PDB atom line below, assuming the atom type is correct?
"ATOM 370 O LYS A 54 -0.125 -22.679 43.561 4.00 75.48 C"
Kokiu būdu galima PDB failo ATOM įrašą išdėstyti per kelias eilutes?
How can the PDB record (line, card) be split into multiple text lines?
Kuri eilutė PDB faile yra neteisinga? Laikykite, kad pirma eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.
Which line in the following PDB fragment is incorrect? You can assume that the first HETATM line is OK.
Kuri PDB failo eilutė yra neteisinga? Laikykite, kad pirma eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.
Which PDB file line is incorrect? You can assume that the first line that has a record PDB keyword is OK.
Kurios eilutės PDB faile yra neteisingos? (laikykite, kad pirmoji eilutė turinti PDB raktinį žodį yra teisinga)
Which line of the PDB fragment is incorrect? You can assume that the first line that has a PDB keyword is OK.
Kuri savybė (savybės) yra būdingos PDB formato failams?
Which of the following statements describe properties of PDB files?
Kaip validuojami PDB failai?
How are PDB files validated?
Kurios PDB failo eilutės yra neteisingos? Laikykite, kad pirmoji eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.
Which line of the followinf PDB fragment is incorrect? You can assume that the first line that has a PDB keyword is OK.
Kurios eilutės failo PDB žemiau nurodytame fragmente yra neteisingos? Laikykite, kad pirmoji eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.
Which line of the following PDB fragment is incorrect? You can assume that the first line that has a PDB keyword is OK.