Suskaičiuoti jungties ilgio paklaidą

Du atomai išsidėstę and x koordinačių ašies. Pirmojo koordinatė žinoma {dx1} Å tikslumu, antrojo -- {dx2} Å tikslumu. Kokiu tikslumu žinomas atstumas tarp jų? Laikykite, kad atomų pozicijos nustatytos ir patikslintos nepriklausomai.

S-S tiltelių skaičius tarp Cys liekanų

Keliais būdais gali susidaryti S-S tilteliai tarp {n} cisteino liekanų, jei kiekvienu atveju susidaro maksimalus galimas tiltelių skaičius?

kampai

Kokie kampai pažymėti kokia raide?kampai

Suskaičiuoti amino grupės protonavimo laipsnį

Tarkime, kad baltymo molekulėje esančios amino grupės lokalus pKa yra {pKa}. Koks bus įkrautos formos, NH4+, ir neutralios formos NH3, koncentracijų santykis ([NH4+]/[NH3]) tirpale, kurio pH yra {pH}? Atsakymą, jei reikia, galite pateikti eksponentine forma dviejų ženklų po kablelio tikslumu (pvz. neutraliame vandenyje [H+] būtų 1.00E-7).

Suskaičiuoti karboksilato protonavimo laipsnį

Tarkime, kad baltymo molekulėje esančio karboksilato lokalus pKa yra {pKa}. Koks bus įkrautos formos, COO-, ir neutralios formos COOH, koncentracijų santykis ([COO-]/[COOH]) tirpale, kurio pH yra {pH}? Atsakymą, jei reikia, galite pateikti eksponentine forma dviejų ženklų po kablelio tikslumu (pvz. neutraliame vandenyje [H+] būtų 1.00E-7).

Suskaičiuoti atomo pozicijos RMS pagal PDB B-faktorių

PDB faile nurodytas atomo B-faktorius, lygus {B}. Koks bus šio atomo vidutinis kvadratinis nuokrypis (Angstremais) nuo pusiausvyrinės padėties, laikant, kad visas B-faktorius atspindi tik harmoninius šiluminius svyravimus aplink pusiausvyros padėtį? Atsakymą nurodykite dviejų dešimtainių ženklų po kablelio tikslumu.

Suskaičiuoti įkrautos ir neutralios formos konc. santykį.

Amino rūgšties liekana su lokaliu pK = {pK} atsidūrė tirpale su buferio pH = {pH}. Naudodami Hendersono-Haselbacho (Henderson–Hasselbalch) lygtį, suskaičiuokite deprotonuotos ir protonuotos formos koncentracijų santykį.

5 laipsnio simetrijos ašis

Gamtoje sutinkami "kristalai" su 5 laipsnio simetrijos ašimi. Kaip tai galima paaiškinti?

Esė apie LJ potencialą

Trumpai aprašykite, ką aprašo Lenardo-Džonso potencialas. Kam jis naudojamas? Kam lygus pusiausvyrinis atstumas tarp atomų? Kaip jį apskaičiuoti?

Ese apie PDB failus

Kas būtų, jeigu PDB failuose laukų plotis nebūtų fiksuotas? (t.y. jei įvairūs laukai, pvz. koordinatės ir kt. nebūtų "pririšti" prie stulpelių).

Esė apie teoriją ir eksperimentus

Nuspėta baltymo struktūra iš esmės nesutampa su eksperimentine. Kokios galimos to priežastys? Kaip išsiaiškinti, kuri struktūra teisinga?

Essay apie Ramačandrano diagramas.

Žemiau pateiktos trijų struktūrų Ramačandrano diagramos. Ką galite pasakyti apie šias struktūras remdamiesi diagramomis? Kokių baltymų (o gal iš viso ne jų) Ramačandrano diagramos galėtų būti pavaizduotos?

Taip pat, trumpai apibūdinkite, kas yra Ramačandrano diagrama, kaip ji sudaroma, kam naudojama, ką bioinformatikai gali sužinoti iš Ramačandrano diagramų ir a.r padėčių jose.

Ramachandran diagram 1

Ramachandran diagram 2


Ramachandran diagram 3

N-C galas

Piešinuke matote baltymo grandinės dalį su joje sužymėtais skaičiaus. Sudėliokite, kurie skaičiai ką žymi:

puses

Pagal kokius dėsnius asimptotiškai keičiasi L-J potencialas

Pagal kokį dėsnį keičiasi Lenardo-Džonso potencialas (Lennard-Jones potential), kai r artėja link nurodytų ribų. Potencialo formulė yra:

U(r) = 4 * eps * ( (sigma / r)**12 - (sigma / r)**6 )

čia eps ir sigma yra sąveiką aprašančios konstantos, r -- atstumas tarp atomų. Formulėse naudojami Fortran'o/Perl'o susitarimai (** yra kėlimo laipsniu operatorius, * daugybos operatorius).

Lenardo-Džonso potencialio grafikas:
L-J

Stūmos-traukos jėgos L-J sąveikoje

Tegul dviejų atomų sąveika pilnai aprašoma Lenardo-Džonso potencialu (Lennard-Jones potential):

U(r) = 4 * eps * ( (sigma / r)**12 - (sigma / r)**6 )

čia eps ir sigma yra sąveiką aprašančios konstantos, r -- atstumas tarp atomų. Formulėse naudojami Fortran'o/Perl'o susitarimai (** yra kėlimo laipsniu operatorius, * daugybos operatorius).
Tegul r_m yra pusiausvyrinis atstumas tarp atomų.
Lenardo-Džonso funkcijos grafikas:
L-J

Kokios jėgos veikia atomus, jeigu:

Ramačandrano diagramos

Duotos trys Ramačandrano diagramos. Atsakykite į klausimus.

PIRMA:
ANTRA:
TREČIA
diagrama 1 diagrama 2 diagrama 3


Kuri iš struktūrų tinkama homologiniam modeliavimui? {#1}

Kuri iš diagramų galėtų būti įprasto, gamtoje sutinkamo baltymo? {#2}

Kokios struktūros diagramos galėtų būti pirmame ir trečiame piešinuke? {#3}

Kuri aminorūgštis yra pažymėta pirmojoje diagramoje mažu trikampiuku? (pvz. apatiniame dešiniajame ketvirtyje, atitinka kampus: phi apie 93º, psi apie -87º) {#4}

Sudėlioti a. r. savybes

Toliau pateiktos amino rūgštys ir savybės, kurias gali turėti (arba ne) atitinkama rūgštis. Pažymėkite, kuri savybė tiksliausiai apibūdina kiekvieną amino rūgštį.

Cisteinas {#1}

Tirozinas {#2}

Lizinas/Argininas {#3}

Asparto rūgštis/Glutamo rūgštis {#4}

Surasti neteisingas eilutes CIF'e

Žemiau pateikta CIF failo ištrauka. Nurodykite, kurios eilutės teisingos, kurios ne (sintaksiškai ir semantiškai, pagal cif_core.dic).

data_1100649 {#1}
loop {#2}
_publ_author_name {#3}
'Chizuru, Sasaki' {#4}
_chemical_formula_sum C15 H14 F3 N3 {#5}
_symmetry_space_group_name_H-M 'P b c a'
_cell_length_a 15.625'4' {#6}
_cell_length_b 23.028(6) {#7}
_cell_length_c 7.6852) {#8}
_cell_angle_alpha 90 {#9}
_cell_angle_beta 90
_cell_angle_gamma 90 {#10}
_cell_volume 2765+-1 {#11}

loop_ {#12}
_atom_site_label {#13}
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y {#14}
_atom_site-fract_z {#15}
_atom_site_occupancy
_atom_site_calc_flag
_atom_site_refinement_flags {#16}
_atom_site_disorder_assembly {#17}
_atom_site_disorder_group {#18}
F(1) F 0.2506(1) 0.26046(9) 0.5985(3) 1.00 d . . . F(2) F 0.1623(1) 0.20898(9) 0.7428(3) 1.00 d . . .{#19}
F(3) F 0.2183(2) 0.1755(1) 0.5090(3) 1.00 d . . . {#20}
N(1) N 0.2259(2) 0.0956(1) 0.8096(4) 1.00 d . . {#21}
N(2) 0.2307(2) 0.0440(1) 0.8677(4) 1.00 d . . . {#22}
N(3) ? -0.0609(2) -0.0957(1) 0.8298(4) uani 1.00 d . . . {#23}


Ar koordinačių transformacijos matrica bus ortogonali?

Turime heksagoninį kristalą (kampas tarp kristalo ašių a ir c -- 120 laipsnių). Ar matrica, pervedanti tokio kristalo atomų trupmenines koordinates į Dekarto koordinates gali būti ortogonali?

Gamtinių baltymų kristaluose nesutinkami simetrijos operatoriai

Kurie iš žemiau pateiktų simetrijos operatorių negali aprašyti gamtinių baltymų ir nukleorūgščių kristalų?

Grandines kryptis

Piešinuke pavaizduota beta lakšto dalis. Nustatykite grandinės kryptį (t.y. galus).

kryptis

hbonds

Piešinuke matote baltymo grandinės dalį (atvaizduota su Rasmol, CPK ir Sticks modeliai). Kurios atomų poros sudarys vandenilines jungtis, palaikančias piešinuke pavaizduotą struktūrą? (atomai pažymėti skaičiais).
hbond

P. S. nusistatykite, kokia struktūra yra vaizduojama piešinuke (lakštas/spiralė)

Hidrofobinės šerdies a.r.

Kurios amino rūgštys dažniausiai randamos hidrofobinėje baltymo šerdyje?

Kurios eilutės atitinga supaprastiną CIF gramatiką

Duota į CIF panašios kalbos gramatika Bekaus-Nauro forma (simbolių eilutės gali turėti Perl'o/C kalbos valdančias sekas (angl. "escape sequences"). "" (dvi kabutės) reiškia tuščią eilutę):

<CIFlike> ::= <data_block> | <CIFlike> <spaces> <data_block>
<data_block> ::= <header> | <header> <spaces> <entry_list>
<entry_list> ::= <entry> | <entry_list> <spaces> <entry>
<header> ::= "data_" <name>
<entry> ::= <tag> <spaces> <value>
<tag> ::= "_" <name>
<value> ::= <name> | <number>
<name> ::= <letter> | <name> <letter> | <name> <digit>
<number> ::= <sign> <digit_list> | <sign> <digit_list> "." <digit_list>
<digit_list> ::= <digit> | <digit_list> <digit>
<sign> ::= "+" | "-" | ""
<digit> ::= "0" | "1" | "2" | "3" | "4" | "5" | "6" | "7" | "8" | "9"
<letter> ::= "_" | "a" | "b" | "c" | "d" | "e" | "f" | "g" | "h" | "i" | "j" | "k" | "l" |
"m" | "n" | "o" | "p" | "q" | "r" | "s" | "t" | "u" | "v" | "w" | "x" | "y" | "z"
<spaces> ::= <space> | <spaces> <space>
<space> ::= " " | "\n"

Kurios iš žemiau pateiktų eilučių atitinka šią gramatiką?

L- ir D- Gly Ramačandrano diagramų sąryšis

Kaip susijusios glicino (Gly) ir jo veidrodyje atspindėto molekulės varianto Ramačandrano diagramos leistini rajonai?

L- ir D- Phe Ramačandrano diagramų sąryšis

Kaip susietos L- ir D- fenilalanino (Phe) Ramačandrano diagramos leistini regionai?

Lenardo-Džonso potencialo ekstremumas

Tegul dviejų atomų sveika aprašoma Lenardo-Džonso potencialu (Lennard-Jones potential):

U(r) = 4 * eps * ( (sigma / r)**12 - (sigma / r)**6 )

čia eps ir sigma yra sąveiką aprašančios konstantos, r -- atstumas tarp atomų. Formulėse naudojami Fortran'o/Perl'o susitarimai (** yra kėlimo laipsniu operatorius, * daugybos operatorius).

Kuri formulė teisingai aprašo pusiausvyrinį atstumą tarp šių atomų (t.y. atstumą, kuriuo esant atomų sąveikos energija yra minimali)?

Nustatyti struktūrą

Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis (Rasmol, sticks modelis). Nustatykite, kokia antrinė struktūra pavaizduota piešinuke.
struktura

optinis aktyvumas

Kai kurios amino rūgštys pasižymi sugebėjimu sukti poliarizuotos šviesos plokštumą. Kurios iš išvardintų amino rūgščių turi šią savybę?


Optiškai neaktyvi a.r.

Kuri amino rūgštis yra optiškai neaktyvi?

Ortonormuotos erdvės įvedimas kristaluose

Kokiuose kristaluose galima įvesti ortonormuotą (Dekarto) koordinačių sistemą?

Paprastas pH apibrėžimas

Kuris apibūdinimas tiksliausiai apibrėžia pH?

Simetrijos operatoriai kristaluose

Kurie simetrijos operatoriai gali būti sutinkami periodiniame diskretiniame kristale?

Sraigtinės ašys

Kokios sraigtinės ašys nesutinkamos kristalografijoje?

Surasti neteisingas eilutes PDB

Toliau pateikta PDB failo ištrauka. Kurios eilutės yra neteisingos?
Skaičiai viršuje, nurodo kolonėlę. Skaičiai skliaustuose - eilutės numerį. 9 eilutė (pirmas ATOM įrašas yra teisingas).


pdb

Suskaičiuoti Lenardo-Džonso potencialo min. taško r0

Dviejų atomų sąveika aprašoma Lenardo-Džonso potencialu

U(r) = 4 * epsilon * ( (sigma/r) ** 12 - (sigma/r) ** 6)

Koks bus pusiausvyrinis atstumas tarp atomų, jei epsilon = {epsilon}, o sigma = {sigma}? Pateikite atsakymą vieno ženklo po kablelio tikslumu.

Nekovalentinių sąveikų kryptingumas

Kurios iš išvardintų nekovalentinių sąveikų yra kryptingos, t.y. kurių iš jų sąveikos energija keičiasi priklausomai nuo vektoriaus, jungiančio sąveikaujančius atomus, krypties?

Veiksmai frakcinėse ir ortogonaliose koordinatėse

Kokiose koordinatėse -- frakcinėse ar ortogonaliose -- bus teisingi žemiau pavaizduoti operatoriai?

Dalelės ir kristalo simetrija

Turime dalelę, kuri turi 8 laipsnio simetrijos ašį. Kokias pozicijas kristale gali užimti tokia dalelė?

Eksperimentiniai metodai atomų koordinačių nustatymui

Kurie eksperimentiniai metodai leidžia standartiniais atvejais gauti baltymo molekulės visų atomų koordinates?

Kabšo algoritmu gaunamos matricos savybės

Kokias savybes turi matrica, gaunama Kabšo algoritmu?

Kurios matricos yra normalios

Normalia vadinsime matricą, kuri komutuoja su savo transponuota kompleksine jungtine: normaliai matricai A galioja tapatybė AAT*=AT*A.

(Tokios matricos naudingos ir įdomios tuo, kad gali būti pervestos į įstrižaininį pavidalą ortogonaliu (kompleksiniu atveju, unitariniu) koordinačių pakeitimu).

Kurios iš žemiau paminėtų matricų yra normalios?

Lagranžo koeficientų metodas -- gradientų savybės

Ieškome funkcijos F(x,y) ekstremumo su apribojimu g(x,y) = 0. Kokią būtiną sąlygą ekstremumo su apribojimu taške tenkina funkcijų F ir g gradientai?

Žymėjimai: x,y, -- nepriklausomi kintamieji, a -- realus skaičius; grad F yra funkcijos F gradientas, grad F = [ ∂F/∂x, ∂F/∂y ], čia ∂F/dx pažymėta daline F išvestinė pagal x ir pan.; r * p yra vektorių r ir p skaliarinė sandauga; a * r yra skaičiaus a ir vektoriaus r sandauga. Visos reikiamos išvestinės laikomos ezistuojančiomis ir tolydžiomis, visos funkcijos -- diferencijuojamomis.

Lagranžo koeficientų metodas -- minimizuojama funkcija

Kokią funkciją minimizuojame be apribojimų, norėdami surasti funkcijos F(x,y) minimumą su apribojimu g(x,y) = 0?

Žymėjimai: x,y, -- nepriklausomi kintamieji, l -- nežinomas realus koeficientas; grad F yra funkcijos F gradientas, grad F = [ ∂F/∂x, ∂F/∂y], čia ∂F/dx pažymėta daline F išvestinė pagal x ir pan. Visos reikiamos išvestinės laikomos ezistuojančiomis ir tolydžiomis, visos funkcijos -- diferencijuojamomis. r * p žymi dviejų vektorių r ir p skaliarinę sandaugą; l * r žymi realaus skaičiaus l ir vektoriaus r sandaugą.

Ortogonalios matricos savybės

Duota ortogonali reali matrica A. Kokias žemiau išvardintas savybes visada turi ši matrica?

Žymėjmai: A-1 -- atvirkštinė matrica; A* -- kompleksinė-jungtinė matrica; AT, A*x -- matricos A ir vektoriaus-stulpelio x sandauga; (x,y) = xT*y -- vektorių x ir y skaliarinė sandauga (ortonormuotose koordinatėse); I -- vienetinė matrica:

I =
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ]

Perl operatorius atomo koordinatėms PDB ATOM įraše gauti.

Kuris Perl'o kalbos operatorius (sakinys) teisingai grąžins PDB failo ATOM įrašo koordinatę X?

Simetrinės matricos kvadrato savybės

Duota simetrinė reali matrica A. Kokias žemiau išvardintas savybes visada turi šios matricos kvadratas A2 = A*A?

Žymėjmai: A-1 -- atvirkštinė matrica; A* -- kompleksinė-jungtinė matrica; AT -- transponuota, A*x -- matricos A ir vektoriaus-stulpelio x sandauga; (x,y) = xT*y -- vektorių x ir y skaliarinė sandauga (ortonormuotose koordinatėse); I -- vienetinė matrica:

I =
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ]

Simetrinės matricos savybės

Duota simetrinė reali matrica A. Kokias žemiau išvardintas savybes visada turi ši matrica?

Žymėjmai: A-1 -- atvirkštinė matrica; A* -- kompleksinė-jungtinė matrica; AT -- transponuota matrica, A*x -- matricos A ir vektoriaus-stulpelio x sandauga; (x,y) = xT*y -- vektorių x ir y skaliarinė sandauga (ortonormuotose koordinatėse); I -- vienetinė matrica:

I =
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ]

Simetrinės matricos tikrinių verčių ir vektorių savybės

Duota reali simetrinė matrica A. Pažymėkite, kokias savybes visada turi jos tikriniai vektoriai ir tikrinės vertės.

Rentgenostruktūrinės analizės ese

Aprašykite savais žodžiais, trumpai (4-5 sakiniais), kaip nustatomos biologinių makromolekulių struktūros rentgenostruktūrinės analizės metodu.

Nevienetinis difrakcijos sprendinys I

Turime du vienodus difrakcijos vaizdus, anomalaus skaidymo nebuvo, bet mes žinome, kad mūsų struktūros yra skirtingos. Kaip tai galima paaiškinti bendruoju atveju?

Baltymo kampai I

Kokie kampai kokiomis raidėmis pažymėti paveiksliuke (c-alfa atomai ne visur sužymėti)?
Kampai

D ir L ribozė I

D-ribozė L-ribozės atžvilgiu yra:

Izoelektrinis taškas I

Kaip vadinama būsena, kai baltymo paviršiuje teigiamų ir neigiamų krūvių skaičius sutampa?

Kokios gamtines a.r yra I

Kurioje padėtyje (arba prie kurio anglies atomo) gamtinėse, baltymus sudarančiose amino rūgštyse būna prisijungusi amino grupė?

Paskaičiuoti pH

Koks bus tirpalo pH, kai vandenilio jonų koncentracija [H+] = 1x10-5 mol/l ?

Biogeninių elementų valentingumas

Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?

Biogeninių elementų valentingumas (2)

Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?

Biogeninių elementų valentingumas (3)

Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?

Biogeninių elementų valentingumas (4)

Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?

Biogeninių elementų valentingumas (5)

Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?

Anglies valentingumas biologinėse molekulėse

Kokį valentingumą gali turėti anglies atomas biologinėse molekulėse?

Deguonies valentingumas biologinėse molekulėse

Kokį valentingumą gali turėti deguonies atomas biologinėse molekulėse?

Halogenų valentingumas biologinėse molekulėse

Kokį valentingumą gali turėti halogenų (Cl, F, Br, I) atomai biologinėse molekulėse?

Sieros valentingumas biologinėse molekulėse

Kokį valentingumą gali turėti sieros atomas biologinėse molekulėse?

Vandenilio valentingumas biologinėse molekulėse

Kokį valentingumą gali turėti vandenilio atomas biologinėse molekulėse?

Biologinių makromolekulių tipai

Nurodykite, kurios (makro)molekulės gali būti hetero-, o kurios homo- polimerais.

Sudėlioti baltymo organizacinius lygius

Sudėliokite, kuris apibrėžimas tiksliausiai apibūdina kurį baltymo organizacijos lygį.

atpažinti FASTA formatą

Kokiu formatu pateikta toliau esanti baltymo seka?
>gi|9630954|ref|NP_047551.1| PTP [Bombyx mori NPV] MFPARWHNYLQCGQVIKDSNLICFKTPLQPELFAYVTSEEDVWTTEQIVKQNPSIGAIIDLTNTSKYYDG VHFLRAGLLYKKIQVPGQTLPSESIVQEFIDTVEEFTEKCPGMLVGVHCTHGINRTGYMVCRYLMHTLGI APQEAINRFEKARGHKIERQNYVQDLLI 

Baltymu struktūros spėjimo ir eksperimentinio nustatymo metodai

Kurie iš išvardintų tyrimo metodų yra eksperimentiniai baltymų struktūros nustatymo metodai?

D ar L izomeras

Baltymas, kurio ID yra 1knw, yra:

Eksperimentiniai baltymų struktūros nustatymo metodai

Kurie iš išvardintų metodų yra eksperimentiniai baltymų struktūros nustatymo metodai?

eksperimentiniai metodai

Kokie iš šių metodų yra eksperimentiniai ir taikomi nustatinėjant baltymų struktūras?

Įvardinti procesą, kurio metu iš stireno gaunamas polistirenas.

Gamtoje egzistuoja tiek monomerinės, tiek polimerinės medžiagos. Polimerinės gali būti sudarytos iš daugelio vienodų dalelių (pvz. polistirenas yra sudarytas iš daug stireno molekulių). Kaip vadinamas pramonėje naudojamas procesas, kurio metu gaunami minėto tipo homopolimerai?

Kas sudaro amino rūgštis?

Kokios yra amino rūgšties sudedamosios dalys?

Kas sudaro DNR

Kokie junginiai/sudedamosios dalys/komponentai sudaro DNR?

L ir D izomerų dažnumas

Kuris, L ar D, baltymo izomeras gamtoje sutinkamas dažniau?

Nurodyti, kokioj SCOP klasėje reikia ieškoti lygiagrečių lakštų.

Norite surasti kokį nors baltymą, kuriame būtų gausu lygiagrečių beta lakštų. Kurioje SCOP klasėje ieškotumėte tokio baltymo pavyzdžių?

S-S tilteliai 7

Keliais būdais gali susidaryti S-S tilteliai tarp 8 Cys liekanų?

S-S tilteliai 8

Keliais būdais gali susidaryti S-S tilteliai tarp 8 Cys liekanų?

Struktūros nustatymo metodai

Kuris (kurie) iš išvardintų metodų nėra naudojamas baltymų struktūros spėjimui?

Būtinos ir pakankamos balno taško sąlygos

Turime diferencijoujamą funkciją F(x,y) su tolydžiomis antrosiomis dalinėmis išvestinėmis. Kurie teiginiai yra būtinos, kurie yra pakankamos sąlygos balno taške taške, o kurie -- iš viso negalioja?

Žymėjimai: grad F yra f-jos F gradientas, H yra funkcijos F Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica). Sąlygų pakankamumą vertinkite laikydami, kad išpildytos visos būtinos sąlygos.

Būtinos ir pakankamos maksimumo sąlygos

Turime diferencijoujamą funkciją F(x,y) su tolydžiomis antrosiomis dalinėmis išvestinėmis. Kurie teiginiai yra būtinos, kurie yra pakankamos sąlygos maksimumo taške, o kurie -- iš viso negalioja?

Žymėjimai: grad F yra f-jos F gradientas, H yra funkcijos F Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica). Sąlygų pakankamumą vertinkite laikydami, kad išpildytos visos būtinos sąlygos.

Būtinos ir pakankamos minimumo sąlygos

Turime diferencijoujamą funkciją F(x,y) su tolydžiomis antrosiomis dalinėmis išvestinėmis. Kurie teiginiai yra būtinos, kurie yra pakankamos sąlygos minimumo taške, o kurie -- iš viso negalioja?

Žymėjimai: grad F yra f-jos F gradientas, H yra funkcijos F Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica). Sąlygų pakankamumą vertinkite laikydami, kad išpildytos visos būtinos sąlygos.

C alfa atomai

Paveiksliuke pateikta baltymo grandinės dalis (atvaizduota naudojant Rasmol, Ball and stick modelis). Teisingai pažymėkite, kurie atomai/grandinės dalys kaip pažymėtos (pasirinkite tiksliausią atsakymą).

Protein atoms

C alfa atomai (2)

Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis su sunumeruotais kai kuriais atomais (viso 10 atomų, sunumeruotų nuo 1 iki 10). Kuris (kurie) atomai yra c-alfa atomai?

Protein atoms

CIF elementų pabaiga

Kokiu simboliu ar leksiniu elementu žymima CIF failuose šių konstrukcijų pabaiga?

CIF karkaso komponentai

Kaip aprašomi šie CIF karkaso komponentai?

Pradiniai CIF elemetų simboliai

Kokiais pradiniais simboliais žymimi šie komponentai CIF faile?

CIF failo sintaksė

Kokia koduotė naudojama CIF bylose?

CIF failų kampų vienetai

Kokiais vienetais nurodomi kampai CIF failuose, pvz. _cell_angle_alpha duomenų vardui?

d'Alamber's CIF faile

CIF žymių reikšmės (tag'ai) gali būti rašomi viengubose kabutėse. Kaip bus interpretuojama žymė su reikšme:
_tag1 'd'Alamber's zodzio interpretavimas'

Daugelio eilučių tekstas CIFe

Daugelį eilučių užimantis tekstas CIF failuose yra pažymimas:

Simbolių eilutės CIFe

Simbolių eilutės su tarpais CIF faile, užimančios vieną eilutę, yra apribojamos (išskiriamos) šiais simboliais:

Vardu semantika

CIF duomenų vardų semantikai aprašyti ir duomenų failams automatiškai tikrinti naudojami:

vardu semantika II

CIF duomenų vardų semantikai aprašyti naudojami:

Grupių krūviai neutraliame tirpale

Baltymas ištirpintas tirpale su pH = 7. Kokį krūvį turės dauguma įvairių funkcinių grupių, eksponuotų baltymo paviršiuje?

Grupių krūviai rūgščiame tirpale

Baltymas ištirpintas tirpale su pH = 4.5. Kokį krūvį turės įvairios funkcinės grupės, eksponuotos baltymo paviršiuje?

Grupių krūviai šarminiame tirpale

Baltymas ištirpintas tirpale su pH = 9.5. Kokį krūvį dauguma turės įvairių funkcinių grupių, eksponuotų baltymo paviršiuje?

Grupių krūviai silpnai rūgščiame tirpale

Baltymas ištirpintas tirpale su pH = 6. Kokį krūvį turės įvairios funkcinės grupės, eksponuotos baltymo paviršiuje?

Grupių krūviai silpnai šarminiame tirpale

Baltymas ištirpintas tirpale su pH = 7.5. Kokį krūvį dauguma turės įvairių funkcinių grupių, eksponuotų baltymo paviršiuje?

Grupių krūviai stipriai rūgščiame tirpale

Baltymas ištirpintas tirpale su pH = 2. Kokį krūvį turės įvairios funkcinės grupės, eksponuotos baltymo paviršiuje?

Grupių krūviai stipriai šarminiame tirpale

Baltymas ištirpintas tirpale su pH = 12. Kokį krūvį dauguma turės įvairių funkcinių grupių, eksponuotų baltymo paviršiuje?

įv. grandinės dalys

Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis. Teisingai sudėliokite teiginius apie šią grandinės dalį ir jos komponentus.

Protein atoms

Įv. grandinės dalys

Paveiksliuke matote baltymo grandinės dalį (pavaizduota su Rasmol). Išsirinkite tiksliausius atsakymus iš pateiktų.

Protein atoms

Karboksi ir amino galų rūgštingumas/baziškumas

Kuri amino rūgšties funkcinė grupė kokia savybe pasižymi?

Amino grupės savybės

Kokia amino grupės savybė vaizduojama paveiksliuke? Savybes

Cis ir trans apibrėžimas

Cis ar trans padėtyje c alfa atomai yra "priešingose" pusėse?

pH apibrėžimas primityvus

Kuris iš šių paprastų apibrėžimų tiksliausiai apibrėžia pH?

pH kas yra

Kas yra pH?

pH reikšmė maža

Tirpalo pH reikšmė yra 2.17. Kokiomis savybėmis pasižymi tirpalas?

pH reikšmės

Tirpalo pH reikšmė yra 11.3. Kokios savybės tiksliausia apibūdina šį tirpalą?

Katalitinis aktyvumas

Sudėliokite, kurios medžiagos gali turėti katalitines savybes, kurios ne.

Asimetrinis vienetas ir grandines I

Kiek baltymo grandinių gali būti asimetriniame vienete?

biologinis multimeras

Turime biologinį multimerą. Kuris iš santykių neteisingai apibrėžia multimero ir asimetrinio santykio sutapimą?


Cukraus žiedo konformacija I

Kokia konformacija nurodyta piešinuke?

DNA

Hoogsteen bp I

Hoogsteen bazių pora yra:

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?

Koduotės

Kokios koduotės naudojamos kokiuose failuose?

Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs

Kurie junginiai gali būti optiškai aktyvūs (t.y. gali turėti optinių izomerų)?

Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs

Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs (t.y. turės optinių izomerų)?

Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs

Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs (t.y. turės optinių izomerų)?

PDB failas

Kurios PDB failo eilutės yra neteisingos? Toliau pateikta eilutė - teisinga

ATOM 15785 C ARG J 19 116.586 -34.847 84.102 1.00 25.14 C



T/F PDB eilutės

Žemiau matote PDB bylos ištrauką. Nurodykite, kurios eilutės yra neteisingos. Pirmas ATOM ir HETATM eilutes laikykite teisingomis.

PDB

Sudėlioti funkcinių grupių pavadinimus I

Sudėliokite, kokia funkcinė grupė kaip vadinasi.

Sudėlioti savybes grupių I

Sudėliokite, kurios grupės pasižymi kokiomis savybėmis.

Aminų savybė

Kokia savybe pasižymi aminai?

Baltymo sukimosi ašys

Kiek jungčių turi viena baltymo vidyryje a.r., apie kurias gali laisvai suktis polipetidinė baltymo grandinė?

diastereomerai I

Optiniai izomerai, kurie nėra vienas kito veidrodiniai atspindžiai, vadinami:


suporuoti bazes I

Teisingai suporuokite bazes (sudarykite standartines poras):

Kiek kampų apibrėžia DNR

Keliais kampais galima apibrėžti DNR skeleto konformaciją?

Sudelioti dNTP poras I

Piešinuke matote keturis skirtingus dNTP. Kokios bazių poros susidarys klasikiniu (įprastu) atveju?

dNTP

Vektorinės sandaugos rezultatai

Nagrinėkime vektorinę erdvę virš realiųjų skaičių kūno (t.y. vektorius, kuriuos galime dauginti iš realaus skaičiaus).

Teisingai sudėliokite vektorių operacijų rezultatus pagal geriausiai tinkantį rezultato tipą:

Skaliarinė sandauga ir perėjimas į kitą koordinačių sistemą

Kaip keičiasi skaliarinė sandauga, pereinant į kitą koordinačių sistemą?

Vektorinės sandaugos savybės

Tegul raidės a, b žymi vektorius, žvaigždutė "*" -- vektorinės sandaugos operaciją, o raidė t -- skaliarą (realų skaičių).

Kokia savybė nebūdinga vektorinei sandaugai?

CIF failų koduotė

Kokia simbolių koduote užrašomi CIF (ver. 1.1) formato failai?

CIF gardelės ilgių matavimo vienetai

Kokiais vienetais matuojamos kristalo gardelės konstantos (kristalo gardelės vektorių ilgiai) CIF failuose?

CIF sintaksė -- reikšmių žymėjimas

Kaip nustatoma, kokią reikšmę (prasmę, semantiką) turi skaitinės reikšmės CIF failuose?

Kaip žymimas komentaras

Kokiu simboliu pradedamas (ir baigiamas) komentaras CIF bylose?

Eilučių „sulankstymo“ galimybė CIFe

Ar galime CIF faile duomenų vardą parašyti vienoje eilutėje, o reikšmę nukelti į sekančią eilutę?

Nurodyti teisingas CIF eilutes I

Nurodykite teisingas CIF eilutes:

data_3PS5 {#1}
#
_entry.id   
3PS5 {#2}
# 
_audit_conform.dict_name       mmcif_pdbx dic  {#3}
_audit_conform.dict_version    4.007 
_audit_conform.dict_location   http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 
# 
loop {#4}
_database_2.database_id 
_database_2.database_code 
PDB  3PS5       
RCSB RCSB062750 
# 
_database_PDB_rev.num             1 
_database_PDB_rev.date            2011 04 20 {#5}
_database_PDB_rev.date_original   2010-11-30 
_database_PDB_rev.status          ? 
_database_PDB_rev.replaces        3PS5 
_database_PDB_rev.mod_type        0 
# 
_pdbx_database_status.status_code      REL 
_pdbx_database_status.entry_id         3PS5 
_pdbx_database_status.deposit_site     RCSB 
_pdbx_database_status.process_site     RCSB 
_pdbx_database_status.status_code_sf   REL 
_pdbx_database_status.status_code_mr   ? 
_pdbx_database_status.SG_entry         ? 
_pdbx_database_status.status_code_cs   ? 
# 
loop_ {#6}
_audit_author.name 
_audit_author.pdbx_ordinal 
'Wang, W.'      1 {#7}
'Liu, L.        2 {#8}
 Song, X.       3 {#9} 
'M'o, Y.'       4 {#10}
'Komma, C.'     5 
'Bellamy, H.D.' 
6 {#11}
'Zhao, Z.J.'    7 
'Zhou, G.W.'    8 
# 
_citation.id                        primary 
_citation.title                     'Crystal structure of human protein tyrosine phosphatase SHP-1 in the open conformation.' 
_citation.journal_abbrev            J.Cell.Biochem.

Nurodyti teisingas CIF eilutes II

Nurodykite, kurios CIF failo ištraukos eilutės yra teisingos, o kurios ne:

loop	{#1}
_struct_sheet_order.sheet_id 
_struct_sheet_order.range_id_1 
_struct_sheet_order.range_id_2  
_struct_sheet_order.sense 
A 1 2  anti-parallel 
A-2 3  anti-parallel	{#2} 
A 3 4  anti-parallel 
B 1 2  parallel    	{#3}    
B 2 3  anti-parallel 
B 3 4  anti-parallel 
C 1 2  parallel      
C 2 3  parallel      

# 
_atom_sites.entry_id                    3PS5 
_atom_sites.Cartn_transform_axes        ? 		{#4}	
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]   0.004312 	{#5}
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]   0,002489 	{#6}
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]   
0.000000 						{#7}
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]   0.000000 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]   0.004979 
_atom_sites.fract_transf matrix[2][3]   0.000000 	{#8}
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]   0.000000 	{#9}
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]   0.000000 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]   0.01268p	{#10} 

#
loop_	{#11}
_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id 
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_alt_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.label_asym_id 
_atom_site.label_entity_id 
_atom_site.label_seq_id 
_atom_site.Cartn_x 	{#12}
_atom_site.Cartn y 	{#13}
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.auth_seq_id 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id 
_atom_site.auth_atom_id 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num 
ATOM   1    N N   . MET A 1 1    21.591  -42.833 7.023   1.00 103.11  1   MET A N   1 
ATOM   2    C CA  . MET A 1 1    20.948  -41.529 7.353   1.00 103.11  1   MET A CA  ?	{#14} 
ATOM   3    C C   . 	{#15}
MET A 1 1    19.722  -41.712 8.256   {#16}
1.00 103.11  1   MET A C   1 
ATOM   4    O O   . MET A 1 1    18.682  -42.218 7.818   1.00 103.11  1   MET A O   1 
ATOM   5    C CB  . MET A 1 1    20.583  -40.772 6.066   1.00 133 56  1   MET A CB  1 {#17}
ATOM   6    C CG  . MET A 1 1    20.003  -39.374 6.276   1.00 13.56  1   MET A CG  1  {#18}
ATOM   7    S SD  . MET A 1 1    21.066  -38,274 7.237   1.00 133.56  1   MET A SD  1 {#19}
ATOM   8    C CE  . MET A 1 1    20.136  -36.745 7.157   1.00 13 . 6  1   MET A CE  1 {#20}

Nurodyti teisingas CIF eilutes III

Nurodykite, kurios CIF failo eilutės teisingos, o kurios ne:


loop_					{#1}
_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id 
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.label_asym_id 
_atom_site.label_entity_id 
_atom_site.Cartn_x 
_atom_site.Cartn_y 
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.auth_seq_id 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id 
_atom_site.auth_atom_id 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num 
HETATM 4225 S S   SO4 B 2  25.976  -54.492 7.328  -1.00 88.63  596 SO4 A S   1 {#2}
HETATM 4226 O O1  SO4 B 2  27.336  -53.987 7.492   1.00 88,63  596 SO4 A O1  1 {#3}
HETATM 4227 O O2  SO4 B 2  25.490  -54.137 6.001   1.00 88.63  596 SO4 A O2  1 {#4}
HETATM ?    ?  ?  ?   ? ?  ?        ?      ?       ?    ?      ?   ?   ? ?   ? {#5}
HETATM 4229 O O4  SO4 B 2  25.114  -53.894 8.339   0.70 88.63  596 SO4 A O4  1 {#6}
HETATM 4230 S S   SO4 C 2  8.156   -42.167 25.468  
1.00 130.88 597 SO4 A S   1 {#7}
HETATM 4231 1 O1  SO4 C 2  8.623   -43.406 26.082  1.00 130.88 597 SO4 A O1  1 {#8}


_pdbx_prerelease_seq.entity_id             1 
_pdbx_prerelease_seq.seq_one_letter_code   
;ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATG	{#9}
QQQGVLQDRDGTIIHLKYPLNCSDPTSERWYHGHMSGGQAETLLQAKGEPWTFLVRESLSQPGDFVLSVLSDQPKAGPGS
PLRVTHIKVMCEGGRYTVGGLETFDSLTDLVEHFKKTGIEEASGAFVYLRQPYYATRVNAADIENRVLELNKKQESEDTA
KAGFWEEFESLQKQEVKNLHQRLEGQRPENKGKNRYKNILPFDHSRVILQGRDSNIPGSDYINANYIKNQLLGPDENAKT
YIASQGCLEATVNDFWQMAWQENSRVIVMTTREVEKGRNKCVPYWPEVGMQRAYGPYSVTNCGEHDTTEYKLRTLQVSPL
DNGDLIREIWHYQYLSWPDHGVPSEPGGVLSFLDQINQRQESLPHAGPIIVHSSAGIGRTGTIIVIDMLMENISTKGLDC
DIDIQKTIQMVRAQRSGMVQTEAQYKFIYVAIAQFIETTKKKLEVLQSQKGQESEYGNITYPPAMKNAHAKASRTSSKHK
EDVYENLHTKNKREEKVKKQRSADKEKSKGSLKRK
;		{#10}

Nurodyti teisingas CIF eilutes IV

Žemiau pateikta CIF (mmCIF) failo ištrauka. Reikiamose vietose nurodykite, ar eilutė teisinga ar klaidinga (sintaksiškai). Pirmąsias ATOM ir HETATM eilutes galite laikyti teisingomis.

data_2QN5
_entry.id 2QN5
;comments in CIF files are written like this. {#1}

loop_
_database_2.database_id
_database_2.database_code
PDB 2QN5
RCSB RCSB043807
Lietuva 1234 {#2}

loop {#3}
_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
'Li, H.T.' 1
'Lin'a, Y.H.' 2 {#4}
'Guan, H.H.' 3
'Hsieh, Y.C. 4' {#5}

_cell.entry_id 2QN5
_cell.length_a 69.653
_cell.length_b 69.653
_cell.length_c 158.169
_cell.angle_alpha 90.00
_cell.angle_beta 90.00
_cell.angle_gamma 89.99 {#6}
_cell.Z_PDB 8
_cell.pdbx_unique_axis ?
#
_symmetry.entry_id 2QN5
_symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2 {#7}

loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N MET A 1 1 -21.822 51.085 24.067 1.00 52.21 1 MET B N 1 ATOM 2 C CA MET A 1 1 -21.837 -1551.386 25.521 1.00 51.97 1 MET B CA 1 {#8} ATOM 3 C C MET A 1 1 -20.521 52.014 25.939 1.00 52.26 MET B C 1 {#9} ATOM 4 O O MET A 1 1 {#10} -19.786 52.535 25.106 1.00 52.30 {#11} 1 MET B O 1 {#12} ATOM 2481 O OD1 ASN B 2 223 -40.904 39.061 36.238 1.00 65.50 245 ASN T OD1 1 ATOM 2482 N ND2 ASN B 2 223 -41.273 36.875 35.887 1.00 63.98 245 ASN T ND2 1 -2 {#13} ATOM 2483 O OXT ASN B 2 223 -45.795 40.202 34.535 1.00 60.41 245 ASN T OXT 1 HETATM 2484 O O HOH C 3 . 6.321 40.381 10.963 1.00 60.37 137 HOH B O 1 HETATM 2485 O O HOH C 3 . -24.405 27.844 17.749 1.00 60.37 138 HOH B O 1 HETATM 2486 O O HOH C 3 . -2.902 49 338 19.039 1.00 60.37 139 HOH B O 1 {#14} HETATM 2487 O O HOH C 3 . -10.444 38.214 31.760 1.00 60.37 140 HOH B O 1 HETATM 2488 O O HOH C 3 . 1.149 46.918 15.758 1.00 60.37 141 HOH B O 1 HETATM 2489 O O HOH C 3 . 15,547 45.464 -0.046 1.00 60.37 142 HOH B O 1 {#15} HETATM 2490 O O HOH C 3 . -1.651 38.216 35.386 1.00 60.37 143 HOH B O 1 HETATM 2491 O O HOH C 3 . 8.137 36.882 15.566 1.00 60.37 144 HOH B O 1 HETATM 2492 O O HOH C 3 . -9203 39.088 44.960 1.00 60.37 145 HOH B O 1 {#16} HETATM 2493 O O HOH C 3 . 19.151 46.102 -3.758 1.00 60.37 146 HOH B O 1

Nurodyti teisingas CIF eilutes V

Žemiau pateikta CIF (mmCIF) failo ištrauka. Reikiamose vietose nurodykite, ar eilutė teisinga ar klaidinga (sintaksiškai ir logiškai). Pirmą ATOM eilutę galite laikyti teisinga.

# 
_loop  {#1}
_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id {#2}
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_alt_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.label_asym_id 
_atom_site.label_entity_id 
 atom_site.label_seq_id {#3}
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code 
_atom_site.Cartn_x 
_atom_site.Cartn_y 
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.Cartn_x_esd 
_atom_site.Cartn_y_esd {#4}
_atom_site.Cartn_a_esd {#5}
_atom_site.occupancy_esd 
_atom_site.B_iso_or_equiv_esd 
_atom_site.pdbx_formal_charge 
_atom_site.auth_seq_id 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id_ {#6}
_atom_site.auth_atom_id 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num 
ATOM 1     N N    . GLN A 1 1   ? 262.637 -44.868 -139.720 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A N    1  
ATOM 2 C CA     . GLN A 1 1   ? 262.940 -45.668    -140.880 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A CA   1  {#7}
ATOM 3     C C    . GLN A 1 1   ? 264.310 -45.263 -141.384 1.00 0.00 ? ?   ? ? ?  -4  GLN A C    1  {#8}
ATOM 4     O O    . GLN A 1 1   ? 264.947 -45.961 -142.174 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  123  GLN A O    1  {#9}
ATOM 9     N NE2  . GLN A 1 1   ? 259.238 -44.706 -143.272 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A NE2  1  {#10}
ATOM 10    H H1   . GLN A 1 1   ? 261.689 -44.878 -139.402 1.00 0.00 ! ! ! ! ! !  -4  GLN A H1   1  {#11}
ATOM 11    H HA   . GLN A 1 1   ? 263.008 -46.697 -140.558 5.00 0.00 ? ? ? ? ? ?    GLN A HA   1  {#12}
ATOM 12    H HB2  . GLN A 1 1   ? 261.820 -44.471 -142.334 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A HB2  1  {#13}
ATOM 13    . HB3  . GLN A 1 1   ? 262.134 -46.167 -142.855 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A HB3  1  {#14}
HETATM 14    H HG2  . GLN A 1 1   ? 260.466 -46.988 -141.139 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A HG2  1  {#15}

#

Nurodyti teisingas CIF eilutes VI

Žemiau pateiktas mmCIF failo fragmentas. Pažymėkite, kurios eilutės yra teisingos, kurios ne.

data-2LFP	{#1}	
# 
_entry_id   2LFP 	{#2}
# 
_audit_conform.dict_name       mmcif_pdbx.dic 
_audit_conform.dict_version    4.015 
_audit_conform.dict_location   http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 
# 
_loop {#3}
_database_2.database_id 
_database_2.database_code 
PDB  
2LFP       {#4}
RCSB RCSB102335 
BMRB 17768      
# 
_database_PDB_rev.num             1 
_database_PDB_rev.date            2011-09-28 
_database_PDB_rev.date_original   2011-07-07 
_database_PDB_rev.mod_type        0 
_database_PDB_rev.replaces        2LFP
_database_PDB_rev.status          ? {#5}
# 
loop {#6}
_pdbx_database_related.content_type 
+pdbx_database_related.db_id {#7}
_pdbx_database_related.db_name 
_pdbx_database_related.details {#8}
unspecified 2gjv  PDB  . 
unspecified 3fz2  
PDB  {#9}
unspecified 3fzb  PDB  . 
unspecified 1z1z  PDB  . {#10}
'unspecified 2l25'  PDB  . {#11}
unspecified 17768 BMRB . 
#

Nurodyti teisingas CIF eilutes VII

Žemiau pateiktas mmCIF failo fragmentas. Pažymėkite, kurios eilutės yra sintaksiškai teisingos, o kurios ne.

# 
loop_
-citation_author.citation_id {#1}
-citation_author.name {#2}
_citation_author.ordinal {#3}
primary {#4}
'Chagot, B.'  {#5}   
 1 {#6}
primary Auzat, I.       2 {#7}
primary 'Gallopin, M.    3' {#8}
primary 'Petit'pas, I.'    4 {#9}
primary 'Gilquin, B.'      {#10}
primary 'Tavares, P.'     6 7 {#11}
primary 'Zinn-Justin, S.' 7 {#12}

Simetrijos operatoriaus sudarymas (antro laipsnio a. išilgai x)

Sudarykite simetrijos operatorių, kuris aprašytų antro laipsnio simetrijos ašį, pasukančią aplink x ašį.

{#1} {#2} {#3}
{#4} {#5} {#6}
{#7} {#8} {#9}

+

{#10}
{#11}
{#12}

Simetrijos operatoriaus sudarymas (inversijos centras)

Sudarykite simetrijos operatorių, kuris aprašytų iversijos centrą.

{#1} {#2} {#3}
{#4} {#5} {#6}
{#7} {#8} {#9}

+

{#10}
{#11}
{#12}

Simetrijos operatoriaus sudarymas I

Sudarykite simetrijos operatorių, kuris transformuotų koordinates į -x, -y, z + 1/2.

{#1} {#2} {#3}
{#4} {#5} {#6}
{#7} {#8} {#9}

+

{#10}
{#11}
{#12}

Simetrijos operatoriaus sudarymas II

Sudarykite simetrijos operatorių, kuris transformuotų koordinates į x, -y, -z - 1/4.

{#1} {#2} {#3}
{#4} {#5} {#6}
{#7} {#8} {#9}

+

{#10}
{#11}
{#12}

Simetrijos operatoriaus sudarymas III

Sudarykite simetrijos operatorių, kuris transformuotų koordinates į 1.2*x, -y, z - 1.2.

{#1} {#2} {#3}
{#4} {#5} {#6}
{#7} {#8} {#9}

+

{#10}
{#11}
{#12}

Sudaryti teisingą CIF I

Sudėkite į tekstą siūlomas dalis taip, kad gautumete sintaktiškai teisingą CIF'ą:

#\#CIF_1.1
{#1}
{#2}
_cell_length_a 12.23
_cell_length_b {#3}
_chemical_formula_sum {#4}

loop_
_atom_site_label
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
C1 0.12(1) {#5} 0.856

Sudaryti teisingą CIF II

Sudarykite teisingą CIF'ą: {#1} _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.{#2} _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N VAL A 1 1 3.320 14.780 {#3} 1.00 35.53 1 VAL A N 1 ATOM 2 C CA VAL A 1 1 3.577 16.239 4.984 1.00 35.39 1 VAL A CA 1 ATOM 3 C C VAL A 1 1 4.896 16.398 5.727 1.00 30.43 1 VAL A C 1 ATOM 8 N N LEU A 1 2 5.748 17.241 5.158 1.00 28.04 2 LEU A N 1 ATOM 9 C CA LEU A 1 2 7.116 17.471 5.661 1.00 24.31 2 LEU A CA 1 ATOM 10 C C LEU A 1 2 7.166 18.490 6.792 1.00 24.00 2 LEU A C 1 HETATM 4759 O O HOH O 5 . -5.663 12.113 {#4} 1.00 55.69 420 HOH C O 1 HETATM 4760 O O HOH O 5 . -5.205 9.849 -8.853 1.00 50.82 421 HOH C O 1 HETATM 4761 O O HOH O 5 . -5.135 11.797 -3.034 1.00 58.92 422 HOH C O 1 HETATM 4762 O O HOH O 5 . -19.553 21.184 3.983 1.00 46.04 423 HOH C O 1

Sudaryti teisingą CIF III

Iš meniu pasirinkite tokias reikšmes, kad gautumėte teisingą CIF failą.

{#1}_1PPO
 
_entry.id   {#2}
 
{#3}
_audit_author.name 
_audit_author.pdbx_ordinal 
'Pickersgill, R.W.' 1 
'Rizkallah, P.'     2 
'Harris, G.W.'      3 
{#4}

_citation.id                        primary 
_citation.title                     'Determination of the Structure of Papaya Protease Omega' 
_citation.journal_abbrev            'Acta Crystallogr.,Sect.B' 
_citation.journal_volume            47 
_citation.page_first                766 
_citation.page_last                 771 
_citation.year                      {#5}


_cell.entry_id           1PPO 
_cell.length_a           74.110 
_cell.length_b           74.110 
_cell.length_c           77.810 
_cell.angle_alpha        90.00 
_cell.angle_beta         90.00 
_cell.angle_gamma        {#6} 
_cell.Z_PDB              6 
_cell.pdbx_unique_axis   {#7} 

loop_
_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id 
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.Cartn_x 
_atom_site.Cartn_y 
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id 
_atom_site.auth_atom_id 

ATOM   1    N  N    LEU  -1.190  36.339 13.905  1.00 0.52      LEU A N   
ATOM   2    C  CA   LEU  -1.937  37.551 13.354  1.00 0.28      LEU A CA   
ATOM   3    C  C    LEU  -1.460  38.802 14.128  1.00 0.15      LEU A C    
ATOM   4    O  O    LEU  -0.848  38.614 15.182  1.00 0.32      LEU A O    
ATOM   5    C  CB   LEU  -3.440  37.407 13.571  1.00 0.60      LEU A CB   
ATOM   6    C  CG   LEU  -4.315  37.010 12.447  1.00 0.40      LEU A CG   
ATOM   7    C  CD1  LEU  -5.674  36.588 12.820  1.00 0.23      LEU A CD1  
ATOM   8    C  CD2  LEU  -4.111  37.406 11.023  1.00 {#8}      LEU A CD2

Sudaryti teisingą CIF IV

Teisingai sudėliokite reikiamus CIF elementus.
data_1TRE
_entry.id 1TRE
_audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic
_audit_conform.dict_version 1.0670
_audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic
_database_2.database_id PDB
_database_2.database_code 1TRE
loop_
_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
{#1}
'Wierenga, R.K.' 2
_cell.entry_id 1TRE
_cell.length_a 67.690
_cell.length_b 46.780
_cell.length_c 151.310
_cell.angle_alpha 90.00
_cell.angle_beta 90.00
_cell.angle_gamma 90.00
_cell.Z_PDB {#2}
_symmetry.entry_id 1TRE
_symmetry.space_group_name_H-M {#3}

{#4}
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
ATOM 1 N N MET A 1 1 56.709 -3.579 58.143 1.00 90.68 3 MET A N 1
ATOM 6 C CG MET A 1 1 53.902 -4.039 60.646 {#5}96.42 3 MET A CG 1
ATOM 7 S SD MET A 1 1 52.645 -5.356 60.880 1.00 100.00 3 MET A SD 1
HETATM 3772 O O HOH C 2 . 30.661 16.319 43.611 1.00 33.72 305 HOH A O 1
HETATM 3773 O O HOH C 2 . 30.082 15.159 {#6} 1.00 25.41 307 HOH A O 1
{#7} O O HOH C 2 . 64.278 15.488 51.436 1.00 15.52 308 HOH A O 1
HETATM 3775 O O HOH C 2 . 39.083 17.927 61.112 1.00 18.97 309 HOH A O 1





Sudaryti teisingą CIF V

Teisingai sudėliokite reikiamus CIF elementus.
{#1}
#
{#2} 2ABX
#
{#3} mmcif_pdbx.dic
_audit_conform.dict_version 4.007
_audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic
#
_database_2.database_id PDB
_database_2.database_code 2ABX
#
{#4}
_database_PDB_rev_record.rev_num
_database_PDB_rev_record.type
_database_PDB_rev_record.details
2 JRNL
{#5}
#

Sudaryti teisingą CIF VI

Teisingai sudėliokite reikiamus CIF elementus.

# 
{#1}
{#2} 
_audit_author.pdbx_ordinal 
{#3}
{#4}
#
# 
{#5}
_citation_author.citation_id 
_citation_author.name 
_citation_author.ordinal 
primary 'Love, R.A.'   1 
primary 'Stroud, R.M.' 2 
1       'Agard, D.A.'  3 
#

Sudėti elementus PDB eilutėse (iš drop down meniu)

Sudėkite į PDB failo ištrauką siūlomas dalis taip, kad gautumėte teisingas PDB eilutes:


{#1}
LIGASE





02-MAR-11 3QXX

{#2}
81.883
37.845
68.839 90.00 101.30 90.00

C 1 2 1 4
{#3} 1
N
PHE
A
-3
23.422 -3.887 -5.575 1.00 18.87 N
ATOM 2
CA
PHE
A
-3
21.966 {#4} -5.856 1.00 17.44 C
ATOM 3
C
PHE
A
-3
21.507 -5.366 -5.130 1.00 {#5} C
ATOM 4 O PHE A -3 22.327 -6.144 -4.651 1.00 15.94 O

Anglies valentingumas

Keliavalentė yra anglis organiniuose junginiuose? (Nurodykite skaičiumi, pvz. 3, kas reikštų, kad anglis yra trivalentė)

a. r. sudėtinės dalys

Kas sudaro amino rūgštis?

Alfa spirales kryptis

Kairiojo ar dešiniojo sukimo yra įprasta, gamtiniuose baltymuose dažniausiai sutinkama alfa spiralė?

Baltymų struktūros lygiai

Kokie yra baltymų struktūros lygiai? Išdėliokite eilės tvarka, pradėkite, nuo
"žemiausio".
1. Baltymo molekulių susijungimas į stambesnius kompleksus
2. Baltymo globulė, domenai
3. Amino rūgščių seka
4. Alfa-spiralės, beta-klostės, beta lakštai, kilpos ir posūkiai

beta spiralė

Ar įmanoma struktūra, sudaryta iš beta lakštų, sudarančių spiralę?

Katalitinės funkcijos vykdytojai

Baltymų viena iš funkcijų yra katalitinė. Ar gali gali šią funkciją atlikti kas nors kitas?

Keliaguba yra vandenilinė jungtis

Formaliai žiūrint, keliaguba yra vandenilinė jungtis?

Kur rasti L izoformos baltymus

Kur ieškotumėte natūralių L izoformos baltymų?

Kur sutinkami D amino rūgščių izomerai?

Kur ieškotumėte natūralių (gamtinių) D amino rūgščių izomerų?

Nestandartinės truktūros

Paskaitos metu susipažinote su įvairiomis struktūromis, kurias formuoja baltymai. Tai spiralės, klostė ir posūkiai. Bet ar egzistuoja kitokios struktūros negu anksčiau įvardintos?
Iš pateiktų atsakymų parinkite vieną ar kelis teisingus atsakymus. Jei manote, kad tokios struktūros egzistuoja, pažymėkite jas.

Optiškai neaktyvi a. r. I

Kuri amino rūgštis yra optiškai neaktyvi?

Amino rūgštys ir jų lokalizacija baltyme

Turime baltymo motyvą, kurio a. r. seka ASTIIV. Kurioje baltymo vietoje greičiausia bus randamas šis motyvas?

Ramachandrano diagramos kampai I

Kokių baltymo kampų leistinas ribas vaizduoja Ramačandrano diagramos?

Sierą turinčios a. r.

Kurios amino rūgštys (amino rūgštis) turi sierą savo sudėtyje?

Baltymų struktūros spėjimo metodai

Kuris (kurie) iš išvardintų metodų nėra taikomas nuspėjant arba eksperimentiškai nustatant baltymų struktūras?

Kiek kokių lakštų struktūroj

Apibrėšime dvi sąvokas: lakštu vadinsime darinį sudarytą iš daugelio klosčių. O klostė - antrinė baltymo struktūra.
A klasės L2 beta-laktamazės (unikalus duomenų bazės identifikatorius 1N4O) rentgeno struktūrine analize nustatytoje struktūroje yra matoma visų tipų antrinių struktūrų. Kiek struktūroje yra lygiagrečių beta lakštų?


PDB failų koduotės

Kokia koduotė naudojama PDB formato failuose?

Atomo krūvio nurodymas

Ar galima PDB formato faile nurodyti atomo krūvį?

Kristalo gardelės kampai CRYST1 įraše

Ar gali kristalo gardelės kampai, kurie yra nurodyti CRYST1 įraše, nebūti po 90 laipsnių?

PDB failas ir tekstas per kelias eilutes

Ar galima PDB formato failuose įrašą rašyti per kelias eilutes? (Pvz.
REMARKS "3 REFINEMENT. THESE ATOMIC COORDINATES MUST BE CONSIDERED AS
PRELIMINARY. THEY WERE OBTAINED BY RUNNING SEVERAL CYCLES")

Būtina ekstremumo sąlyga

Daugelio kintamųjų funkcija duotame taške gali turėti ekstremumą, jeigu:

Lagranžo koefcientų metodas

Ieškome funkcijos E(x,y) minimumo su apribojimu f(x,y) = 0. Kokiame taške gali būti šis apribotas minimumas (t.y. kokia yra būtina apriboto minimumo sąlyga)?

Simetrinės matricos tikriniai vektoriai

Kokias savybes turi realios simetrinės matricos tikriniai (nuosavi) vektoriai?

Simetrinio operatoriaus savybės

Tegul A yra reali simetrinė matrica, x -- bet koks su ja suderinamas vektorius, Ax -- šios matricos ir vektoriaus sandauga, o (x,y) -- vektorių x ir y skaliarinė sandauga. Be to, transp(A) žymėsime transponuotą matricą, o inv(A) -- atvirkštinę matricą. Kurios lygybės šiomis sąlygomis yra visada teisingos?

Cukraus 3' konformacija

Kokia cukraus žiedo konformacija pavaizduota paveiksliuke?
cukraus konformacija

Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės

Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške yra teigiama, funkcija turės:

Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės II

Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške yra neigiama, funkcija turės:

Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės III

Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške turi tiek teigiamas, tiek neigiamas nuosavas (tikrines) vertes, funkcija turės:

Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės IV

Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške turi lygią nuliui nuosavą (tikrinę) vertę, o kitos tikrinės vertės teigiamos:

Dešiniosios Dekarto k. sistemos bazinių vektorių savybės

Tegul x, z ir z yra dešiniosios Dekarto koordinačių sistemos ortonormuotos bazės vektoriai. Žvaigždute "*" žymėsime vektorinę sandaugą, skliausteliuose užrašytais vektorių simboliais (a b) -- skaliarinę sandaugą. Nulis 0 žymės nulinį vektorių arba nulinį skaliarą.

Kurios iš žemiau pateiktų tapatybių yra teisingos:

Numatytoji PDB failų ortogonalizacija

Tegul a, b ir c yra kristalo gardelės ašys, o C -- vektorius, statmentas a ir b ašims: C = [ a * b ] (simbolis "*" žymi vektorinę sandaugą); atitinkamai A = [ b * c ]. ir B = [ c * A ]

Kuris ortogonalizacijos susitarimas priimtas PDB failuose kaip numatytasis (t.y. pagal nutylėjimą)? Kitaip tariant, kuriems išvardintiems vektoriams lygiagretūs šios ortonormuotos bazės vektoriai?

SCALEn matricos

Kuriame įraše PDB faile yra pateikiama matrica, leidžianti ortogonalias PDB failo atomų koordinates paversti į frakcines (trupmenines)?

Heso matricos pavidalas funkcijos balno taške

Turime daugelio kintamųjų f-ją F(x,y,z). Funkcija turi bet kurio laipsnio tolydžias dalines išvestines taške r0 = (x0, y0, z0). Žinome, kad ši funkcija taške r0 turi balno tašką, ir Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica) jame yra nenulinė. Kurios žemiau nurodytos matricos gali būti šios f-jos Heso matricos taške r0?

Heso matricos pavidalas funkcijos maksimume

Turime daugelio kintamųjų f-ją F(x,y,z). Funkcija turi bet kurio laipsnio tolydžias dalines išvestines taške r0 = (x0, y0, z0). Žinome, kad ši funkcija taške r0 turi maksimumą, ir Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica) jame yra nenulinė. Kurios žemiau nurodytos matricos gali būti šios f-jos Heso matricos taške r0?

Heso matricos pavidalas funkcijos minimume

Turime daugelio kintamųjų f-ją F(x,y,z). Funkcija turi bet kurio laipsnio tolydžias dalines išvestines taške r0 = (x0, y0, z0). Žinome, kad ši funkcija taške r0 turi minimumą, ir Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica) jame yra nenulinė. Kurios žemiau nurodytos matricos gali būti šios f-jos Heso matricos taške r0?

Heso matricos pavidalas funkcijos minimume (dublikatas)

Turime daugelio kintamųjų f-ją F(x,y,z). Funkcija turi bet kurio laipsnio tolydžias dalines išvestines taške r0 = (x0, y0, z0). Žinome, kad ši funkcija taške r0 turi minimumą, ir Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica) jame yra nenulinė. Kurios žemiau nurodytos matricos gali būti šios f-jos Heso matricos taške r0?

Kabšo algoritmo pritaikomumas enantiomerams

Ar galima Kabšo algoritmu sutapatinti dvi molekules, kurios yra viena kitos veidrodinis atspindys (t.y. skirtingų enantiomerų molekules)?

Kabšo algoritmo pritaikomumas plokščiai taškų aibei

Ar galima Kabšo algoritmą pritaikyti taškų aibėms, kai visi taškai jose guli vienoje plokštumoje?

Kas yra vandenilinė jungtis

Kuris atsakymas tiksliausiai apibrėžia vandenilinę jungtį?

Nekovalentinės sąveikos baltymuose

Baltymų struktūrą palaiko įvairios sąveikos. Kurios iš išvardintų sąveikų nepriklauso nekovalentinėms sąveikoms, palaikančioms baltymo struktūrą?

Su kuo susidarys vandenilinė jungtis

Kurie atomai gali sudaryti vandenilinę jungtį? (pažymėkite tris tikėtiniausius)

Van der Waals sąveika

Van der Valso sąveika tarp dviejų molekulių ar jos dalių apima:

Kas yra vandenilinė jungtis I

Kuris atsakymas tiksliausiai apibrėžia vandenilinę jungtį?

Su kuo susidarys vandenilinė jungtis I

Kurie atomai gali sudaryti vandenilinę jungtį? (pažymėkite tris tikėtiniausius)

Van der Waals sąveika I

Van der Valso sąveika tarp dviejų molekulių ar jos dalių apima:

Kokios matricos ieškome, naudodami Kabšo algoritmą?

Kokios matricos ieškome Kabšo algoritmu?

Ortogonalios matricos savybės

Kokias savybes turi ortogonali matrica?

Ortogonalios matricos savybės II

Kokias savybes turi ortogonali matrica?

Koordinačių sistemos komponentai

Kas nėra koordinačių sistemos komponentai?

Skaliarinė sandauga

Kuris apibūdinimas tiksliausia apibrėžia dviejų vektorių skaliarinę sandaugą?

Vektorinės sandaugos savybės

Tegul raidės a, b žymi vektorius, žvaigždutė "*" -- vektorinės sandaugos operaciją, o raidė t -- skaliarą (realų skaičių).

Kokia savybė nebūdinga vektorinei sandaugai?

Paskaičiuoti gardelės tūrį iš konkretaus CIF

Yra nustatyta medžiagos 1,3,5-Trifeniladamantano (angl. 1,3,5-Triphenyladamantane, unikalus COD ID 2017113). Struktūra publikuota Acta Crystallographica Section C (Boldog ir kiti).
Remdamiesi savo žiniomis bei čia pateikta informacija, apskaičiuoti minėto kristalo gardelės tūrį (atsakymą pateikite vienos dešimtosios Angstremo tikslumu).

Tiesinių koordinačių tipas

Kokių rūšių būna tiesinės koordinačių sistemos? Pateikite vieną pvz.

koordinačių transformacija

Turime molekulę, kurią norime pasukti neiškraipydami atstumų tarp molekulės komponentų tam tikru kampu. Kuris operatorius tinkamas tokiam darbui atlikti?

1. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
1 0 0
0 -1 0
0 0 -1

2. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
0 0.5 0
0 0 0
0 0 0

3. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
1 0 1
0 0 0
0 0 1

4. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
0 0 0
15 0 0
0 0 1

koordinačių transformacija I

Turime molekulę, kurią norime pasukti neiškraipydami atstumų tarp molekulės komponentų tam tikru kampu. Kuris operatorius tinkamas tokiam darbui atlikti?

1. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
-1 0 0
0 1 0
0 0 -1

2. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
0 0.5 0
0 0 0
0 0 0

3. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
1 0 1
0 0 0
0 0 1

4. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
0 0 0
15 0 0
0 0 1

Kristalografijos schema I

Toliau pateikti trys trumpi aprašymai. Kuris iš jų tiksliausiai apibūdina dalį kristalografinio struktūros nustatymo eksperimento eigos?

Pirmas:
Spinduliai yra generuojami katode rentgeno spindulių vamzdyje. Katodas yra kaitinamas, o "išlėkę" elektronai yra pagreitinami iki tam tikro lygio. Kai elektronai turi pakankamai energijos, kad galėtų išmušti tiriamos struktūros vidinių orbitalių elektronus, gaunamas rentgeno struktūrinei analizei charakteringas vaizdas/spektras, kuris toliau analizuojamas.

Antras:
Spinduliai yra generuojami anode, kuris yra rentgeno spindulių vamzdyje. Anodas yra kaitinamas, o išlėkę elektronai yra pagreitinami iki tam tikro greičio. Kai elektronai turi pakankamai energijos, kad galėtų išmušti tiriamos struktūros vidinių orbitalių elektronus, gaunamas rentgeno struktūrinei analizei charakteringas vaizdas/spektras, kuris toliau analizuojamas.
Trečias
Spinduliai yra generuojami specialiaus aparato, vadinamo goniometru. Šiuo vamzdžiu sugeneruoti UV spinduliai "praeina" pro turimą kristalą (ar kitą medžiagą, kurios struktūra tiriama) ir vietose, kur yra atomai, lieka juodi taškai, o visur kitur - fono spalva nepasikeičia.

Pagrindinės kristalo savybės I

Įvardinkite dvi pagrindines kristalo savybes.

Teisingas/klaidingas PDB I

Jaunasis kristalografas Martynas išsprendė jūsų struktūrą (baltymą) bei pateikė jums baltymo struktūrinę informaciją PDB formatu. PDB bylos ištrauką matote toliau. Ar struktūra atrodo patikimai išspręsta? (pats PDB failas formaliai yra teisingai, jame nėra sintaksės klaidų).

PDB


Lakstai I

Kokia struktūra pavaizduota piešinėlyje



Lakstai II

Kokia struktūra pavaizduota paveiksliuke?

Lakstai III

Kokia struktūra pavaizduota paveiksliuke?

Lakstai IV

Kokia struktūra pavaizduota paveikslėlyje?

Neteisingas užimtumas

Kurie parametrai PDB eilutėje neturi fizikinės prasmės (t.y. neaprašo realaus, gamtinio baltymo struktūros PDB formatu), laikant, kad atomo cheminis tipas yra teisingas?

Which parameters have no physcal sense in the PDB atom line below, assuming the atom type is correct?

"ATOM 370 O LYS A 54 -0.125 -22.679 43.561 4.00 75.48 C" 

PDB eilutes perkelimas

Kokiu būdu galima PDB failo ATOM įrašą išdėstyti per kelias eilutes?

How can the PDB record (line, card) be split into multiple text lines?

PDB failas neteisingas atomo numeris

Kuri eilutė PDB faile yra neteisinga? Laikykite, kad pirma eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

Which line in the following PDB fragment is incorrect? You can assume that the first HETATM line is OK.

PDB failas neteisingas REMARK

Kuri PDB failo eilutė yra neteisinga? Laikykite, kad pirma eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

Which PDB file line is incorrect? You can assume that the first line that has a record PDB keyword is OK.

PDB failas teisingas

Kurios eilutės PDB faile yra neteisingos? (laikykite, kad pirmoji eilutė turinti PDB raktinį žodį yra teisinga)

Which line of the PDB fragment is incorrect? You can assume that the first line that has a PDB keyword is OK.

pirmas

PDB failo savybės

Kuri savybė (savybės) yra būdingos PDB formato failams?

Which of the following statements describe properties of PDB files?

PDB failų validacija

Kaip validuojami PDB failai?

How are PDB files validated?

PDB irasas HETERO

Kurios PDB failo eilutės yra neteisingos? Laikykite, kad pirmoji eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

Which line of the followinf PDB fragment is incorrect? You can assume that the first line that has a PDB keyword is OK.

PDB neteisinga koordinatė

Kurios eilutės failo PDB žemiau nurodytame fragmente yra neteisingos? Laikykite, kad pirmoji eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

Which line of the following PDB fragment is incorrect? You can assume that the first line that has a PDB keyword is OK.