Suskaičiuoti jungties ilgio paklaidą

S-S tiltelių skaičius tarp Cys liekanų

kampai

Kokie kampai pažymėti kokia raide?

• Paveiksliu ψ kampas pažymėtas skaičiumi:
Answer 1BADC
• Paveiksliuke τ kampas pažymėtas skaičiumi:
Answer 2BADC
• Paveiksliuke Φ kampas pažymėtas skaičiumi:
Answer 3BADC
• Paveiksliuke ω kampas pažymėtasskaičiumi:
Answer 4BADC

Suskaičiuoti amino grupės protonavimo laipsnį

Suskaičiuoti karboksilato protonavimo laipsnį

Suskaičiuoti atomo pozicijos RMS pagal PDB B-faktorių

Suskaičiuoti įkrautos ir neutralios formos konc. santykį.

5 laipsnio simetrijos ašis

Esė apie LJ potencialą

Ese apie PDB failus

Esė apie teoriją ir eksperimentus

Essay apie Ramačandrano diagramas.

N-C galas

• Baltymo N galas yra pažymėtas
Answer 1Skaičiais 3 ir 4Tik skaičiumi 3Tik skaičiumi 1Tik skaičiumi 4Tik skaičiais 1 ir 2Tik skaičiumi 2
• Baltymo C galas yra pažymėtas
Answer 2Skaičiais 3 ir 4Tik skaičiumi 3Tik skaičiumi 1Tik skaičiumi 4Tik skaičiais 1 ir 2Tik skaičiumi 2
• Baltymo šoninės grandinės
Answer 3Skaičiais 3 ir 4Tik skaičiumi 3Tik skaičiumi 1Tik skaičiumi 4Tik skaičiais 1 ir 2Tik skaičiumi 2

Pagal kokius dėsnius asimptotiškai keičiasi L-J potencialas

Pagal kokį dėsnį keičiasi Lenardo-Džonso potencialas (Lennard-Jones potential), kai r artėja link nurodytų ribų. Potencialo formulė yra:

U(r) = 4 * eps * ( (sigma / r)**12 - (sigma / r)**6 )

čia eps ir sigma yra sąveiką aprašančios konstantos, r -- atstumas tarp atomų. Formulėse naudojami Fortran'o/Perl'o susitarimai (** yra kėlimo laipsniu operatorius, * daugybos operatorius).

Lenardo-Džonso potencialio grafikas:

• r -> + inf
Answer 1r ~ r ** -6r ~ r ** -12dėsnis neapibrėžtasr ~ exp( -r/r0 )
• r -> 0
Answer 2r ~ r ** -6r ~ r ** -12dėsnis neapibrėžtasr ~ exp( -r/r0 )
• r -> -inf
Answer 3r ~ r ** -6r ~ r ** -12dėsnis neapibrėžtasr ~ exp( -r/r0 )

Stūmos-traukos jėgos L-J sąveikoje

Tegul dviejų atomų sąveika pilnai aprašoma Lenardo-Džonso potencialu (Lennard-Jones potential):

U(r) = 4 * eps * ( (sigma / r)**12 - (sigma / r)**6 )

čia eps ir sigma yra sąveiką aprašančios konstantos, r -- atstumas tarp atomų. Formulėse naudojami Fortran'o/Perl'o susitarimai (** yra kėlimo laipsniu operatorius, * daugybos operatorius).
Tegul r_m yra pusiausvyrinis atstumas tarp atomų.
Lenardo-Džonso funkcijos grafikas:


Kokios jėgos veikia atomus, jeigu:

• r = r_m
Answer 1Labai silpnos atostūmio jėgos, artėjančios į 0Jėgos lygios 0Traukos jėgosLabai stiprios traukos jėgos, artėjančios į begalybęPeriodiškai besikeičianti erdvėje jėgaAtostūmio jėgos
• r < r_m
Answer 2Labai silpnos atostūmio jėgos, artėjančios į 0Jėgos lygios 0Traukos jėgosLabai stiprios traukos jėgos, artėjančios į begalybęPeriodiškai besikeičianti erdvėje jėgaAtostūmio jėgos
• r > r_m
Answer 3Labai silpnos atostūmio jėgos, artėjančios į 0Jėgos lygios 0Traukos jėgosLabai stiprios traukos jėgos, artėjančios į begalybęPeriodiškai besikeičianti erdvėje jėgaAtostūmio jėgos

Ramačandrano diagramos

Duotos trys Ramačandrano diagramos. Atsakykite į klausimus.

PIRMA:	ANTRA:	TREČIA

Kuri iš struktūrų tinkama homologiniam modeliavimui? {#1}

Kuri iš diagramų galėtų būti įprasto, gamtoje sutinkamo baltymo? {#2}

Kokios struktūros diagramos galėtų būti pirmame ir trečiame piešinuke? {#3}

Kuri aminorūgštis yra pažymėta pirmojoje diagramoje mažu trikampiuku? (pvz. apatiniame dešiniajame ketvirtyje, atitinka kampus: phi apie 93º, psi apie -87º) {#4}

Sudėlioti a. r. savybes

Surasti neteisingas eilutes CIF'e

Ar koordinačių transformacijos matrica bus ortogonali?

• Ne, niekada
• Taip, visada bus ortogonali
• Gali, jei visi kristalo gardelės vektorių a, b ir c ilgiai yra 1 Å
• Gali, jei kiti du elementaruas narvelio kampai bus statūs
• Gali, jei kristalas neturi statmenų antro laipsnio simetrijos ašių

Gamtinių baltymų kristaluose nesutinkami simetrijos operatoriai

• -x, -y, -z
• x, -y, z + 1/2
• -x, -y, z + 1/2
• -x, -y, z
• x, y, z
• x - 1/2, -y, -z

Grandines kryptis

Piešinuke pavaizduota beta lakšto dalis. Nustatykite grandinės kryptį (t.y. galus).

• 4 - N galas
• 2 - C galas
• 4 - C galas
• 1 - N galas
• 3 - C galas
• 3 - N galas
• Nustatyti neįmanoma
• Galai priklauso nuo aplinkinių baltymo struktūrų

hbonds

Piešinuke matote baltymo grandinės dalį (atvaizduota su Rasmol, CPK ir Sticks modeliai). Kurios atomų poros sudarys vandenilines jungtis, palaikančias piešinuke pavaizduotą struktūrą? (atomai pažymėti skaičiais).


P. S. nusistatykite, kokia struktūra yra vaizduojama piešinuke (lakštas/spiralė)

• 1 ir 2
• 9 ir 13
• 11 ir 13
• 7 ir 6
• 12 ir 13

Hidrofobinės šerdies a.r.

• Metioninas
• Valinas
• Izoleucinas
• Leucinas
• Asparto rūgštis
• Glutamo rūgštis
• Histidinas
• Asparaginas
• Glutaminas
• Cistinas
• Cysteinas

Kurios eilutės atitinga supaprastiną CIF gramatiką

• data_pirmas _temp 100 _vardas katinas
• data_i data_ii _tag 333.3 _data x data_iii
• data_a data_b data_c
• _data_a _data b _data c
• data pirmas _tag 123 data_antras _tag 1.234
• data_n1 _pi 3.14 3.14159 data_n2 _e 2.718

L- ir D- Gly Ramačandrano diagramų sąryšis

• Jie yra identiški, nes glicino molekulė sutampa su savo veidrodiniu atspindžiu
• Veidrodyje atspindėtos molekulės leistinų konformacijų rajonas yra didesnis
• Veidrodyje atspindėtos molekulės leistinų konformacijų rajonas yra mažesnis

L- ir D- Phe Ramačandrano diagramų sąryšis

• Inversijos centru Ramačandrano diagramos plokštumoje
• Simetrijos plokštuma, statmena Ramačandrano diagramos plokštumai
• Leistini regionai yra identiški
• D- amino rūgštis turi nedidelius papildomus leistinus rajonus, šalia visų L- izomero leistinų rajonų

Lenardo-Džonso potencialo ekstremumas

• r = sigma * (2 ** 1/6)
• r = sigma * (2 ** -6)
• r = sigma / (2 ** 1/6)
• r = sigma / (2 ** -6)
• r = 4 * eps * sigma * (2 ** 1/6)

Nustatyti struktūrą

Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis (Rasmol, sticks modelis). Nustatykite, kokia antrinė struktūra pavaizduota piešinuke.

• Alfa spiralė
• Lygiagretus beta lakštas
• Antilygiagretus beta lakštas

optinis aktyvumas

• Glicinas
• Valinas
• Leucinas
• Metioninas

Optiškai neaktyvi a.r.

• Glicinas
• Asparaginas
• Lizinas
• Cisteinas
• Glicinas ir cisteinas
• Visos
• Tokių nėra
• Aromatinės

Ortonormuotos erdvės įvedimas kristaluose

• Visuose
• Jokiuose
• Tik tokiuose, kuriuose vektorius a statmenas vektoriui b, vektorius b statmenas vektoriui c ir vektorius c statmenas vektoriui a
• Apibrėžti neįmanoma

Paprastas pH apibrėžimas

• Neigiamas vandenilio jonų koncentracijos tirpale logaritmas
• Vandens jonų koncentracija
• Vandenilio jonų koncentracija
• Azoto jonų koncentracija
• Nei vienas apibūdinimas netinkamas pH terminui

Simetrijos operatoriai kristaluose

• Šešto laipsnio simetrijos ašis
• 2(1) sraigtinė ašis
• Ketvirto laipsnio simetrijos ašis
• Trečio laipsnio rotinversinė ašis
• Septinto laipsnio simetrijos ašis
• Penkto laipsnio rotoinversinė ašis
• Trečio laipsnio simetrijos ašis, pakelianti per pusę gardelės vektoriaus ilgio

Sraigtinės ašys

• 6(1)
• 6(3)
• 6(7)
• 2(1)
• 2(3)
• 3(1)
• 3(2)
• 5(2)

Surasti neteisingas eilutes PDB

Toliau pateikta PDB failo ištrauka. Kurios eilutės yra neteisingos?
Skaičiai viršuje, nurodo kolonėlę. Skaičiai skliaustuose - eilutės numerį. 9 eilutė (pirmas ATOM įrašas yra teisingas).

• (1)
• (2)
• (3)
• (4)
• (5)
• (6)
• (7)
• (8)
• (9)
• (10)
• (11)
• (12)
• (13)
• (14)
• (15)
• (16)
• (17)
• (18)
• (19)
• (20)

Suskaičiuoti Lenardo-Džonso potencialo min. taško r0

Nekovalentinių sąveikų kryptingumas

• vandenilinis ryšys
Answer 1nepriklausopriklauso
• Van der Valso sąveika
Answer 2nepriklausopriklauso
• hidrofobinė sąveika
Answer 3nepriklausopriklauso
• elektrostatinė sąveika tarp įkrautų grupių
Answer 4nepriklausopriklauso

Veiksmai frakcinėse ir ortogonaliose koordinatėse

• Atstumas tarp atomų d = sqrt((x1-x2)**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2)
Answer 1frakcinėseortogonalioseortogonaliose ir frakcinėse
• Antro laipsnio ašies pritaikymas: new_x = -x; new_y = -y, new_z = z
Answer 2frakcinėseortogonalioseortogonaliose ir frakcinėse
• Atomo perkėlimas vienu elementariu narveliu tolyn: x += 1
Answer 3frakcinėseortogonalioseortogonaliose ir frakcinėse
• Atomo perkėlimas į pirmojo oktanto elementarųjį narvelį: x = x - floor( x ); y = y - floor( y ); z = z - floor( z );
Answer 4frakcinėseortogonalioseortogonaliose ir frakcinėse

Dalelės ir kristalo simetrija

• Gali sutapti su antro laipsnio kristalografine simetrijos ašimi
• Gali sutapti su trečio laipsnio kristalografine simetrijos ašimi
• Gali sutapti su ketvirto laipsnio kristalografine simetrijos ašimi
• Gali sutapti su penkto laipsnio kristalografine simetrijos ašimi
• Gali sutapti su aštunto laipsnio kristalografine simetrijos ašimi

Eksperimentiniai metodai atomų koordinačių nustatymui

• Rentgenostruktūrinė analizė
• Elektronų mikroskopija
• Branduolių magnetinis rezonansas
• Mažų kampų Rentgeno spindulių sklaidymas tirpale
• Mažų kampų neutronų sklaidymas tirpale

Kabšo algoritmu gaunamos matricos savybės

• A^T*A = I
• Matrica aprašo atvaizdį, nekeičianti atstumų
• Matrica yra simetrinė
• Matricos visos tikrinės vertės teigiamos

Kurios matricos yra normalios

• Ortogonalios (A^T=A^-1)
• Simetrinės (A^T=A)
• Posūkio operatoriaus matricos

Lagranžo koeficientų metodas -- gradientų savybės

• grad F(x,y) = a * grad g(x,y)
• grad F(x,y) * grad g(x,y) = 0
• F(x,y) = a * g(x,y)
• grad F(x,y) = grad g(a * x,y)
• grad F(x,y) = grad g(x,y)

Lagranžo koeficientų metodas -- minimizuojama funkcija

• F(x,y) + l * g(x,y)
• F(x,y) * l * g(x,y)
• l * F(x,y) / g(x,y)
• F(x,y) + g(l * x,y)
• grad F(x,y) * (l * grad g(x,y))

Ortogonalios matricos savybės

• A^T*A = I
• A^-1*A = I
• A*A = I
• Visos A tikrinės vertės realios ir neneigiamos
• (x, A*y) = (A^T**x, y)
• (x, A*y) = (A*x, y)
• Visos A tikrinės vertės realios

Perl operatorius atomo koordinatėms PDB ATOM įraše gauti.

• $x = substr($_, 30, 8);
• $x = ${[split(" ", $_)]}[6];
• $x =~ m/[-+]?[0-9]+\.[0-9]+/;
• $x = $_[6];
• $x = $_->[6]

Simetrinės matricos kvadrato savybės

• A^T*A = I
• A^T = A
• A*A = I
• Visos A tikrinės vertės menamosios
• (x, A*y) = (A^T**x, y)
• (x, A*y) = (A*x, y)
• Visos A tikrinės vertės realios ir neneigiamos

Simetrinės matricos savybės

• A^T*A = I
• A^-1*A = I
• A*A = I
• Visos A tikrinės vertės realios
• (x, A*y) = (A^T**x, y)
• (x, A*y) = (A*x, y)
• Visos A tikrinės vertės realios ir neneigiamos

Simetrinės matricos tikrinių verčių ir vektorių savybės

• Iš matricos tikrinių vektorių galime sudaryti bazę
• Visos tikrinės vertės yra realios
• Visos tikrinės vertės yra teigiamos
• Visi tikriniai vektoriai yra tiesiškai priklausomi
• Visos tikrinės vertės yra neneigiamos

Rentgenostruktūrinės analizės ese

Nevienetinis difrakcijos sprendinys I

• Tai atspindėtos struktūros ir dėl to jų difrakcijos vaizdai gali sutapti.
• Taip būti negali - įvyko klaida
• Tai glicino struktūra - jis optiškai neaktyvus, dėl to taip ir gavome
• Toks rezultatas yra "normalus/standartinis" - panašių struktūrų difrakcijos vaizdai būna identiški.

Baltymo kampai I

Kokie kampai kokiomis raidėmis pažymėti paveiksliuke (c-alfa atomai ne visur sužymėti)?

• Paveiksliu ψ kampas pažymėtas raide:
Answer 1BA ir CADB ir CC
• Paveiksliuke Φ kampas pažymėtas raide:
Answer 2BA ir CADB ir CC
• Paveiksliuke ω kampas pažymėtas raide:
Answer 3BA ir CADB ir CC

D ir L ribozė I

• Enantiomeras
• Diastereomeras
• Pentatiomeras
• Apibrėžti neįmanoma
• Enantiomeras ir diastereomeras

Izoelektrinis taškas I

• Izoelektrinis taškas
• Endoterinis taškas
• Pusiausvyros taškas
• Lenardo Džonso taškas (potencialo minimumas)

Kokios gamtines a.r yra I

• alfa
• beta
• epsilon
• Jokio skirtumo - svarbu, kad kur nors bus amino grupė

Paskaičiuoti pH

• Neutralus
• Šarminis
• Rūgštinis

Biogeninių elementų valentingumas

• C
Answer 153412
• S (-SH)
Answer 253412
• O
Answer 353412
• Cl
Answer 453412
• N (-NH3+)
Answer 553412
• P (-PO(OH)-)
Answer 653412

Biogeninių elementų valentingumas (2)

• C
Answer 14156
• S (-SO3H)
Answer 24156
• F
Answer 34156
• Br
Answer 44156
• N (-NO2)
Answer 54156
• P (-PO(OH)-)
Answer 64156

Biogeninių elementų valentingumas (3)

• C
Answer 153624
• S (-SH)
Answer 253624
• S (-SO3H)
Answer 353624
• N (-NH2)
Answer 453624
• N (-NO2)
Answer 553624
• P (-PO(OH)-)
Answer 653624

Biogeninių elementų valentingumas (4)

• C
Answer 146235
• S (-SH)
Answer 246235
• S (-SO3H)
Answer 346235
• N (-NH2)
Answer 446235
• Se (-SeH)
Answer 546235
• P (-PO(OH)-)
Answer 646235

Biogeninių elementų valentingumas (5)

• C (-COOH)
Answer 14123
• S (-SH)
Answer 24123
• C (-CH3)
Answer 34123
• N (-NH2)
Answer 44123
• Se (-SeH)
Answer 54123
• H
Answer 64123

Anglies valentingumas biologinėse molekulėse

• 1
• 2
• 3
• 4
• 5
• 6
• 7
• 8

Deguonies valentingumas biologinėse molekulėse

• 1
• 2
• 3
• 4
• 5
• 6
• 7
• 8

Halogenų valentingumas biologinėse molekulėse

• 1
• 2
• 3
• 4
• 5
• 6
• 7
• 8

Sieros valentingumas biologinėse molekulėse

• 1
• 2
• 3
• 4
• 5
• 6
• 7
• 8

Vandenilio valentingumas biologinėse molekulėse

• 1
• 2
• 3
• 4
• 5
• 6
• 7
• 8

Biologinių makromolekulių tipai

• Baltymai
Answer 1Ir hetero, ir homoHomoHetero
• Nukleorūgštys
Answer 2Ir hetero, ir homoHomoHetero
• Polisacharidai
Answer 3Ir hetero, ir homoHomoHetero

Sudėlioti baltymo organizacinius lygius

• Tai paprasčiausia amino rūgščių seka. Jos elemetai ryšius palaiko peptidinės jungties dėka.
Answer 1TretinėAntrinėKetvirtinėPirminė
• Šį lygmenį sudaro lokalios baltymo struktūros, tokios kaip spiralės ar klostės.
Answer 2TretinėAntrinėKetvirtinėPirminė
• Tai gana sudėtinga struktūra, kurią sudaro įvairių žemesnių lygių struktūrų rinkiniai. Tokia struktūra jau gali sudaryti tam tikrą baltymo domeną, kuris pasižymi specifinėmis savybėmis.
Answer 3TretinėAntrinėKetvirtinėPirminė
• Formaliai šis lygis apibrėžia funkcionalų baltymą.
Answer 4TretinėAntrinėKetvirtinėPirminė

atpažinti FASTA formatą

>gi|9630954|ref|NP_047551.1| PTP [Bombyx mori NPV] MFPARWHNYLQCGQVIKDSNLICFKTPLQPELFAYVTSEEDVWTTEQIVKQNPSIGAIIDLTNTSKYYDG VHFLRAGLLYKKIQVPGQTLPSESIVQEFIDTVEEFTEKCPGMLVGVHCTHGINRTGYMVCRYLMHTLGI APQEAINRFEKARGHKIERQNYVQDLLI 

• FASTA
• PDB
• CIF
• Gene bank
• GSS
• Swiss

Baltymu struktūros spėjimo ir eksperimentinio nustatymo metodai

• PGR (Polimerazinė grandininė reakcija, angl. PCR)
• Homologinis modeliavimas
• Ab initio struktūros skaičiavimai
• BMR (Branduolių magnetinis rezonansas, angl. NMR)
• Elektronų mikroskopija
• Rentgenostruktūrinė analizė (angl. X-ray crystallography)

D ar L izomeras

• L izomeras
• D izomeras
• Neįmanoma nustatyti

Eksperimentiniai baltymų struktūros nustatymo metodai

• BMR
• EM
• Ab initio
• Homologinis modeliavimas
• Fold recognition

eksperimentiniai metodai

• Rentgenostruktūrinė analizė
• BMR (branduolių magnetinis rezonansas)
• Elektronų mikroskopija
• PGR (polimerazės grandinės reakcija)
• FISH (flourescensinė in situ hibridizacija)
• Ab initio
• Fold recognition
• Fragmentų metodas

Įvardinti procesą, kurio metu iš stireno gaunamas polistirenas.

• Polimerizacija
• Polisterilizacija
• Homomerizacija
• Heteropolimerizacija

Kas sudaro amino rūgštis?

• Amino grupė
• Šoninė grandinė (radikalas)
• Karboksi grupė
• Ribozė
• Fosfatas

Kas sudaro DNR

• Fosfatato liekana
• Cukrus
• Bazė
• Aminas
• Druskos jonai
• Peptidas
• Karbamidai

L ir D izomerų dažnumas

• L
• D
• Abu sutinkami daugiau mažiau vienodai

Nurodyti, kokioj SCOP klasėje reikia ieškoti lygiagrečių lakštų.

• Alfa
• Beta
• Alfa štrich beta (a/b)
• Alfa plius beta (a+b)

S-S tilteliai 7

• 105
• 5040
• 1680
• 40320
• 2520
• 180

S-S tilteliai 8

• 105
• 100
• 63
• 40320
• 384

Struktūros nustatymo metodai

• PCR
• BMR
• EM
• Ab initio

Būtinos ir pakankamos balno taško sąlygos

• grad F = 0
Answer 1PakankamaNegaliojaBūtina
• H matrica turi visas teigiamas tikrines vertes
Answer 2PakankamaNegaliojaBūtina
• H matrica turi visas neigiamas tikrines vertes
Answer 3PakankamaNegaliojaBūtina
• F gradientas yra neigiamas
Answer 4PakankamaNegaliojaBūtina
• H matricos dalis tikrinių verčių teigiamos, dalis -- neigiamos
Answer 5PakankamaNegaliojaBūtina

Būtinos ir pakankamos maksimumo sąlygos

• grad F = 0
Answer 1PakankamaNegaliojaBūtina
• H matrica turi visas teigiamas tikrines vertes
Answer 2PakankamaNegaliojaBūtina
• H matrica turi visas neigiamas tikrines vertes
Answer 3PakankamaNegaliojaBūtina
• F gradientas yra neigiamas
Answer 4PakankamaNegaliojaBūtina
• H matricos dalis tikrinių verčių teigaimos, dalis -- neigiamos
Answer 5PakankamaNegaliojaBūtina

Būtinos ir pakankamos minimumo sąlygos

• grad F = 0
Answer 1PakankamaNegaliojaBūtina
• H matrica turi visas teigiamas tikrines vertes
Answer 2PakankamaNegaliojaBūtina
• H matrica turi visas neigiamas tikrines vertes
Answer 3PakankamaNegaliojaBūtina
• F gradientas yra teigiamas
Answer 4PakankamaNegaliojaBūtina
• H matricos dalis tikrinių verčių yra teigiamos, dalis -- neigiamos
Answer 5PakankamaNegaliojaBūtina

C alfa atomai

• C-alfa atomas/atomai
Answer 15 ir 89Visi raudoni rutuliukai84 ir 1051
• C-beta atomas/atomai
Answer 25 ir 89Visi raudoni rutuliukai84 ir 1051
• Sieros atomai
Answer 35 ir 89Visi raudoni rutuliukai84 ir 1051

C alfa atomai (2)

• 2
• 5
• 8
• 1
• 3
• 4
• 7
• 9
• 6
• 10

CIF elementų pabaiga

• Reikšmės-teksto su daugeliu eilučių (angl. multi-line text field)
Answer 1sekantis leksinis elementas, kuris nėra CIF reikšmė (arba failo pabaiga);'"Tik sekantis duomenų blokas (arba failo pabaiga)tarpų simboliais
• loop_ lentelės
Answer 2sekantis leksinis elementas, kuris nėra CIF reikšmė (arba failo pabaiga);'"Tik sekantis duomenų blokas (arba failo pabaiga)tarpų simboliais
• data_... blokai
Answer 3sekantis leksinis elementas, kuris nėra CIF reikšmė (arba failo pabaiga);'"Tik sekantis duomenų blokas (arba failo pabaiga)tarpų simboliais
• duomenų vardai (angl. tags)
Answer 4sekantis leksinis elementas, kuris nėra CIF reikšmė (arba failo pabaiga);'"Tik sekantis duomenų blokas (arba failo pabaiga)tarpų simboliais
• Viengubomis kabutėmis išskirtos duomenų reikšmės (angl. single-quoted strings)
Answer 5sekantis leksinis elementas, kuris nėra CIF reikšmė (arba failo pabaiga);'"Tik sekantis duomenų blokas (arba failo pabaiga)tarpų simboliais
• Dvigubomis kabutėmis išskirtos duomenų reikšmės
Answer 6sekantis leksinis elementas, kuris nėra CIF reikšmė (arba failo pabaiga);'"Tik sekantis duomenų blokas (arba failo pabaiga)tarpų simboliais

CIF karkaso komponentai

• CIF failų sintaksė
Answer 1Žodynų failuoseMetažodynuose (mDDL)Formaliomis gramatikomis (pvz. Bekaus-Nauro forma)DDL (Žodynų apibrėžimo kalba, Dictionary Definition Language)
• CIF failų semantikos ypatybės
Answer 2Žodynų failuoseMetažodynuose (mDDL)Formaliomis gramatikomis (pvz. Bekaus-Nauro forma)DDL (Žodynų apibrėžimo kalba, Dictionary Definition Language)
• CIF žodynų semantika
Answer 3Žodynų failuoseMetažodynuose (mDDL)Formaliomis gramatikomis (pvz. Bekaus-Nauro forma)DDL (Žodynų apibrėžimo kalba, Dictionary Definition Language)

Pradiniai CIF elemetų simboliai

• Komentarai
Answer 1#loop_data_;_
• Duomenų vardai (angl. tags)
Answer 2#loop_data_;_
• Duomenų blokai
Answer 3#loop_data_;_
• Lentelės-ciklai
Answer 4#loop_data_;_
• Reikšmės-tekstai su deugeliu eilučių (angl. multi-line text fields)
Answer 5#loop_data_;_

CIF failo sintaksė

• ASCII
• UTF-8
• Windows-1257
• CIF-UNI
• Bekuso-Nauro

CIF failų kampų vienetai

• Laipsniais (apskritimo 360-tosiomis dalimis), minutėmis, sekundėmis
• Laipsniais Celsijaus
• Laipsniais (apskritimo 360-tosiomis dalimis) ir jų dešimtainėmis dalimis (dešimtosiomis, šimtosiomis ir t.t)
• Gradais (stataus kampo šimtosiomis dalimis)
• Tūkstantadaliais (6000-tosiomis apskritimo dalimis)
• Radianais
• Miliradianais

d'Alamber's CIF faile

• Kabutės žodžio viduryje neturi įtakos interpretacijai
• Bus interpretuojama kaip dvi atskiros reikšmės: '1d' ir 's zodzio interpretavimas'
• Nebus interpretuojama - taip rašyti negalima
• Jeigu tokia konstrukcija bus pateikta cikle, tai kiekvienai žymei bus priskirta nauja reikšmė. Ne cikle tokia konstrukcija negalima.

Daugelio eilučių tekstas CIFe

• ; (kabliataškiais eilutės pradžioje)
• ; ... ; (kabliataškiais bet kurioje eilutės vietoje)
• ' (viengubomis kabutėmis)
• " (dvigubomis kabutėmis)
• << >> („prancūziškomis“ kabutės)

Simbolių eilutės CIFe

• " (dvigubos kabutės)
• ' (viengubos kabutės)
• ; (kabliataškiai eilutės pradžioje)
• """ (trys dvigubos kabutės eilutės pradžioje)
• << >> („prancūziškos“ kabutės)

Vardu semantika

• XML formato žodynai
• PDB formato žodynai
• CIF formato žodynai
• HTML formato žodynai

vardu semantika II

• Tik žodynai (.dic)
• Žodynai ir žodynų apibrėžimo failai (.dic, .ddl)
• Žodynai, žodynų apibrėžimo failai ir žodynų apibrėžimo kalbos aprašymo failai (.dic, .ddl, .def)

Grupių krūviai neutraliame tirpale

• Asp -COOH (pKa = 3)
Answer 1NeutraliNeigiamaTeigiama
• Lys -NH3 (pKa = 11)
Answer 2NeutraliNeigiamaTeigiama
• His (pKa = 6)
Answer 3NeutraliNeigiamaTeigiama
• Arg (pKa = 10)
Answer 4NeutraliNeigiamaTeigiama
• Tyr -OH (pKa = 10)
Answer 5NeutraliNeigiamaTeigiama
• Cys -SH (pKa = 8)
Answer 6NeutraliNeigiamaTeigiama

Grupių krūviai rūgščiame tirpale

• Asp -COOH (pKa = 3)
Answer 1TeigiamaNeigiamaNeutrali
• Lys -NH3 (pKa = 11)
Answer 2TeigiamaNeigiamaNeutrali
• His (pKa = 6)
Answer 3TeigiamaNeigiamaNeutrali
• Arg (pKa = 10)
Answer 4TeigiamaNeigiamaNeutrali
• Ser -OH (pKa = 14)
Answer 5TeigiamaNeigiamaNeutrali
• Cys -SH (pKa = 8)
Answer 6TeigiamaNeigiamaNeutrali

Grupių krūviai šarminiame tirpale

• Asp -COOH (pKa = 3)
Answer 1TeigiamaNeutraliNeigiama
• Lys -NH3 (pKa = 11)
Answer 2TeigiamaNeutraliNeigiama
• His (pKa = 6)
Answer 3TeigiamaNeutraliNeigiama
• Arg (pKa = 10)
Answer 4TeigiamaNeutraliNeigiama
• Ser -OH (pKa = 14)
Answer 5TeigiamaNeutraliNeigiama
• Cys -SH (pKa = 8)
Answer 6TeigiamaNeutraliNeigiama

Grupių krūviai silpnai rūgščiame tirpale

• Asp -COOH (pKa = 3)
Answer 1NeutraliNeigiamaTeigiama
• Lys -NH3 (pKa = 11)
Answer 2NeutraliNeigiamaTeigiama
• His (pKa = 6)
Answer 3NeutraliNeigiamaTeigiama
• Arg (pKa = 10)
Answer 4NeutraliNeigiamaTeigiama
• Ser -OH (pKa = 14)
Answer 5NeutraliNeigiamaTeigiama
• Cys -SH (pKa = 8)
Answer 6NeutraliNeigiamaTeigiama

Grupių krūviai silpnai šarminiame tirpale

• Asp -COOH (pKa = 3)
Answer 1TeigiamaNeutraliNeigiama
• Lys -NH3 (pKa = 11)
Answer 2TeigiamaNeutraliNeigiama
• His (pKa = 6)
Answer 3TeigiamaNeutraliNeigiama
• Arg (pKa = 10)
Answer 4TeigiamaNeutraliNeigiama
• Ser -OH (pKa = 14)
Answer 5TeigiamaNeutraliNeigiama
• Cys -SH (pKa = 8)
Answer 6TeigiamaNeutraliNeigiama

Grupių krūviai stipriai rūgščiame tirpale

• Asp -COOH (pKa = 3)
Answer 1TeigiamaNeutraliNeigiama
• Lys -NH3 (pKa = 11)
Answer 2TeigiamaNeutraliNeigiama
• His (pKa = 6)
Answer 3TeigiamaNeutraliNeigiama
• Arg (pKa = 10)
Answer 4TeigiamaNeutraliNeigiama
• Ser -OH (pKa = 14)
Answer 5TeigiamaNeutraliNeigiama
• Cys -SH (pKa = 8)
Answer 6TeigiamaNeutraliNeigiama

Grupių krūviai stipriai šarminiame tirpale

• Asp -COOH (pKa = 3)
Answer 1NeigiamaNeutraliTeigiama
• Lys -NH3 (pKa = 11)
Answer 2NeigiamaNeutraliTeigiama
• His (pKa = 6)
Answer 3NeigiamaNeutraliTeigiama
• Arg (pKa = 10)
Answer 4NeigiamaNeutraliTeigiama
• Tyr -OH (pKa = 10)
Answer 5NeigiamaNeutraliTeigiama
• Cys -SH (pKa = 8)
Answer 6NeigiamaNeutraliTeigiama

įv. grandinės dalys

• Deguonies atomai piešinuke yra pažymėti:
Answer 1Mėlynais rutuliukais3 numeriuRaudonais rutuliukais9 numeriuTokio atomo nėra pažymėtaTik numeriais 1, 4 ir 78 numeriuPilkais rutuliukais
• Azoto atomai pažymėti:
Answer 2Mėlynais rutuliukais3 numeriuRaudonais rutuliukais9 numeriuTokio atomo nėra pažymėtaTik numeriais 1, 4 ir 78 numeriuPilkais rutuliukais
• C-beta atomas pažymėtas:
Answer 3Mėlynais rutuliukais3 numeriuRaudonais rutuliukais9 numeriuTokio atomo nėra pažymėtaTik numeriais 1, 4 ir 78 numeriuPilkais rutuliukais

Įv. grandinės dalys

• Šoninė grandinė (turi būti įvardinti visi šoninės grandinės elementai)
Answer 1Jokia šoninė grandinė nėra pilnai pažymėtaVisi geltoni rutuliukaiVisi raudoni rutuliukai6-12 numeriaiVisi mėlyni rutuliukaiVisi pilki rutuliukai16-19 numeriai
• Deguonies atomai
Answer 2Jokia šoninė grandinė nėra pilnai pažymėtaVisi geltoni rutuliukaiVisi raudoni rutuliukai6-12 numeriaiVisi mėlyni rutuliukaiVisi pilki rutuliukai16-19 numeriai
• Azoto atomai
Answer 3Jokia šoninė grandinė nėra pilnai pažymėtaVisi geltoni rutuliukaiVisi raudoni rutuliukai6-12 numeriaiVisi mėlyni rutuliukaiVisi pilki rutuliukai16-19 numeriai

Karboksi ir amino galų rūgštingumas/baziškumas

• Amino
Answer 1RūgštinisGali būti ir bazinis ir rūgštinisBazinis
• Karboksi
Answer 2RūgštinisGali būti ir bazinis ir rūgštinisBazinis

Amino grupės savybės

Kokia amino grupės savybė vaizduojama paveiksliuke?

• Baziškumas
• Gebėjimas prisijungti protoną
• Rūgštingumas
• Gebėjimas atiduoti protoną
• Gebėjimas prisijungti pozitroną
• Neutralumas

Cis ir trans apibrėžimas

• Trans
• Cis
• Priklauso nuo baltymo
• Šie du terminai nėra taikomi kalbant apie baltymus

pH apibrėžimas primityvus

• Vandenilio jonų koncentracija
• Elektronų koncentracija
• Neutronų koncentracija
• amido grupės kiekis tirpale

pH kas yra

• Vandenilio jonų koncentracijos neigiamas logaritmas
• Hidroksilo jonų koncentracijos neigiamas logaritmas
• Amonio jonų koncentracijos neigiamas logaritmas
• Disociavusių amino grupių koncentracijos neigiamas logaritmas
• Bendra ištirpusių druskų koncentracija

pH reikšmė maža

• Tirpalas yra rūgštinis
• Tirpalas yra šarminis
• Tirpalas yra neutralus
• Lakmuso popierėlis tirpale bus žalsvai mėlynas

pH reikšmės

• Tirpalas yra šarminis.
• Tirpalas yra raudonos spalvos.
• Tirpalas yra rūgštinis.
• Tirpalas yra neutralus.
• Tirpalas yra neutralus

Katalitinis aktyvumas

• RNR
Answer 1KatalizuojaNekatalizuoja
• DNR
Answer 2KatalizuojaNekatalizuoja
• Baltymai
Answer 3KatalizuojaNekatalizuoja

Asimetrinis vienetas ir grandines I

• Viena ar daugiau
• Visada tik viena
• Visada daugiau negu viena
• Tik dvi
• Ne daugiau negu 2

biologinis multimeras

• 0
• 1
• 1/2
• 2
• 1 1/2

Cukraus žiedo konformacija I

• 2' endo 3' egzo
• 2' endo 3'endo
• 3' endo 2' egzo
• 4' trans

Hoogsteen bp I

• Bazių dupleksas
• Bazių tripleksas
• Bazių tetrapleksas
• Bazės ir baltymo kompleksas

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

• Glicinas (H2N-CH2-COOH)
Answer 1nei vieno21
• Alaninas (H2N-CH(CH3)-COOH)
Answer 2nei vieno21
• Treoninas (H2N-CH(CH(OH)-CH3)-COOH)
Answer 3nei vieno21
• Glicerolis (Glicerinas) (HO-CH2-CH(OH)-CH2-OH)
Answer 4nei vieno21
• Glicerino aldehidas(HO-CH2-CH(OH)-C(=O)H)
Answer 5nei vieno21

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

• Glicinas (H2N-CH2-COOH)
Answer 1nei vieno21
• Alaninas (H2N-CH(CH3)-COOH)
Answer 2nei vieno21
• Treoninas (H2N-CH(CH(OH)-CH3)-COOH)
Answer 3nei vieno21
• Izoleucinas (H2N-CH(CH(CH3)(C2H5))-COOH)
Answer 4nei vieno21
• Leucinas (H2N-CH(CH2-CH(CH3)2)-COOH)
Answer 5nei vieno21

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

• Glicinas (H2N-CH2-COOH)
Answer 1nei vieno12
• Alaninas (H2N-CH(CH3)-COOH)
Answer 2nei vieno12
• Fenilalaninas (H2N-CH(CH2-Ph)-COOH), (Ph=C6H5, fenilo liekana)
Answer 3nei vieno12
• Izoleucinas (H2N-CH(CH(CH3)(C2H5))-COOH)
Answer 4nei vieno12
• Leucinas (H2N-CH(CH2-CH(CH3)2)-COOH)
Answer 5nei vieno12

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

• Glicinas (H2N-CH2-COOH)
Answer 1nei vieno21
• Glicerinas (HO-CH2-CH(OH)-CH2-OH)
Answer 2nei vieno21
• Glicerino aldehidas(HO-CH2-CH(OH)-C(=O)H)
Answer 3nei vieno21
• Izoleucinas (H2N-CH(CH(CH3)(C2H5))-COOH)
Answer 4nei vieno21
• Leucinas (H2N-CH(CH2-CH(CH3)2)-COOH)
Answer 5nei vieno21

Kiek asimetrinių atomų turės junginiai

• Glicinas (H2N-CH2-COOH)
Answer 11nei vieno2
• Glicerinas (HO-CH2-CH(OH)-CH2-OH)
Answer 21nei vieno2
• Glicerino aldehidas(HO-CH2-CH(OH)-C(=O)H)
Answer 31nei vieno2
• Izoleucinas (H2N-CH(CH(CH3)(C2H5))-COOH)
Answer 41nei vieno2
• Treoninas (H2N-CH(CH(OH)-CH3)-COOH)
Answer 51nei vieno2

Koduotės

• CIF failuose naudojama?
Answer 1UTF8 koduotėLatin1 (ISO 8859-1) koduotėASCII koduotė su specialiomis formatavimo žymomis (markup)ASCII koduotė
• PDB failuose naudojama:
Answer 2UTF8 koduotėLatin1 (ISO 8859-1) koduotėASCII koduotė su specialiomis formatavimo žymomis (markup)ASCII koduotė

Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs

• H2N-CH2-COOH (glicinas)
Answer 1taipne
• HOOC-CH(OH)-CH(OH)-COOH (vyno rūgštis)
Answer 2taipne
• H2N-CH(CH3)-COOH (alaninas)
Answer 3taipne
• HC(=O)H (formaldehidas)
Answer 4taipne
• HCOOH (skruzdžių rūgštis)
Answer 5taipne
• HO-(CH2)-CH(OH)-C(=O)H (gliceraldehidas)
Answer 6taipne

Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs

• CHCl3
Answer 1netaip
• CCl4
Answer 2netaip
• CHBrI
Answer 3netaip
• HC(=O)H (formaldehidas)
Answer 4netaip
• HCOOH (skruzdžių rūgštis)
Answer 5netaip
• CH2(OH)-CH(OH)-CH(=O) (gliceraldehidas)
Answer 6netaip

Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs

• CHCl3
Answer 1netaip
• CCl4
Answer 2netaip
• CHBrI
Answer 3netaip
• HC(=O)H (formaldehidas)
Answer 4netaip
• HCOOH (skruzdžių rūgštis)
Answer 5netaip
• HO-(CH2)-CH(OH)-C(=O)H (gliceraldehidas)
Answer 6netaip

PDB failas

• ATOM 537338 O HOH I 070 146.667 -23.165 58.036 1.00 37.46 O
Answer 1NeteisingaVisos teisingosTeisingaVisos neteisingos
• ATOM 13466 CA PHE H 133 143.47 21.549 67.038 1.00 18.75 C
Answer 2NeteisingaVisos teisingosTeisingaVisos neteisingos
• ATOM 99999 OXT SER U 231 65.257 -29.473 61.913 1.00 53.67 O
Answer 3NeteisingaVisos teisingosTeisingaVisos neteisingos
• HETATM35998 S SO4 A4001 106.278 22.833 36.046 1.00106.25 S
Answer 4NeteisingaVisos teisingosTeisingaVisos neteisingos
• HETATM36002 O4 SO4 A4001 7 104.991 22.202 36.341 1.00105.92 O
Answer 5NeteisingaVisos teisingosTeisingaVisos neteisingos

T/F PDB eilutės

Žemiau matote PDB bylos ištrauką. Nurodykite, kurios eilutės yra neteisingos. Pirmas ATOM ir HETATM eilutes laikykite teisingomis.

• (4)
• (7)
• (12)
• (13)
• (14)
• (16)
• (17)
• (18)
• (1)
• (2)
• (3)
• (5)
• (6)
• (8)
• (9)
• (11)
• (19)

Sudėlioti funkcinių grupių pavadinimus I

• -OH
Answer 1aminohidroksilokarboksiloantrinė amidoiminosulfhidrilo
• -NH2
Answer 2aminohidroksilokarboksiloantrinė amidoiminosulfhidrilo
• -COOH
Answer 3aminohidroksilokarboksiloantrinė amidoiminosulfhidrilo
• -SH
Answer 4aminohidroksilokarboksiloantrinė amidoiminosulfhidrilo

Sudėlioti savybes grupių I

• Aminai
Answer 1ypač silpni rūgštiniaibaziniairūgštiniaineutralūs
• Karboksilai
Answer 2ypač silpni rūgštiniaibaziniairūgštiniaineutralūs
• Guanidinai ( N-(NH2)2 )
Answer 3ypač silpni rūgštiniaibaziniairūgštiniaineutralūs

Aminų savybė

• Gali prisijungti protoną
• Gali prisijungti elektroną
• Turi rezonansinę struktūrą
• Sudaro S-S tiltelius
• Tinka visi ankstesni atsakymai

Baltymo sukimosi ašys

• Tris
• Dvi
• Vieną
• Jokių posūkių negali būti

diastereomerai I

• diastereomerai
• endotereomerai
• tristereomerai
• pentastereomerai
• Ribozės

suporuoti bazes I

• A
Answer 1CUGT
• G
Answer 2CUGT
• A (RNR struktūroje)
Answer 3CUGT
• C (RNR struktūroje)
Answer 4CUGT

Kiek kampų apibrėžia DNR

• Septyniais
• Dviem
• Trim
• Priklauso nuo to, kokios sudėties DNR (A:G santykio)

Sudelioti dNTP poras I

• 1 ir 4
• 2 ir 3
• 3 ir 4
• 1 ir 3
• 1 ir 2
• Nuspėti neįmanoma

Vektorinės sandaugos rezultatai

• Skaliarinė sandauga
Answer 1Realus skaičiusNatūralusis skaičiusVienetinis vektorius1Vektorius
• Vektorinė sandauga
Answer 2Realus skaičiusNatūralusis skaičiusVienetinis vektorius1Vektorius
• Vektorinė sudėtis
Answer 3Realus skaičiusNatūralusis skaičiusVienetinis vektorius1Vektorius
• Vektorius, normuotas savo ilgiui (a/(a,a))
Answer 4Realus skaičiusNatūralusis skaičiusVienetinis vektorius1Vektorius
• Triguba mišrioji sandauga (a dot [ b x c ])
Answer 5Realus skaičiusNatūralusis skaičiusVienetinis vektorius1Vektorius
• Triguba vektorinė sandauga [a x [ b x c ]]
Answer 6Realus skaičiusNatūralusis skaičiusVienetinis vektorius1Vektorius

Skaliarinė sandauga ir perėjimas į kitą koordinačių sistemą

• Nesikeičia
• Dauginama iš metrino tenzoriaus determinanto
• Keičia ženklą, jei sistema keičia ranką
• Virsta 0, jei naujos sistemos baziniai vektoriai tiesiškai nepriklausomi

Vektorinės sandaugos savybės

• komutatyvumas (a*b = b*a)
• Distributyvumas ( (a+b)*c = a*c + b*c)
• Asociatyvumas (a*bt = (a*b)t)

CIF failų koduotė

• UTF-8
• Windows-1257
• ASCII
• EBCDIC
• iso-8859-13
• iso-8859-1

CIF gardelės ilgių matavimo vienetai

• nanometrais (nm)
• Angstremais (Å)
• metrais (m)
• parsekais (pc)
• pikometrais (pm)
• coliais (")
• centimetrais (cm)

CIF sintaksė -- reikšmių žymėjimas

• Pagal lauko poziciją eilutėje
• Pagal raktinį žodį eilutės pradžioje ir poziciją eilutėję
• Pagal stulpelį, kuriame prasideda reikšmė
• Pagal reikšmės matavimo vienetus
• Pagal raktinį žodį, žymintį reikšmę (arba prieš pat reikšmę, arba loop_ lentelės antraštėje)

Kaip žymimas komentaras

• Pradedamas #
• Pabaigos simbolio "nėra" - komentaras baigiasi, pasibaigus eilutei
• Pradedamas ;
• Baigiamas ;
• Baigiamas #
• Pradedamas _ (pabraukimu)
• Pradžios simbolio nėra
• Pradedamas ir baigiamas ' ', t.y. viengubomis kabutėmis

Eilučių „sulankstymo“ galimybė CIFe

• True
• False

Nurodyti teisingas CIF eilutes I

data_3PS5 {#1}
#
_entry.id   
3PS5 {#2}
# 
_audit_conform.dict_name       mmcif_pdbx dic  {#3}
_audit_conform.dict_version    4.007 
_audit_conform.dict_location   http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 
# 
loop {#4}
_database_2.database_id 
_database_2.database_code 
PDB  3PS5       
RCSB RCSB062750 
# 
_database_PDB_rev.num             1 
_database_PDB_rev.date            2011 04 20 {#5}
_database_PDB_rev.date_original   2010-11-30 
_database_PDB_rev.status          ? 
_database_PDB_rev.replaces        3PS5 
_database_PDB_rev.mod_type        0 
# 
_pdbx_database_status.status_code      REL 
_pdbx_database_status.entry_id         3PS5 
_pdbx_database_status.deposit_site     RCSB 
_pdbx_database_status.process_site     RCSB 
_pdbx_database_status.status_code_sf   REL 
_pdbx_database_status.status_code_mr   ? 
_pdbx_database_status.SG_entry         ? 
_pdbx_database_status.status_code_cs   ? 
# 
loop_ {#6}
_audit_author.name 
_audit_author.pdbx_ordinal 
'Wang, W.'      1 {#7}
'Liu, L.        2 {#8}
 Song, X.       3 {#9} 
'M'o, Y.'       4 {#10}
'Komma, C.'     5 
'Bellamy, H.D.' 
6 {#11}
'Zhao, Z.J.'    7 
'Zhou, G.W.'    8 
# 
_citation.id                        primary 
_citation.title                     'Crystal structure of human protein tyrosine phosphatase SHP-1 in the open conformation.' 
_citation.journal_abbrev            J.Cell.Biochem.

Nurodyti teisingas CIF eilutes II

loop	{#1}
_struct_sheet_order.sheet_id 
_struct_sheet_order.range_id_1 
_struct_sheet_order.range_id_2  
_struct_sheet_order.sense 
A 1 2  anti-parallel 
A-2 3  anti-parallel	{#2} 
A 3 4  anti-parallel 
B 1 2  parallel    	{#3}    
B 2 3  anti-parallel 
B 3 4  anti-parallel 
C 1 2  parallel      
C 2 3  parallel      

# 
_atom_sites.entry_id                    3PS5 
_atom_sites.Cartn_transform_axes        ? 		{#4}	
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]   0.004312 	{#5}
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]   0,002489 	{#6}
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]   
0.000000 						{#7}
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]   0.000000 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]   0.004979 
_atom_sites.fract_transf matrix[2][3]   0.000000 	{#8}
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]   0.000000 	{#9}
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]   0.000000 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]   0.01268p	{#10} 

#
loop_	{#11}
_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id 
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_alt_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.label_asym_id 
_atom_site.label_entity_id 
_atom_site.label_seq_id 
_atom_site.Cartn_x 	{#12}
_atom_site.Cartn y 	{#13}
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.auth_seq_id 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id 
_atom_site.auth_atom_id 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num 
ATOM   1    N N   . MET A 1 1    21.591  -42.833 7.023   1.00 103.11  1   MET A N   1 
ATOM   2    C CA  . MET A 1 1    20.948  -41.529 7.353   1.00 103.11  1   MET A CA  ?	{#14} 
ATOM   3    C C   . 	{#15}
MET A 1 1    19.722  -41.712 8.256   {#16}
1.00 103.11  1   MET A C   1 
ATOM   4    O O   . MET A 1 1    18.682  -42.218 7.818   1.00 103.11  1   MET A O   1 
ATOM   5    C CB  . MET A 1 1    20.583  -40.772 6.066   1.00 133 56  1   MET A CB  1 {#17}
ATOM   6    C CG  . MET A 1 1    20.003  -39.374 6.276   1.00 13.56  1   MET A CG  1  {#18}
ATOM   7    S SD  . MET A 1 1    21.066  -38,274 7.237   1.00 133.56  1   MET A SD  1 {#19}
ATOM   8    C CE  . MET A 1 1    20.136  -36.745 7.157   1.00 13 . 6  1   MET A CE  1 {#20}

Nurodyti teisingas CIF eilutes III

loop_					{#1}
_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id 
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.label_asym_id 
_atom_site.label_entity_id 
_atom_site.Cartn_x 
_atom_site.Cartn_y 
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.auth_seq_id 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id 
_atom_site.auth_atom_id 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num 
HETATM 4225 S S   SO4 B 2  25.976  -54.492 7.328  -1.00 88.63  596 SO4 A S   1 {#2}
HETATM 4226 O O1  SO4 B 2  27.336  -53.987 7.492   1.00 88,63  596 SO4 A O1  1 {#3}
HETATM 4227 O O2  SO4 B 2  25.490  -54.137 6.001   1.00 88.63  596 SO4 A O2  1 {#4}
HETATM ?    ?  ?  ?   ? ?  ?        ?      ?       ?    ?      ?   ?   ? ?   ? {#5}
HETATM 4229 O O4  SO4 B 2  25.114  -53.894 8.339   0.70 88.63  596 SO4 A O4  1 {#6}
HETATM 4230 S S   SO4 C 2  8.156   -42.167 25.468  
1.00 130.88 597 SO4 A S   1 {#7}
HETATM 4231 1 O1  SO4 C 2  8.623   -43.406 26.082  1.00 130.88 597 SO4 A O1  1 {#8}


_pdbx_prerelease_seq.entity_id             1 
_pdbx_prerelease_seq.seq_one_letter_code   
;ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATG	{#9}
QQQGVLQDRDGTIIHLKYPLNCSDPTSERWYHGHMSGGQAETLLQAKGEPWTFLVRESLSQPGDFVLSVLSDQPKAGPGS
PLRVTHIKVMCEGGRYTVGGLETFDSLTDLVEHFKKTGIEEASGAFVYLRQPYYATRVNAADIENRVLELNKKQESEDTA
KAGFWEEFESLQKQEVKNLHQRLEGQRPENKGKNRYKNILPFDHSRVILQGRDSNIPGSDYINANYIKNQLLGPDENAKT
YIASQGCLEATVNDFWQMAWQENSRVIVMTTREVEKGRNKCVPYWPEVGMQRAYGPYSVTNCGEHDTTEYKLRTLQVSPL
DNGDLIREIWHYQYLSWPDHGVPSEPGGVLSFLDQINQRQESLPHAGPIIVHSSAGIGRTGTIIVIDMLMENISTKGLDC
DIDIQKTIQMVRAQRSGMVQTEAQYKFIYVAIAQFIETTKKKLEVLQSQKGQESEYGNITYPPAMKNAHAKASRTSSKHK
EDVYENLHTKNKREEKVKKQRSADKEKSKGSLKRK
;		{#10}

Nurodyti teisingas CIF eilutes IV

data_2QN5
_entry.id 2QN5
;comments in CIF files are written like this. {#1}

loop_
_database_2.database_id
_database_2.database_code
PDB 2QN5
RCSB RCSB043807
Lietuva 1234 {#2}

loop {#3}
_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
'Li, H.T.' 1
'Lin'a, Y.H.' 2 {#4}
'Guan, H.H.' 3
'Hsieh, Y.C. 4' {#5}

_cell.entry_id 2QN5
_cell.length_a 69.653
_cell.length_b 69.653
_cell.length_c 158.169
_cell.angle_alpha 90.00
_cell.angle_beta 90.00
_cell.angle_gamma 89.99 {#6}
_cell.Z_PDB 8
_cell.pdbx_unique_axis ?
#
_symmetry.entry_id 2QN5
_symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2 {#7}


loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
ATOM 1 N N MET A 1 1 -21.822 51.085 24.067 1.00 52.21 1 MET B N 1
ATOM 2 C CA MET A 1 1 -21.837 -1551.386 25.521 1.00 51.97 1 MET B CA 1 {#8}
ATOM 3 C C MET A 1 1 -20.521 52.014 25.939 1.00 52.26 MET B C 1 {#9}
ATOM 4 O O MET A 1 1 {#10}
-19.786 52.535 25.106 1.00 52.30 {#11}
 1 MET B O 1 {#12}
ATOM 2481 O OD1 ASN B 2 223 -40.904 39.061 36.238 1.00 65.50 245 ASN T OD1 1
ATOM 2482 N ND2 ASN B 2 223 -41.273 36.875 35.887 1.00 63.98 245 ASN T ND2 1 -2 {#13}
ATOM 2483 O OXT ASN B 2 223 -45.795 40.202 34.535 1.00 60.41 245 ASN T OXT 1
HETATM 2484 O O HOH C 3 . 6.321 40.381 10.963 1.00 60.37 137 HOH B O 1
HETATM 2485 O O HOH C 3 . -24.405 27.844 17.749 1.00 60.37 138 HOH B O 1
HETATM 2486 O O HOH C 3 . -2.902 49 338 19.039 1.00 60.37 139 HOH B O 1 {#14}
HETATM 2487 O O HOH C 3 . -10.444 38.214 31.760 1.00 60.37 140 HOH B O 1
HETATM 2488 O O HOH C 3 . 1.149 46.918 15.758 1.00 60.37 141 HOH B O 1
HETATM 2489 O O HOH C 3 . 15,547 45.464 -0.046 1.00 60.37 142 HOH B O 1 {#15}
HETATM 2490 O O HOH C 3 . -1.651 38.216 35.386 1.00 60.37 143 HOH B O 1
HETATM 2491 O O HOH C 3 . 8.137 36.882 15.566 1.00 60.37 144 HOH B O 1
HETATM 2492 O O HOH C 3 . -9203 39.088 44.960 1.00 60.37 145 HOH B O 1 {#16}
HETATM 2493 O O HOH C 3 . 19.151 46.102 -3.758 1.00 60.37 146 HOH B O 1

Nurodyti teisingas CIF eilutes V

# 
_loop  {#1}
_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id {#2}
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_alt_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.label_asym_id 
_atom_site.label_entity_id 
 atom_site.label_seq_id {#3}
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code 
_atom_site.Cartn_x 
_atom_site.Cartn_y 
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.Cartn_x_esd 
_atom_site.Cartn_y_esd {#4}
_atom_site.Cartn_a_esd {#5}
_atom_site.occupancy_esd 
_atom_site.B_iso_or_equiv_esd 
_atom_site.pdbx_formal_charge 
_atom_site.auth_seq_id 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id_ {#6}
_atom_site.auth_atom_id 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num 
ATOM 1     N N    . GLN A 1 1   ? 262.637 -44.868 -139.720 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A N    1  
ATOM 2 C CA     . GLN A 1 1   ? 262.940 -45.668    -140.880 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A CA   1  {#7}
ATOM 3     C C    . GLN A 1 1   ? 264.310 -45.263 -141.384 1.00 0.00 ? ?   ? ? ?  -4  GLN A C    1  {#8}
ATOM 4     O O    . GLN A 1 1   ? 264.947 -45.961 -142.174 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  123  GLN A O    1  {#9}
ATOM 9     N NE2  . GLN A 1 1   ? 259.238 -44.706 -143.272 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A NE2  1  {#10}
ATOM 10    H H1   . GLN A 1 1   ? 261.689 -44.878 -139.402 1.00 0.00 ! ! ! ! ! !  -4  GLN A H1   1  {#11}
ATOM 11    H HA   . GLN A 1 1   ? 263.008 -46.697 -140.558 5.00 0.00 ? ? ? ? ? ?    GLN A HA   1  {#12}
ATOM 12    H HB2  . GLN A 1 1   ? 261.820 -44.471 -142.334 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A HB2  1  {#13}
ATOM 13    . HB3  . GLN A 1 1   ? 262.134 -46.167 -142.855 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A HB3  1  {#14}
HETATM 14    H HG2  . GLN A 1 1   ? 260.466 -46.988 -141.139 1.00 0.00 ? ? ? ? ? ?  -4  GLN A HG2  1  {#15}

#

Nurodyti teisingas CIF eilutes VI

data-2LFP	{#1}	
# 
_entry_id   2LFP 	{#2}
# 
_audit_conform.dict_name       mmcif_pdbx.dic 
_audit_conform.dict_version    4.015 
_audit_conform.dict_location   http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 
# 
_loop {#3}
_database_2.database_id 
_database_2.database_code 
PDB  
2LFP       {#4}
RCSB RCSB102335 
BMRB 17768      
# 
_database_PDB_rev.num             1 
_database_PDB_rev.date            2011-09-28 
_database_PDB_rev.date_original   2011-07-07 
_database_PDB_rev.mod_type        0 
_database_PDB_rev.replaces        2LFP
_database_PDB_rev.status          ? {#5}
# 
loop {#6}
_pdbx_database_related.content_type 
+pdbx_database_related.db_id {#7}
_pdbx_database_related.db_name 
_pdbx_database_related.details {#8}
unspecified 2gjv  PDB  . 
unspecified 3fz2  
PDB  {#9}
unspecified 3fzb  PDB  . 
unspecified 1z1z  PDB  . {#10}
'unspecified 2l25'  PDB  . {#11}
unspecified 17768 BMRB . 
#

Nurodyti teisingas CIF eilutes VII

# 
loop_
-citation_author.citation_id {#1}
-citation_author.name {#2}
_citation_author.ordinal {#3}
primary {#4}
'Chagot, B.'  {#5}   
 1 {#6}
primary Auzat, I.       2 {#7}
primary 'Gallopin, M.    3' {#8}
primary 'Petit'pas, I.'    4 {#9}
primary 'Gilquin, B.'      {#10}
primary 'Tavares, P.'     6 7 {#11}
primary 'Zinn-Justin, S.' 7 {#12}

Simetrijos operatoriaus sudarymas (antro laipsnio a. išilgai x)

Simetrijos operatoriaus sudarymas (inversijos centras)

Simetrijos operatoriaus sudarymas I

Simetrijos operatoriaus sudarymas II

Simetrijos operatoriaus sudarymas III

Sudaryti teisingą CIF I

Sudaryti teisingą CIF II

Sudaryti teisingą CIF III

{#1}_1PPO
 
_entry.id   {#2}
 
{#3}
_audit_author.name 
_audit_author.pdbx_ordinal 
'Pickersgill, R.W.' 1 
'Rizkallah, P.'     2 
'Harris, G.W.'      3 
{#4}

_citation.id                        primary 
_citation.title                     'Determination of the Structure of Papaya Protease Omega' 
_citation.journal_abbrev            'Acta Crystallogr.,Sect.B' 
_citation.journal_volume            47 
_citation.page_first                766 
_citation.page_last                 771 
_citation.year                      {#5}


_cell.entry_id           1PPO 
_cell.length_a           74.110 
_cell.length_b           74.110 
_cell.length_c           77.810 
_cell.angle_alpha        90.00 
_cell.angle_beta         90.00 
_cell.angle_gamma        {#6} 
_cell.Z_PDB              6 
_cell.pdbx_unique_axis   {#7} 

loop_
_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id 
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.Cartn_x 
_atom_site.Cartn_y 
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id 
_atom_site.auth_atom_id 

ATOM   1    N  N    LEU  -1.190  36.339 13.905  1.00 0.52      LEU A N   
ATOM   2    C  CA   LEU  -1.937  37.551 13.354  1.00 0.28      LEU A CA   
ATOM   3    C  C    LEU  -1.460  38.802 14.128  1.00 0.15      LEU A C    
ATOM   4    O  O    LEU  -0.848  38.614 15.182  1.00 0.32      LEU A O    
ATOM   5    C  CB   LEU  -3.440  37.407 13.571  1.00 0.60      LEU A CB   
ATOM   6    C  CG   LEU  -4.315  37.010 12.447  1.00 0.40      LEU A CG   
ATOM   7    C  CD1  LEU  -5.674  36.588 12.820  1.00 0.23      LEU A CD1  
ATOM   8    C  CD2  LEU  -4.111  37.406 11.023  1.00 {#8}      LEU A CD2

Sudaryti teisingą CIF IV

Sudaryti teisingą CIF V

Sudaryti teisingą CIF VI

# 
{#1}
{#2} 
_audit_author.pdbx_ordinal 
{#3}
{#4}
#
# 
{#5}
_citation_author.citation_id 
_citation_author.name 
_citation_author.ordinal 
primary 'Love, R.A.'   1 
primary 'Stroud, R.M.' 2 
1       'Agard, D.A.'  3 
#

Sudėti elementus PDB eilutėse (iš drop down meniu)

Anglies valentingumas

• Answer

a. r. sudėtinės dalys

• Amino grupė
• Šoninė grandinė (radikalas)
• Karboksi grupė
• Ribozė
• Fosfatas

Alfa spirales kryptis

• Dešiniojo
• Kairiojo
• Gali būti susisukus į abi puses
• Spiralė keičia kryptis priklausomai nuo aplinkos sąlygų

Baltymų struktūros lygiai

• 3, 4, 2, 1
• 1, 2, 3, 4
• 1, 2, 4, 3
• 1, 3, 2, 4
• 1, 3, 4, 2
• 3, 4, 1, 2
• 3, 2, 1, 4
• 4, 3, 2, 1

beta spiralė

• Įmanoma
• Neįmanoma

Katalitinės funkcijos vykdytojai

• Taip, gali
• Ne, negali

Keliaguba yra vandenilinė jungtis

• Vienguba
• Dviguba
• Triguba
• Keturguba
• Priklauso nuo aplinkos

Kur rasti L izoformos baltymus

• Bet kur - tai natūrali/įprasta baltymo izoforma
• Antibiotikuose
• Naguose, plaukuose ir panašiose struktūrose
• Natūralių šios izoformos baltymų nėra

Kur sutinkami D amino rūgščių izomerai?

• Antibiotikuose
• Tokių neįmanoma rasti
• Bet kur - tai įprasta izoforma
• Tik naguose/plaukuose ir pan. struktūras sudarančiuose baltymuose

Nestandartinės truktūros

• Kitokių struktūrų negali būti
• Teoriškai tokių struktūrų turėtų būti, bet kol kas jų egzistavimas neįrodytas.
• Taip, egzistuoja. Pvz. triguba kairioji spiralė.
• Taip, egzistuoja. Pvz. beta spiralė.

Optiškai neaktyvi a. r. I

• Glicinas
• Leucinas
• Izoleucinas
• Valinas
• Treoninas
• Visos yra optiškai neaktyvios
• Visos yra optiškai aktyvios
• Tirozinas
• Serinas
• Glicerolis
• Glebinas

Amino rūgštys ir jų lokalizacija baltyme

• Baltymo paviršiuje (išorėje)
• Baltymo viduje
• Per mažai informacijos
• Pagal a. r. neįmanoma nuspėti domeno lokalizacijos
• Aktyvajame centre

Ramachandrano diagramos kampai I

• Psi
• Phi
• Tau
• Omega
• Alfa

Sierą turinčios a. r.

• Cisteinas
• Metioninas
• Valinas
• Leucinas
• Glicinas
• Izoleucinas
• Amino rūgštys negali turėti sieros savo sudėtyje

Baltymų struktūros spėjimo metodai

• Rentgeno struktūrinė analizė
• PCR
• Ab initio
• Fold recognition
• Homologinis modeliavimas

Kiek kokių lakštų struktūroj

• Answer

PDB failų koduotės

• Answer

Atomo krūvio nurodymas

• True
• False

Kristalo gardelės kampai CRYST1 įraše

• True
• False

PDB failas ir tekstas per kelias eilutes

• True
• False

Būtina ekstremumo sąlyga

• jos gradientas tame taške lygus nuliui
• jos gradientas tame taške teigiamas
• jos gradientas tame taške neigiamas
• jos Heso matrica tame taške lygi nuliui
• jos Heso matrica tame taške turi lygias nuliui tikrines vertes

Lagranžo koefcientų metodas

• G(x,y,l) = E(x,y) + l*f(x,y) stacionariame taške
• taške, kur grad(E(x,y)) = 0
• taške, kur grad(f(x,y)) = 0
• G(x,y,l) = E(x,y) * l*f(x,y) stacionariame taške
• G(x,y,l) = E(x,y) / (l*f(x,y)) stacionariame taške

Simetrinės matricos tikriniai vektoriai

• Skirtingams tikrines vertes atitinkantys vektoriai yra ortogonalūs
• Iš simetrinės matricos tikrinių vektorių galima sudaryti bazę
• Simetrinės matricos tikriniai vektoriai yra tiesiškai priklausomi
• Simetrinės matricos bent vienas tikrinis vektorius lygus nuliniam
• Simetrinės matricos vektoriai, turintys vienodas tikrines vertes, visada yra tiesiškai priklausomi

Simetrinio operatoriaus savybės

• (x,Ay) = (Ax,y)
• (transp(A)x,y) = (x,Ay)
• (Ax,Ay) = (x,y)
• (x,Ay) = (inv(A)x,y)

Cukraus 3' konformacija

Kokia cukraus žiedo konformacija pavaizduota paveiksliuke?

• 3' endo
• 3' egzo
• 2'endo-3egzo
• 3'egzo-2'endo
• 2 egzo

Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės

• Minimumą
• Maksimumą
• Balno tašką

Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės II

• Maksimumą
• Minimumą
• Balno tašką

Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės III

• Balno tašką
• Minimumą
• Maksimumą

Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės IV

• Funkcijos savybes apsprendžia aukštesnės eilės išvestinės
• Funkcija turės minimumą
• Funkcija turės balno tašką

Dešiniosios Dekarto k. sistemos bazinių vektorių savybės

• (x [y * z]) = 0
• (x [y * z]) > 0
• (x [y * z]) < 0
• (x y) = (x z) = 0
• (x x) = (y y) = 0
• (z z) = 1

Numatytoji PDB failų ortogonalizacija

• a, [C * a], C
• b, [A * b], A
• c, [B * c], B
• a+b, [C * (a+b)], C
• A, [c * A], C
• a, B, [a * B]
• A, b, [A * b]

SCALEn matricos

• SCALEn (n=1,2,3)
• ORIGXn (n=1,2,3)
• MTRIXn (n=1,2,3)
• CRYST1
• REMARK

Heso matricos pavidalas funkcijos balno taške

• 
  [ 1 0 0 ]
  [ 0 1 0 ]
  [ 0 0 1 ]
• 
  [ 6 0 0 ]
  [ 0 5 0 ]
  [ 0 0 7 ]
• 
  [ -6 0 0 ]
  [ 0 5 0 ]
  [ 0 0 -7 ]
• 
  [ 6 1 0 ]
  [ 0 5 1 ]
  [ 0 3 -7 ]
• 
  [ -1 0 0 ]
  [ 0 -1 0 ]
  [ 0 0 -1 ]
• 
  [ -6 0 0 ]
  [ 0 -5 0 ]
  [ 0 0 -7 ]

Heso matricos pavidalas funkcijos maksimume

• 
  [ 1 0 0 ]
  [ 0 1 0 ]
  [ 0 0 1 ]
• 
  [ 6 0 0 ]
  [ 0 5 0 ]
  [ 0 0 7 ]
• 
  [ -6 0 0 ]
  [ 0 5 0 ]
  [ 0 0 -7 ]
• 
  [ 6 1 0 ]
  [ 0 5 1 ]
  [ 0 3 -7 ]
• 
  [ -1 0 0 ]
  [ 0 -1 0 ]
  [ 0 0 -1 ]
• 
  [ -6 0 0 ]
  [ 0 -5 0 ]
  [ 0 0 -7 ]

Heso matricos pavidalas funkcijos minimume

• 
  [ 1 0 0 ]
  [ 0 1 0 ]
  [ 0 0 1 ]
• 
  [ 6 0 0 ]
  [ 0 5 0 ]
  [ 0 0 7 ]
• 
  [ -6 0 0 ]
  [ 0 5 0 ]
  [ 0 0 -7 ]
• 
  [ 6 1 0 ]
  [ 0 5 1 ]
  [ 0 3 -7 ]
• 
  [ -1 0 0 ]
  [ 0 -1 0 ]
  [ 0 0 -1 ]
• 
  [ -6 0 0 ]
  [ 0 -5 0 ]
  [ 0 0 -7 ]

Heso matricos pavidalas funkcijos minimume (dublikatas)

• 
  [ 1 0 0 ]
  [ 0 1 0 ]
  [ 0 0 1 ]
• 
  [ 6 0 0 ]
  [ 0 5 0 ]
  [ 0 0 7 ]
• 
  [ -6 0 0 ]
  [ 0 5 0 ]
  [ 0 0 -7 ]
• 
  [ 6 1 0 ]
  [ 0 5 1 ]
  [ 0 3 -7 ]
• 
  [ -1 0 0 ]
  [ 0 -1 0 ]
  [ 0 0 -1 ]
• 
  [ -6 0 0 ]
  [ 0 -5 0 ]
  [ 0 0 -7 ]

Kabšo algoritmo pritaikomumas enantiomerams

• Galima, gausime matricą su atspinžio elementu (det(U) = -1)
• Galima, gausime geriausą gryno posūkio matricą (det(U) = +1)
• Negalima
• Galima, bet tik tada, kai visi atomai proklauso vienai plokštumai

Kabšo algoritmo pritaikomumas plokščiai taškų aibei

• Galima, įvedus papildomą plokštumai statmeną vektorių
• Galima be jokių papildomų pakeitimų
• Negalima iš principo

Kas yra vandenilinė jungtis

• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir elektroneigiamo atomo.
• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tik tarp deguonies ir vandenilio atomų.
• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir bet kokio kito atomo.
• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandens molekulės ir bet kurio kito elektroteigiamo atomo.
• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir kokio nors kito elektroteigiamo atomo.

Nekovalentinės sąveikos baltymuose

• Van der Valso
• Vandeniliniai ryšiai
• Hidrofobinė sąveika
• Elektrostatinė sąveika
• Joninė sąveika
• S-S tilteliai

Su kuo susidarys vandenilinė jungtis

• Azotas
• Deguonis
• Fluoras
• Argonas
• Kalis
• Kalcis
• Helis

Van der Waals sąveika

• Stūmos jėgas
• Traukos jėgas
• Stūmos ir traukos jėgas

Kas yra vandenilinė jungtis I

• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir elektroneigiamo atomo.
• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tik tarp deguonies ir vandenilio atomų.
• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir bet kokio kito atomo.
• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandens molekulės ir bet kurio kito elektroteigiamo atomo.
• Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir kokio nors kito elektroteigiamo atomo.

Su kuo susidarys vandenilinė jungtis I

• Azotas
• Deguonis
• Fluoras
• Argonas
• Kalis
• Kalcis
• Helis

Van der Waals sąveika I

• Stūmos jėgas
• Traukos jėgas
• Stūmos ir traukos jėgas

Kokios matricos ieškome, naudodami Kabšo algoritmą?

• Ortogonalios
• Simetrinės
• Išsigimusios
• Su determinantu, lygiu 0

Ortogonalios matricos savybės

• Jos atvirkšinė lygi transponuotai
• Ji lygi savo transponuotai
• Turi bent vieną stupelį su visais elementais, lygiais 0
• Turi determinantą, lygų 0

Ortogonalios matricos savybės II

• Padauginta iš vektoriaus ortogonaliose koordinatėse, nekeičia jo ilgio
• Aprašo tik posūkius Euklidinėje erdvėje
• Aprašo tik atspindžius Euklidinėje erdvėje
• Visada turi realias tikrines (nuosavas) vertes

Koordinačių sistemos komponentai

• Koordinačių pradžia
• Koordinačių ašys
• Matavimo vienetai ar skalė
• "Ranka"
• Ortogonalai
• Radialinis faktorius

Skaliarinė sandauga

• Dviejų vektorių skaliarinė sandauga yra lygi šių vektorių modulių sandaugai, padaugintai iš kosinuso kampo tarp šių vektorių.
• Skaliarinė sandauga yra vektorius, lygus tų vektorių ilgių sandaugai, padaugintai iš kampo tarp vektorių sinuso ir vienetino vektoriaus, stataus abiem.
• Skaliarinė vektorių skaliarinė sandauga yra lygi šių vektorių ilgių modulių sandaugai.
• Skaliarinė sandauga yra lygi dviejų vektorių vektorinei sandaugai, padalintai iš vektorių ilgių kvadratų sumos.

Vektorinės sandaugos savybės

• komutatyvumas (a*b = b*a)
• Distributyvumas ( (a+b)*c = a*c + b*c)
• Asociatyvumas (a*bt = (a*b)t)

Paskaičiuoti gardelės tūrį iš konkretaus CIF

• Answer

Tiesinių koordinačių tipas

• Answer

koordinačių transformacija

• 1
• 2
• 3
• 4
• 1 ir 4
• 1 ir 2

koordinačių transformacija I

• 1
• 2
• 3
• 4
• 1 ir 4
• 1 ir 2

Kristalografijos schema I

• Pirmas
• Antras
• Trečias

Pagrindinės kristalo savybės I

• Periodiškumas
• Diskretiškumas
• Stochastiškumas
• Tolydumas
• Faziškumas

Teisingas/klaidingas PDB I

Jaunasis kristalografas Martynas išsprendė jūsų struktūrą (baltymą) bei pateikė jums baltymo struktūrinę informaciją PDB formatu. PDB bylos ištrauką matote toliau. Ar struktūra atrodo patikimai išspręsta? (pats PDB failas formaliai yra teisingai, jame nėra sintaksės klaidų).

• Remiantis pateiktais duomenis, struktūros sprendimas atrodo geras
• Remiantis pateiktais duomenimis, struktūra nėra išspręsta visiškai teisingai - įtartimus kelia koordinatės
• Remiantis pateiktais duomenimis, struktūra nėra išspręsta visiškai teisingai - įtartimus kelia užimtumo reikšmės
• Remiantis pateiktais duomenimis, struktūra nėra išspręsta visiškai teisingai - įtartimus kelia temperatūriniai faktoriai

Lakstai I

Kokia struktūra pavaizduota piešinėlyje

• Antilygiagretus beta lakštas
• Lygiagretus beta lakštas
• Alfa spiralė
• Kilpa

Lakstai II

• Antilygiagretus beta lakštas
• Lygiagretus beta lakštas
• Alfa spiralė
• Kilpa
• z spiralė

Lakstai III

• Antilygiagretus beta lakštas
• Lygiagretus beta lakštas
• Alfa spiralė
• Kilpa
• z spiralė

Lakstai IV

• Antilygiagretus beta lakštas
• Lygiagretus beta lakštas
• Alfa spiralė
• Kilpa
• z spiralė

Neteisingas užimtumas

"ATOM 370 O LYS A 54 -0.125 -22.679 43.561 4.00 75.48 C" 

• Užimtumas/Occupancy
• Koordinatės/Coordinates
• Raktinis žodis/The keyword
  
• Atomo vardas/Atom name
  
• B faktorius/B-factor

PDB eilutes perkelimas

• Tai neįmanoma/This is not posisble
  
• Antrą (ir kitas) eilutes pradedant ";"/Start second and subsequent lines with ";"
  
• Antrą (ir kitas) eilutes pradedant "/" / Start second and subsequent lines with "/"
  
• Antrą (ir kitas) eilutes pradedant "#"/Start second and subsequent lines with "#"
• Tai daroma automatiškai: eilutė tęsiasi iki randamas kitas raktinis žodis/It happins automatically: the record continues untill the next PDB record keyword
  

PDB failas neteisingas atomo numeris

Kuri eilutė PDB faile yra neteisinga? Laikykite, kad pirma eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

Which line in the following PDB fragment is incorrect? You can assume that the first HETATM line is OK.

• Trečia/the third (nr. 822305)
• Antra/the second (nr. 2304)
• Ketvirta/the fourth (nr. 2306)
• Penkta/the fifth (nr. 2307)
• Visos teisingos/All lines are correct
  

PDB failas neteisingas REMARK

Kuri PDB failo eilutė yra neteisinga? Laikykite, kad pirma eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

Which PDB file line is incorrect? You can assume that the first line that has a record PDB keyword is OK.

• Antra/the second (REMARK 350 COORDINATES ...)
• Trečia/the third (BIOLOGICALLY SIGNIFICANT ...)
• Ketvirta/the fourth (BY APPLYING ...)
• Penkta/the fifth (REMARK 350 BOTH ...)
• Visos eilutės teisingos/All rows are correct
  

PDB failas teisingas

Kurios eilutės PDB faile yra neteisingos? (laikykite, kad pirmoji eilutė turinti PDB raktinį žodį yra teisinga)

Which line of the PDB fragment is incorrect? You can assume that the first line that has a PDB keyword is OK.

• Visos eilutės teisingos/All rows are correct.
  
• Neteisinga antra/the second (ATOM 162)
• Neteisinga trečia/the third (ATOM 163)
• Neteisinga ketvirta/the fourth (ATOM 164)
• Neteisinga penkta/the fifth (ATOM 165)
• Visos neteisingos/all are incorrect
  

PDB failo savybės

• Fiksuoto ilgio eilutės/Lines have fixed length
  
• Kiekviena eilutė prasideda raktiniu žodžiu/Each line starts with a keyword
  
• Lengva įvesti papildomus/naujus bet kokio ilgio duomenų laukus/additional fields of arbitrary length can be easily introduced
  
• Formatas yra standartizuotas/The format is standardised
  

PDB failų validacija

• Naudojant žodynus (*.ddl failus)/Using dictionaries (*.ddl files)
  
• Pagal PDB dokumentaciją parašytomis programomis/Using ad hoc programs that were written following the PDB format documenation
  
• XML schemomis/XML schemas
  
• PDB formato žodynais/PDB format dictionaries
  

PDB irasas HETERO

Kurios PDB failo eilutės yra neteisingos? Laikykite, kad pirmoji eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

Which line of the followinf PDB fragment is incorrect? You can assume that the first line that has a PDB keyword is OK.

• Trečia/the third (nr. 2301)
• Antra/the second (nr. 2300)
• Ketvirta/the fourth (nr. 2302)
• Penkta/the fifth (nr. 2303)
• Visos neteisingos/All are incorrect
  

PDB neteisinga koordinatė