Antros pagal populiarumą ar šoninių grandinių konformacijos
===========================================================

Baltymo pagrindinės grandinės konformacija nusakoma iš esmės nurodant
du dvisienius kampus – φ ir ψ. Panašus aprašymas galioja ir
aminorūgščių (a.r.) šoninėms grandinėms: jei jose yra viengubų
jungčių, aplink kurias molekulės dalys gali sukti, šias jungtis
charakterizuojantys dvisieniai kampai gali kisti. Kyla klausimas, o
kokios gi dažniausiai aptinkamos šių kampų reikšmės?

Išanalizuokite šoninės grandinės dvisienių kampų pasiskirstymą
*antrai* pagal pasikartojimo dažnį PDB a.r., kuriai tai pritaikoma
(t.y. iš „populiarumo konkurso“ išmeskite Gly ir Ala – kodėl?).

Klausimai Jūsų surastai a.r.:

- kokia tai a.r.?

- kokios yra dažniausiai PDB sutinkamų šoninių grandinių kampų sritys?
  Kodėl?

- ar aptinkamos Jūsų surastos rūšies a.r., kurių šoninės grandinės
  turi retas konformacijas? Kodėl šios konformacijos atsiranda? Kokia
  jų biologinė prasmė? Ar tai struktūrų sprendimo/aprašymo klaidos, ar
  realūs gamtos faktai?

- Kokie statistiniai parametrai geriausiai aprašo Jūsų a.r. šoninės
  grandinės kampų pasiskirstymą? Kodėl?

Programa:

Šiam tyrimui reikalinga programa, kuri skaito PDB archyvo failus ir
nustato bei išveda kiekvienai Jus dominančiai a.r. šoninės grandinės
kampų reikšmes.