Kokiuose baltymuose daugiau S-S tiltelių
========================================

Kovalentinės jungtys tarp dviejų Cys liekanų sieros atomų, taip
vadinami S-S tilteliai, sutinkamu daugelyje baltymų ir, manoma,
suteikia baltymams stabilumo.

Klausimai:

- kiek įvairiuose baltymuose, aprašytuose PDB archyve, yra S-S
  tiltelių? Koks šio dydžio pasiskirstymas, kokie jo parametrai? Ką iš
  jų galime pasakyti?

- kiek S-S tiltelių tenka vidutiniškai vienai (na gerai, 100 ;)
  baltymo liekanų? Ar šis dydis koreliuoja su kitais baltymo
  parametrais? Kokiais? Kodėl? Koks šio dydžio statistinis
  pasiskirstymas, kokie jo parametrai? Ką iš jų galime pasakyti?

- Ar yra baltymų klasės, kurioms S-S tiltelių skaičius yra kažkuo
  ypatingas? Jei yra, kokios? Jei tokie baltymai egzistuoja, kodėl jose
  S-S tiltelių skaičius yra skirtingas, negu bendroje baltymų masėje?
  Ar jose S-S tiltelių skaičius didesnis ar mažesnis, negu
  vidutiniškai? Kodėl, kokia šių skirtumų biologinė prasmė?

* (sunkesnė papildoma užduotis) Kaip S-S tiltelių skaičius koreliuoja
  su baltymo stabilumu? Kokias parametrais baltymo molekulės stabilumą
  galima įvertinti? Ar reikiama informacija yra PDB archyve? Jei taip,
  kokia? Jei ne, kur jos ieškoti? Kaip galima stabilumo ir S-S
  tiltelių skaičiaus koreliaciją įvertinti visam PDB archyvui? Nuo ko
  pradėtumėte? Ar galite tą koreliaciją įvertinti bent keliems
  baltymams ar baltymų klasėms?

Programa:

Šiam tyrimui reikalinga programa, kuri skaito PDB archyvo failus ir
nustato bei išveda S-S tiltelių skaičių, o gal ir tiltelius
sudarančias liekanas. Reikia nepasikliauti anotacijomis, o aptikti S-S
tiltelius pagal atomų koordinates.