Peptidai skirtingose konformacijose Ramačandrano diagramoje
===========================================================

Žinome, kad globulinio baltymo seka apsprendžia jo natyvią
konformaciją. O ar galioja tai trumpiems peptidams?

Klausimai:

- parinkite iš PDB archyvo 6-12 a.r. ilgio peptidų, patikrinkite jų
  konformacijas (spiralė, lakštas, etc.). Kaip tą darysite?

- Ar sutinkate peptidus, kurie gali turėti radikaliai skirtingas
  konformacijas? Jei ne, kodėl? Jei taip, kodėl ir kaip tai suderinti
  su termodinamine Anfinseno hipoteze?

Programos:

Šiam tyrimui greičiausiai reikės dviejų Unix programų: viena jų turėtų
„prikarpyti“ trumpų peptidų iš PDB, o kita suskaičiuoti jų
konformacijas. Kokius parametrus skaičiuosite, kad nustatyti peptido
konformaciją?