Peptidų tau kampai
==================

Peptidų konfigūracija baltymuose pirmu artiniu gali būti aprašoma
kampais φ, ψ ir ω, kur φ bei ψ kampai gali turėti reikšmes iš
nepertraukiamo diapazono, ω kampas būna 0 arba 180 laipsnių (cis- ir
trans- peptidai), o visi kiti pagrindinės grandinės kampai yra
fiksuoti, kaip ir jungčių ilgiai. Tačiau tau tik pirmasis artinys –
realiame gyvenime visi dydžiai kinta.

Vienas kampų, kurio kitimas gali būti įdomus, yra τ kampas, kurį
sudaro cheminės jungtis tarp N-Cα ir Cα-C atomų.

Klausimai:

- patyrinėkite, kaip šis kampas kinta įvairiose struktūrose. Kokia
  tipiška šio kampo reikšmė? Kodėl? Koks yra šio kampo reikšmių
  pasiskirstymas? Ar jis simetriškas? Kokią prasmę turi Jūsų
  suskaičiuota „tipiška“ reikšmė? Koks statistinis parametras (moda,
  mediana, imties vidurkis, dispersija, standartinis nuokrypis, ...)
  geriausiai atspindi svarbias τ kampo reikšmių skirstinio savybes?

- kokiose struktūrose, ar kokios aminorūgštyse (a.r.), τ kampas
  gerokai skiriasi nuo „tipiškų“ reikšmių? Kodėl? Ar šie skirtumai yra
  struktūros sprendimo klaidos, ar jie turi biologinę prasmę?

Programa:

Šiam tyrimui reikalinga programa, kuri skaito PDB archyvo failus ir
nustato bei išveda τ kampo reikšmes visoms liekanoms. Nepamirškite,
kad reikės atsekti, kokiam baltymui ir kokiai jo liekanai kiekviena τ
reikšmė priklauso.