Viruso dalelių dydžiai
======================

Viruso dalelės (kapsidės) sudarytos iš daugelio vienodų baltymų vienetų
ir dažnai būna itin simetriškos. Dėl šios priežasties tiek nustatant
virusų struktūras, tiek atvaizduojant jas PDB archyve, nurodomos ne
visos viruso dalelės atomų koordinatės, ir net ne visos kristale
esančių nepriklausomų atomų koordinatės (asimetrinis vienetas), o tik
tų atomų koordinatės, iš kurių simetrijos operatorių pagalba gali būti
atstatyti visi likusieji atomai. Patys simetrijos operatoriai taip pat
nurodomi specialiuose PDB failų įrašuose [1].

Norint sužinoti bet kokias struktūrines virusų dalelių
charakteristikas, visų pirma reikia suskaičiuoti nenurodytų PDB faile
atomų koordinates, pritaikant nurodytus simetrijos operatorius.

Klausimai:

- kiek PDB archyve yra virusų dalelių struktūrų? Kiek iš jų yra
  ikosaedrinių virusų kapsidžių struktūros? Nurodykite ir aptarkite
  paieškos metodus.

- Kokie yra PDB archyve aprašytų virusų dalelių dydžiai? Ikosaedrinių
  virusų dalelių dydžiai (diametrai)? Koks šių parametrų
  pasiskirstymas? Kaip jis priklauso nuo viruso nukleorūgšties (n.r.)
  ilgio/masės? Koks viruso kapsidėje supakuotos n.r. tankis? Ar jis
  vienodas visiems virusams, ar pastebite kažkokias tendencijas? 

- Ar viruso kapsidės vidaus nukleorūgšties tankis panašus į baltymo
  globulės tankį (suraskite literatūroje šio tankio reikšmę)? Ar jis
  priklauso nuo to, ar virusas naudoja DNR, ar RNR; ar nukleorūgštis
  viengrandė, ar dvigrandė?

Programa:

Šiam tyrimui reikalinga programa, kuri skaito PDB archyvo failus,
suranda juose biologinės dalelės atstatymo matricas, pritaiko jas
atomams ir nustato dalelės dydį. Kokias matricas pritaikysite? Kokį
parametrą ar parametrus naudosite kaip kapsidės dydį (parametrai turi
būti informatyvūs, iš vienos pusės, bet ir nesunkiai suskaičiuojami,
iš kitos pusės)? Derinimo ir programos patikrinimo tikslams reikėtų
numatyti opciją visiems sugeneruotiems atomams išvesti tinkamu
formatu.

Nuorodos:

1. Protein Data Bank. Introduction to Biological Assemblies and the
   PDB Archive. [žiūrėta 2020-02-25]
   URL: https://pdb101.rcsb.org/learn/guide-to-understanding-pdb-data/biological-assemblies