Omega kampai ir cis trans peptidai
==================================

Peptidinė jungtis yra „beveik“ dviguba, ir peptidai gali būti cis arba
trans konformacijoje. Tai reiškia, kad peptido kampas ω turi kelias
diskretines reikšmes. Dėl sterinių trukdžių trans peptidai gamtoje
sutinkami žymiai dažniau negu cis. Bet realiame gyvenime (beveik)
visada pasitaiko nukrypimų nuo taisyklių ;).

Klausimai:

- kiek PDB archyvo struktūrose yra cis, kiek trans peptidų? Kurie
  dažnesni? Koks yra jų dažnių santykis?

- ar cis/trans peptidų dažnių santykis vienodas visoms aminorūgštims
  (a.r.)? Jei ne, kurios turi skirtingus cis/trans santykius? Kokius?
  Kodėl?

- Kokios yra sutinkamos ω kampo reikšmės? Koks yra reikšmių
  pasiskirstymas apie šias „tipiškas“ reikšmes? Koks tikėtinas
  nukrypimas nuo šių „tipiškų“ reikšmių? Kokie statistiniai parametrai
  geriausiai tiks, kad atsakyti į šiuos klausimus? Kaip šie parametrai
  priklauso įvairioms a.r., įvairioms a.r. sekoms?

* (papildomas sunkesnis klausimas): žinodami cis/trans peptidų
  dažnius, įvertinkite šių konformacijų energijų skirtumą (kJ/mol).

Programa:

Šiam tyrimui reikalinga programa, kuri skaito PDB archyvo failus ir
nustato bei išveda ω kampo reikšmes bei įvardija, ar liekana yra CIS,
ar TRANS.