Molekulės inercijos elipsoido anizotropija PDB
==============================================

Visi žinome, kad baltymo molekulės yra „maži rutuliukai“
(globulės). Kiek tai teisinga, ar tai geras artinys? Gali būti, kad
kai kurios baltymo molekulės (globulės) yra ištęstos ar suplotos. Šį
formos nukrypimą nuo idealios sferos galime pastebėti, tyrinėdami
baltymo inercijos elipsoidą
(https://en.wikipedia.org/wiki/Moment_of_inertia,
https://en.wikipedia.org/wiki/Moment_of_inertia#Ellipsoid).

Klausimai:

- Išnagrinėkite visą PDB – kiek molekulės skiriasi nuo idealios sferos?
  Kurios yra „suplotos“, kurios yra „ištęstos“? Kokiais parametrais
  tai geriausia aprašyti?

- Koks yra molekulių nukrypimą nuo sferos aprašančių parametrų
  pasiskirstymas? Kokios yra tipiškos ar netipiškos parametrų
  reikšmės? Kokiose molekulėse jos sutinkamos?

- Ar reprezentatyvi yra elipsoido forma visai molekulei? Gal geriau
  skaičiuoti elipsoidus kiekvienam domenui? Kaip gauti molekulės domenų
  informaciją?

- Ar galime įžvelgti biologinę ar fizikinę molekulės formos
  „nesferiškumo“ priežastį?

Programa:

Šiam tyrimui reikalinga programa, kuri skaito PDB archyvo failus ir
nustato bei išveda kiekvienai grandinei (kiekvienam domenui?)
inercijos tenzoriaus komponenčių reikšmes. Pagalvokite, kaip šias
reikšmes padaryti palyginamas skirtingiems baltymams,
t.y. suskaičiuoti tokius dydžius, kurie nepriklauso nuo koordinačių
sistemos. Pagalvokite, kaip pagal šias reikšmes suklasifikuoti
molekules į „sferines“, „suplotas“ ir „ištęstas“, ar kaip nors kitaip.