Kristalo tankis ir Matthews koeficientas PDB
============================================

Jei padalinsime visų kristalo elementariame narvelyje esančių atomų
masių sumą iš elementaraus narvelio tūrio, gausime kristalo
tankį. Vertinant baltymo kristalų tankį, būtina prisiminti, kad
baltymo molekulės yra didelės, palyginus su tirpiklio
molekulėmis. Susipakavus baltymo molekulėms kristaluose, tarp jų lieka
pakankamai dideli tarpai, kuriuos užpildo tirpiklis (vanduo, druskų
jonai, nedidelės organinių medžiagų molekulės). Įdomu, kokio dydžio
šie tarpai tipiškuose baltymo kristaluose?

Tirpiklio kanalų tūrį galima būtų nustatyti, jei žinotume pačių
baltymo molekulių tūrį. Baltymo molekulės paviršių ir jo aprėptą tūrį
suskaičiuoti nėra visiškai paprasta, bet galimą jį įvertinti,
panaudojus faktą, kad praktiškai visų globulinių baltymų tankis yra
beveik vienodas. Suraskite literatūroje šio tankio reikšmę.

Klausimai:

- koks yra įvairių baltymų kristalų struktūrų tirpiklio tūrio
  procentas?

- kokios yra įvairių baltymų kristalų tankio reikšmės? Koks jų
  specifinis tūris (V/m [Å**3/Da], vadinamas Matthews koeficientu)?
  Kaip šie dydžiai pasiskirstę? Ar priklauso jie nuo baltymo molekulės
  dydžio? Nuo elementaraus narvelio tūrio?

Programa:

Šiam tyrimui reikalinga programa, kuri skaito PDB archyvo failus ir
suskaičiuoja bei išveda pagal jų duomenis kristalo tirpiklio procentą,
tankį ir specifinį tūrį.