Surasti amino rūgštis neįprastose Ramačandrano diagramos rajonuose
==================================================================

Ramačandrano diagrama
(https://en.wikipedia.org/wiki/Ramachandran_plot) yra puikus įrankis
baltymo modelio kokybei patikrinti (žinoma, vienam iš kokybės
aspektų). R. diagramoje kiekvienai aminorūgščiai (a.r.) priskiriamas
taškas dvimatėje plokštumoje, naudojant tos a.r. dvisienius kampus φ
ir ψ kaip šio taško koordinates. O ar galima R. diagramą pritaikyti ne
atskiroms a.r., o visai baltymo grandinei įvertinti, t.y. pagal R.
diagramą suskaičiuoti vieną skaičių, kuris atspindėtų tos grandinės
„kokybę“?

Klausimai:

- kaip įvertinti, kiek a.r. yra „leistinose“, o kiek kitose
  R. diagramos zonose? Kaip galima aproksimuoti zonų formas? Kaip
  įvertinti paklaidas, kurias padarysime, aproksimuodami R. leistinų
  rajonų sienas stačiakampiais? apskritimais? Elipsėmis?

- Kaip leistinos zonos aproksimacija įtakoja skaičiavimo greitį?

- Ar visose PDB aprašytose struktūrose a.r. yra leistinose
  R. diagramos rajonuose? Kiek vidutiniškai būna a.r. „uždraustose“
  zonose? Koks šių a.r. skaičiaus pasiskirstymas?

- Ar yra PDB archyve baltymų, turinčių daugiau negu įprasta
  a.r. neleistinuose R. diagramos rajonuose? Jei taip, ar tai yra
  realios, fiziškai įmanomos struktūros? Ar tokios struktūros
  sutinkamos gyvojoje gamtoje? Kaip tokias struktūras suklasifikuoti?

Programa:

Šiam tyrimui reikalinga programa, kuri skaito PDB archyvo failus ir
nustato kiekvienai juose esančioje baltymo grandinėje neleistinose
zonose esančių a.r. skaičių. Derinimo ir programos patikrinimo
tikslams vertėtų numatyti galimybę visoms φ ir ψ kampų reikšmėms
išvesti.