// question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-egzaminas/01-S-S tiltelių skaičius $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-egzaminas/01-S-S tiltelių skaičius // question: 307026 name: S-S tiltelių skaičius tarp Cys liekanų // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-kontrolinukas // question: 307027 name: Suskaičiuokite gardelės tūrį I // question: 307028 name: Vektorinių operacijų rezultatai ::Vektorinių operacijų rezultatai::[html]Nagrinėkime vektorinę erdvę virš realiųjų skaičių kūno (t.y. vektorius, kuriuos galime dauginti iš realaus skaičiaus).

Klausimuose raidės a, b, c žymi vektorius, (a dot b) žymi skaliarinę sandaugą, [a x b] žymi vektorinę sandaugą, |a| žymi vektoriaus a ilgį, o a/x žymi dalybą iš skaičiaus x.

Teisingai sudėliokite vektorių operacijų rezultatus pagal jų rezultato tipą\:{ =Skaliarinė sandauga -> Realus skaičius =Vektorinė sandauga -> Bet kokio ilgio vektorius =Vektorinė sudėtis -> Bet kokio ilgio vektorius = -> 1 =Normuotas vektorius (a/|a|) -> Vienetinis vektorius = -> Natūralusis skaičius =Triguba mišrioji vektorių sandauga (a dot [ b x c ]) -> Realus skaičius } // question: 307029 name: Gardelės tūris ir metrinis tenzorius ::Gardelės tūris ir metrinis tenzorius::[html]Kuri formulė teisingai suskaičiuos kristalo elementarios gardelės tūrį V, kai kristalo ašys a, b ir c susikerta nestačiais kampais (G -- gardelės metrinis tenzorius)?

Pastaba\: sqrt() žymi kvadratinės šaknies traukimą, det G -- matricos G determinantą, |t| -- dydžio t absoliučią reikšmę (modulį).
{ =V \= sqrt(|det G|) ~V \= a * b * c ~V \= a * b * c * sin(gamma) ~V \= a * b * c * |det(G)| =V \= |det(G)| } // question: 307030 name: Gardelės tūris ir metrinis tenzorius I ::Gardelės tūris ir metrinis tenzorius I::[html]Kuri formulė teisingai suskaičiuos kristalo elementarios gardelės tūrį V, kai kristalo ašys a, b ir c susikerta nestačiais kampais (G -- gardelės metrinis tenzorius)?

Pastaba\: sqrt() žymi kvadratinės šaknies traukimą, det G -- matricos G determinantą, |t| -- dydžio t absoliučią reikšmę (modulį).
{ =V \= sqrt(|det G|) ~V \= a * b * c ~V \= a * b * c * sin(gamma) ~V \= a * b * c * |det(G)| ~V \= |det(G)| } // question: 307031 name: Kairiosios Dekarto k. sistemos bazinių vektorių savybės ::Kairiosios Dekarto k. sistemos bazinių vektorių savybės::[html]Tegul x, y ir z yra kairiosios Dekarto koordinačių sistemos ortonormuotos bazės vektoriai. Žvaigždute "*" žymėsime vektorinę sandaugą, skliausteliuose užrašytais vektorių simboliais (a b) -- skaliarinę sandaugą. Nulis 0 žymės nulinį vektorių arba nulinį skaliarą.

Kurios iš žemiau pateiktų tapatybių yra teisingos\:{ ~%-33.33333%(x [y * z]) \= 0 ~%-33.33333%(x [y * z]) > 0 ~%33.33333%(x [y * z]) < 0 ~%33.33333%(x y) \= (x z) \= 0 ~%-33.33333%(x x) \= (y y) \= 0 ~%33.33333%(z z) \= 1 } // question: 307032 name: Metrinis tenzorius ir skaliarinė sandauga ::Metrinis tenzorius ir skaliarinė sandauga::[html]Tegul G yra metrinis tenzorius afininėje koordinačių sistemoje, E' -- matrica, paverčianti vektorių x ir y koordinates į ortogonalią sistemą, trasp(E') -- transponuota E' matrica. Kuri formulė leis visada teisingai suskaičiuoti vektorių x ir y skaliarinę sandaugą (x y), naudojant šių vektorių komponentes? (žvaigždute * žymėsime tinkamos struktūros matricų sandaugą)\:
{ ~%50%(x y) \= trasp(x) * G * y ~%50%(x y) \= trasp(x) * transp(E') * E' * y ~%-50%(x y) \= trasp(x) * transp(E') * transp(E') * y ~%-50%(x y) \= trasp(x) * E' * y ~%-50%(x y) \= trasp(x) * transp(E') * y ~%-50%(x y) \= transp(x) * y } // question: 307033 name: Ortogonalių PDB koordinačių pavertimas į trupmenines ::Ortogonalių PDB koordinačių pavertimas į trupmenines::[html]Kuriuose PDB įrauose rasime informaciją, leidžiančią paversti ortogonalias PDB atomų koordinates į frakcines (trupmenines)?{ ~%50%SCALEn (n\=1,2,3) ~%-50%ORIGXn (n\=1,2,3) ~%-50%MTRIXn (n\=1,2,3) ~%50%CRYST1 ~%-50%REMARK } // question: 307034 name: Ortogonalizacijos galimybė ::Ortogonalizacijos galimybė::[html]Ar visada galime vektorinėje erdvėje, kurioje duota nestačiakampė (afininė) bazė, pasirinkti ortogonalią bazę?{ =Visada ~Tik tada, kai koordinačių sistema dešinioji ~Tik tada, kai koordinačių sistema dešinioji ~Tik data, kai duoti baziniai vektoriai yra tiesiškai priklausomi ~Niekada } // question: 307035 name: Skaliarinės sandaugos invariantiškumas ::Skaliarinės sandaugos invariantiškumas::[html]Kaip keičiasi skaliarinė sandauga, pereinant į kitą koordinačių sistemą?{ =Nesikeičia ~Dauginama iš metrino tenzoriaus determinanto ~Keičia ženklą, jei sistema keičia ranką ~Virsta 0, jei naujos sistemos baziniai vektoriai tiesiškai nepriklausomi } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas // question: 307040 name: kampai ::kampai::[html]Kokie kampai pažymėti kokia raide?{ =Paveiksliu ψ kampas pažymėtas skaičiumi\: -> A =Paveiksliuke τ kampas pažymėtas skaičiumi\: -> D =Paveiksliuke Φ kampas pažymėtas skaičiumi\: -> B =Paveiksliuke ω kampas pažymėtasskaičiumi\: -> C } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-Suskaičiuoti [A-]//[AH] $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-Suskaičiuoti [A-]//[AH] // question: 307045 name: Suskaičiuoti amino grupės protonavimo laipsnį // question: 307046 name: Suskaičiuoti karboksilato protonavimo laipsnį // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/Tarpinis kontrolinis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/Tarpinis kontrolinis // question: 307047 name: Suskaičiuoti atomo pozicijos RMS pagal PDB B-faktorių // question: 307048 name: Suskaičiuoti įkrautos ir neutralios formos konc. santykį. // question: 307049 name: 5 laipsnio simetrijos ašis ::5 laipsnio simetrijos ašis::[html]Gamtoje sutinkami "kristalai" su 5 laipsnio simetrijos ašimi. Kaip tai galima paaiškinti?{} // question: 307050 name: Esė apie LJ potencialą ::Esė apie LJ potencialą::[html]Trumpai aprašykite, ką aprašo Lenardo-Džonso potencialas. Kam jis naudojamas? Kam lygus pusiausvyrinis atstumas tarp atomų? Kaip jį apskaičiuoti?{} // question: 307051 name: Ese apie PDB failus ::Ese apie PDB failus::[html]Kas būtų, jeigu PDB failuose laukų plotis nebūtų fiksuotas? (t.y. jei įvairūs laukai, pvz. koordinatės ir kt. nebūtų "pririšti" prie stulpelių).{} // question: 307052 name: Esė apie teoriją ir eksperimentus ::Esė apie teoriją ir eksperimentus::[html]Nuspėta baltymo struktūra iš esmės nesutampa su eksperimentine. Kokios galimos to priežastys? Kaip išsiaiškinti, kuri struktūra teisinga?
{} // question: 307053 name: Essay apie Ramačandrano diagramas. ::Essay apie Ramačandrano diagramas.::[html]Žemiau pateiktos trijų struktūrų Ramačandrano diagramos. Ką galite pasakyti apie šias struktūras remdamiesi diagramomis? Kokių baltymų (o gal iš viso ne jų) Ramačandrano diagramos galėtų būti pavaizduotos?
Taip pat, trumpai apibūdinkite, kas yra Ramačandrano diagrama, kaip ji sudaroma, kam naudojama, ką reikėtų žinoti apie Ramačandrano diagramas ir a.r padėty joje.

{} // question: 307054 name: N-C galas ::N-C galas::[html]

Piešinuke matote baltymo grandinės dalį su joje sužymėtais skaičiaus. Sudėliokite, kurie skaičiai ką žymi\:

{ =Baltymo N galas yra pažymėtas -> Tik skaičiumi 1 =Baltymo C galas yra pažymėtas -> Tik skaičiumi 2 = -> Tik skaičiumi 3 = -> Tik skaičiumi 4 =Baltymo šoninės grandinės -> Skaičiais 3 ir 4 = -> Tik skaičiais 1 ir 2 } // question: 307055 name: Pagal kokius dėsnius asimptotiškai keičiasi L-J potencialas ::Pagal kokius dėsnius asimptotiškai keičiasi L-J potencialas::[html]Pagal kokį dėsnį keičiasi Lenardo-Džonso potencialas (Lennard-Jones potential), kai r artėja link nurodytų ribų. Potencialo formulė yra\:

U(r) \= 4 * eps * ( (sigma / r)**12 - (sigma / r)**6 )

čia eps ir sigma yra sąveiką aprašančios konstantos, r -- atstumas tarp atomų. Formulėse naudojami Fortran'o/Perl'o susitarimai (** yra kėlimo laipsniu operatorius, * daugybos operatorius).

Lenardo-Džonso potencialio grafikas\:

{ =r -> + inf -> r \~ r ** -6 =r -> 0 -> r \~ r ** -12 =r -> -inf -> dėsnis neapibrėžtas = -> r \~ exp( -r/r0 ) } // question: 307056 name: Stūmos-traukos jėgos L-J sąveikoje ::Stūmos-traukos jėgos L-J sąveikoje::[html]Tegul dviejų atomų sąveika pilnai aprašoma Lenardo-Džonso potencialu (Lennard-Jones potential)\:

U(r) \= 4 * eps * ( (sigma / r)**12 - (sigma / r)**6 )

čia eps ir sigma yra sąveiką aprašančios konstantos, r -- atstumas tarp atomų. Formulėse naudojami Fortran'o/Perl'o susitarimai (** yra kėlimo laipsniu operatorius, * daugybos operatorius).
Tegul r_m yra pusiausvyrinis atstumas tarp atomų.
Lenardo-Džonso funkcijos grafikas\:

Kokios jėgos veikia atomus, jeigu\:

{ =r \= r_m -> Jėgos lygios 0 =r < r_m -> Atostūmio jėgos =r > r_m -> Traukos jėgos = -> Labai stiprios traukos jėgos, artėjančios į begalybę = -> Periodiškai besikeičianti erdvėje jėga = -> Labai silpnos atostūmio jėgos, artėjančios į 0 } // question: 307057 name: Ramačandrano diagramos // question: 307062 name: Sudėlioti a. r. savybes // question: 307067 name: Surasti neteisingas eilutes CIF'e // question: 307091 name: Ar koordinačių transformacijos matrica bus ortogonali? ::Ar koordinačių transformacijos matrica bus ortogonali?::[html]Turime heksagoninį kristalą (kampas tarp kristalo ašių a ir c -- 120 laipsnių). Ar matrica, pervedanti tokio kristalo atomų trupmenines koordinates į Dekarto koordinates gali būti ortogonali?{ =Ne, niekada ~Taip, visada bus ortogonali ~Gali, jei visi kristalo gardelės vektorių a, b ir c ilgiai yra 1 Å ~Gali, jei kiti du elementaruas narvelio kampai bus statūs ~Gali, jei kristalas neturi statmenų antro laipsnio simetrijos ašių } // question: 307092 name: Gamtinių baltymų kristaluose nesutinkami simetrijos operatoriai ::Gamtinių baltymų kristaluose nesutinkami simetrijos operatoriai::[html]Kurie iš žemiau pateiktų simetrijos operatorių negali aprašyti gamtinių baltymų ir nukleorūgščių kristalų?{ ~%50%-x, -y, -z ~%50%x, -y, z + 1/2 ~%-50%-x, -y, z + 1/2 ~%-50%-x, -y, z ~%-100%x, y, z#Tai vienetinis operatorius! Jis pagal apibrėžimą sutinkamas visuose kristaluose, bet kokioje simetrijos grupėje! Tokia klaida vertinama -100% \:( ~%-50%x - 1/2, -y, -z } // question: 307093 name: Grandines kryptis ::Grandines kryptis::[html]Piešinuke pavaizduota beta lakšto dalis. Nustatykite grandinės kryptį (t.y. galus).

{ ~%50%4 - N galas ~%50%2 - C galas ~%-50%4 - C galas ~%-50%1 - N galas ~%-50%3 - C galas ~%-50%3 - N galas ~%-50%Nustatyti neįmanoma ~%-50%Galai priklauso nuo aplinkinių baltymo struktūrų } // question: 307094 name: hbonds ::hbonds::[html]Piešinuke matote baltymo grandinės dalį (atvaizduota su Rasmol, CPK ir Sticks modeliai). Kurios atomų poros sudarys vandenilines jungtis, palaikančias piešinuke pavaizduotą struktūrą? (atomai pažymėti skaičiais).

P. S. nusistatykite, kokia struktūra yra vaizduojama piešinuke (lakštas/spiralė)
{ ~%50%1 ir 2 ~%50%9 ir 13 ~%-50%11 ir 13 ~%-50%7 ir 6 ~%-50%12 ir 13 } // question: 307095 name: Hidrofobinės šerdies a.r. ::Hidrofobinės šerdies a.r.::[html]Kurios amino rūgštys dažniausiai randamos hidrofobinėje baltymo šerdyje?{ ~%25%Metioninas ~%25%Valinas ~%25%Izoleucinas ~%25%Leucinas ~%-25%Asparto rūgštis ~%-25%Glutamo rūgštis ~%-25%Histidinas ~%-25%Asparaginas ~%-25%Glutaminas ~%-25%Cistinas ~%-25%Cysteinas } // question: 307096 name: Kurios eilutės atitinga supaprastiną CIF gramatiką ::Kurios eilutės atitinga supaprastiną CIF gramatiką::[html]Duota į CIF panašios kalbos gramatika Bekaus-Nauro forma (simbolių eilutės gali turėti Perl'o/C kalbos valdančias sekas (angl. "escape sequences"). "" (dvi kabutės) reiškia tuščią eilutę)\:

<CIFlike> \:\:\= <data_block> | <CIFlike> <spaces> <data_block>
<data_block> \:\:\= <header> | <header> <spaces> <entry_list>
<entry_list> \:\:\= <entry> | <entry_list> <spaces> <entry>
<header> \:\:\= "data_" <name>
<entry> \:\:\= <tag> <spaces> <value>
<tag> \:\:\= "_" <name>
<value> \:\:\= <name> | <number>
<name> \:\:\= <letter> | <name> <letter> | <name> <digit>
<number> \:\:\= <sign> <digit_list> | <sign> <digit_list> "." <digit_list>
<digit_list> \:\:\= <digit> | <digit_list> <digit>
<sign> \:\:\= "+" | "-" | ""
<digit> \:\:\= "0" | "1" | "2" | "3" | "4" | "5" | "6" | "7" | "8" | "9"
<letter> \:\:\= "_" | "a" | "b" | "c" | "d" | "e" | "f" | "g" | "h" | "i" | "j" | "k" | "l" |
"m" | "n" | "o" | "p" | "q" | "r" | "s" | "t" | "u" | "v" | "w" | "x" | "y" | "z"
<spaces> \:\:\= <space> | <spaces> <space>
<space> \:\:\= " " | "\\n"

Kurios iš žemiau pateiktų eilučių atitinka šią gramatiką?

{ ~%33.33333%data_pirmas _temp 100 _vardas katinas ~%33.33333%data_i data_ii _tag 333.3 _data x data_iii ~%33.33333%data_a data_b data_c ~%-33.33333%_data_a _data b _data c ~%-33.33333%data pirmas _tag 123 data_antras _tag 1.234 ~%-33.33333%data_n1 _pi 3.14 3.14159 data_n2 _e 2.718 } // question: 307097 name: L- ir D- Gly Ramačandrano diagramų sąryšis ::L- ir D- Gly Ramačandrano diagramų sąryšis::[html]Kaip susijusios glicino (Gly) ir jo veidrodyje atspindėto molekulės varianto Ramačandrano diagramos leistini rajonai?
{ =Jie yra identiški, nes glicino molekulė sutampa su savo veidrodiniu atspindžiu ~Veidrodyje atspindėtos molekulės leistinų konformacijų rajonas yra didesnis ~Veidrodyje atspindėtos molekulės leistinų konformacijų rajonas yra mažesnis } // question: 307098 name: L- ir D- Phe Ramačandrano diagramų sąryšis ::L- ir D- Phe Ramačandrano diagramų sąryšis::[html]Kaip susietos L- ir D- fenilalanino (Phe) Ramačandrano diagramos leistini regionai?
{ =Inversijos centru Ramačandrano diagramos plokštumoje ~Simetrijos plokštuma, statmena Ramačandrano diagramos plokštumai ~Leistini regionai yra identiški ~D- amino rūgštis turi nedidelius papildomus leistinus rajonus, šalia visų L- izomero leistinų rajonų } // question: 307099 name: Lenardo-Džonso potencialo ekstremumas ::Lenardo-Džonso potencialo ekstremumas::[html]Tegul dviejų atomų sveika aprašoma Lenardo-Džonso potencialu (Lennard-Jones potential)\:

U(r) \= 4 * eps * ( (sigma / r)**12 - (sigma / r)**6 )

čia eps ir sigma yra sąveiką aprašančios konstantos, r -- atstumas tarp atomų. Formulėse naudojami Fortran'o/Perl'o susitarimai (** yra kėlimo laipsniu operatorius, * daugybos operatorius).

Kuri formulė teisingai aprašo pusiausvyrinį atstumą tarp šių atomų (t.y. atstumą, kuriuo esant atomų sąveikos energija yra minimali)?
{ =r \= sigma * (2 ** 1/6) ~r \= sigma * (2 ** -6) ~r \= sigma / (2 ** 1/6) ~r \= sigma / (2 ** -6) ~r \= 4 * eps * sigma * (2 ** 1/6) } // question: 307100 name: Nustatyti struktūrą ::Nustatyti struktūrą::[html]Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis (Rasmol, sticks modelis). Nustatykite, kokia antrinė struktūra pavaizduota piešinuke.

{ ~%-100%Alfa spiralė =Lygiagretus beta lakštas ~%-100%Antilygiagretus beta lakštas } // question: 307101 name: optinis aktyvumas ::optinis aktyvumas::[html]Kai kurios amino rūgštys pasižymi sugebėjimu sukti poliarizuotos šviesos plokštumą. Kurios iš išvardintų amino rūgščių turi šią savybę?

{ ~%-100%Glicinas#Tai vienintelė a.r., kuri neturi šios savybės. Tai būtina žinoti! ~%33.33333%Valinas ~%33.33333%Leucinas ~%33.33333%Metioninas } // question: 307102 name: Optiškai neaktyvi a.r. ::Optiškai neaktyvi a.r.::[html]Kuri amino rūgštis yra optiškai neaktyvi?{ =Glicinas ~%-100%Asparaginas ~%-100%Lizinas ~%-100%Cisteinas ~%-100%Glicinas ir cisteinas ~%-100%Visos ~%-100%Tokių nėra ~%-100%Aromatinės } // question: 307103 name: Ortonormuotos erdvės įvedimas kristaluose ::Ortonormuotos erdvės įvedimas kristaluose::[html]Kokiuose kristaluose galima įvesti ortonormuotą (Dekarto) koordinačių sistemą?{ =Visuose ~Jokiuose ~Tik tokiuose, kuriuose vektorius a statmenas vektoriui b, vektorius b statmenas vektoriui c ir vektorius c statmenas vektoriui a ~Apibrėžti neįmanoma } // question: 307104 name: Paprastas pH apibrėžimas ::Paprastas pH apibrėžimas::[html]Kuris apibūdinimas tiksliausiai apibrėžia pH?{ =Neigiamas vandenilio jonų koncentracijos tirpale logaritmas ~Vandens jonų koncentracija ~Vandenilio jonų koncentracija ~Azoto jonų koncentracija ~Nei vienas apibūdinimas netinkamas pH terminui } // question: 307105 name: Simetrijos operatoriai kristaluose ::Simetrijos operatoriai kristaluose::[html]Kurie simetrijos operatoriai gali būti sutinkami periodiniame diskretiniame kristale?
{ ~%25%Šešto laipsnio simetrijos ašis ~%25%2(1) sraigtinė ašis ~%25%Ketvirto laipsnio simetrijos ašis ~%25%Trečio laipsnio rotinversinė ašis ~%-30%Septinto laipsnio simetrijos ašis ~%-30%Penkto laipsnio rotoinversinė ašis ~%-30%Trečio laipsnio simetrijos ašis, pakelianti per pusę gardelės vektoriaus ilgio } // question: 307106 name: Sraigtinės ašys ::Sraigtinės ašys::[html]Kokios sraigtinės ašys nesutinkamos kristalografijoje?
{ ~%-33.33333%6(1) ~%-33.33333%6(3) ~%33.33333%6(7) ~%-33.33333%2(1) ~%33.33333%2(3) ~%-33.33333%3(1) ~%-33.33333%3(2) ~%33.33333%5(2) } // question: 307107 name: Surasti neteisingas eilutes PDB ::Surasti neteisingas eilutes PDB::[html]Toliau pateikta PDB failo ištrauka. Kurios eilutės yra neteisingos?
Skaičiai viršuje, nurodo kolonėlę. Skaičiai skliaustuose - eilutės numerį. 9 eilutė (pirmas ATOM įrašas yra teisingas).

{ ~%-20%(1) ~%-20%(2) ~%-20%(3) ~%20%(4) ~%-20%(5) ~%-20%(6) ~%20%(7) ~%-20%(8) ~%-20%(9) ~%-20%(10) ~%20%(11) ~%-20%(12) ~%-20%(13) ~%-20%(14) ~%20%(15) ~%-20%(16) ~%20%(17) ~%-20%(18) ~%-20%(19) ~%-20%(20) } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/Egzaminas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/Egzaminas // question: 307114 name: Suskaičiuoti Lenardo-Džonso potencialo min. taško r0 // question: 307115 name: Nekovalentinių sąveikų kryptingumas ::Nekovalentinių sąveikų kryptingumas::[html]Kurios iš išvardintų nekovalentinių sąveikų yra kryptingos, t.y. kurių iš jų sąveikos energija keičiasi priklausomai nuo vektoriaus, jungiančio sąveikaujančius atomus, krypties?{ =vandenilinis ryšys -> priklauso =Van der Valso sąveika -> nepriklauso =hidrofobinė sąveika -> nepriklauso =elektrostatinė sąveika tarp įkrautų grupių -> nepriklauso } // question: 307116 name: Veiksmai frakcinėse ir ortogonaliose koordinatėse ::Veiksmai frakcinėse ir ortogonaliose koordinatėse::[html]Kokiose koordinatėse -- frakcinėse ar ortogonaliose -- bus teisingi žemiau pavaizduoti operatoriai?{ =Atstumas tarp atomų d \= sqrt((x1-x2)**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2) -> ortogonaliose =Antro laipsnio ašies pritaikymas\: new_x \= -x; new_y \= -y, new_z \= z -> ortogonaliose ir frakcinėse =Atomo perkėlimas vienu elementariu narveliu tolyn\: x +\= 1 -> frakcinėse =Atomo perkėlimas į pirmojo oktanto elementarųjį narvelį\: x \= x - floor( x ); y \= y - floor( y ); z \= z - floor( z ); -> frakcinėse } // question: 307117 name: Dalelės ir kristalo simetrija ::Dalelės ir kristalo simetrija::[html]Turime dalelę, kuri turi 8 laipsnio simetrijos ašį. Kokias pozicijas kristale gali užimti tokia dalelė?{ ~%50%Gali sutapti su antro laipsnio kristalografine simetrijos ašimi ~%-50%Gali sutapti su trečio laipsnio kristalografine simetrijos ašimi ~%50%Gali sutapti su ketvirto laipsnio kristalografine simetrijos ašimi ~%-50%Gali sutapti su penkto laipsnio kristalografine simetrijos ašimi ~%-50%Gali sutapti su aštunto laipsnio kristalografine simetrijos ašimi } // question: 307118 name: Eksperimentiniai metodai atomų koordinačių nustatymui ::Eksperimentiniai metodai atomų koordinačių nustatymui::[html]Kurie eksperimentiniai metodai leidžia standartiniais atvejais gauti baltymo molekulės visų atomų koordinates?{ ~%50%Rentgenostruktūrinė analizė ~%-50%Elektronų mikroskopija ~%50%Branduolių magnetinis rezonansas ~%-50%Mažų kampų Rentgeno spindulių sklaidymas tirpale ~%-50%Mažų kampų neutronų sklaidymas tirpale } // question: 307119 name: Kabšo algoritmu gaunamos matricos savybės ::Kabšo algoritmu gaunamos matricos savybės::[html]Kokias savybes turi matrica, gaunama Kabšo algoritmu?{ ~%50%A^T*A \= I ~%50%Matrica aprašo atvaizdį, nekeičianti atstumų ~%-50%Matrica yra simetrinė ~%-50%Matricos visos tikrinės vertės teigiamos } // question: 307120 name: Kurios matricos yra normalios ::Kurios matricos yra normalios::[html]Normalia vadinsime matricą, kuri komutuoja su savo transponuota kompleksine jungtine\: normaliai matricai A galioja tapatybė AA^T*\=A^T*A.

(Tokios matricos naudingos ir įdomios tuo, kad gali būti pervestos į įstrižaininį pavidalą ortogonaliu (kompleksiniu atveju, unitariniu) koordinačių pakeitimu).

Kurios iš žemiau paminėtų matricų yra normalios?
{ ~%33.33333%Ortogonalios (A^T\=A^-1) ~%33.33333%Simetrinės (A^T\=A) ~%33.33333%Posūkio operatoriaus matricos } // question: 307121 name: Lagranžo koeficientų metodas -- gradientų savybės ::Lagranžo koeficientų metodas -- gradientų savybės::[html]Ieškome funkcijos F(x,y) ekstremumo su apribojimu g(x,y) \= 0. Kokią būtiną sąlygą ekstremumo su apribojimu taške tenkina funkcijų F ir g gradientai?

Žymėjimai\: x,y, -- nepriklausomi kintamieji, a -- realus skaičius; grad F yra funkcijos F gradientas, grad F \= [ ∂F/∂x, ∂F/∂y ], čia ∂F/dx pažymėta daline F išvestinė pagal x ir pan.; r * p yra vektorių r ir p skaliarinė sandauga; a * r yra skaičiaus a ir vektoriaus r sandauga. Visos reikiamos išvestinės laikomos ezistuojančiomis ir tolydžiomis, visos funkcijos -- diferencijuojamomis.
{ =grad F(x,y) \= a * grad g(x,y) ~grad F(x,y) * grad g(x,y) \= 0 ~F(x,y) \= a * g(x,y) ~grad F(x,y) \= grad g(a * x,y) ~grad F(x,y) \= grad g(x,y) } // question: 307122 name: Lagranžo koeficientų metodas -- minimizuojama funkcija ::Lagranžo koeficientų metodas -- minimizuojama funkcija::[html]Kokią funkciją minimizuojame be apribojimų, norėdami surasti funkcijos F(x,y) minimumą su apribojimu g(x,y) \= 0?

Žymėjimai\: x,y, -- nepriklausomi kintamieji, l -- nežinomas realus koeficientas; grad F yra funkcijos F gradientas, grad F \= [ ∂F/∂x, ∂F/∂y], čia ∂F/dx pažymėta daline F išvestinė pagal x ir pan. Visos reikiamos išvestinės laikomos ezistuojančiomis ir tolydžiomis, visos funkcijos -- diferencijuojamomis. r * p žymi dviejų vektorių r ir p skaliarinę sandaugą; l * r žymi realaus skaičiaus l ir vektoriaus r sandaugą.
{ =F(x,y) + l * g(x,y) ~F(x,y) * l * g(x,y) ~l * F(x,y) / g(x,y) ~F(x,y) + g(l * x,y) ~grad F(x,y) * (l * grad g(x,y)) } // question: 307123 name: Ortogonalios matricos savybės ::Ortogonalios matricos savybės::[html]Duota ortogonali reali matrica A. Kokias žemiau išvardintas savybes visada turi ši matrica?

Žymėjmai\: A^-1 -- atvirkštinė matrica; A^* -- kompleksinė-jungtinė matrica; A^T, A*x -- matricos A ir vektoriaus-stulpelio x sandauga; (x,y) \= x^T*y -- vektorių x ir y skaliarinė sandauga (ortonormuotose koordinatėse); I -- vienetinė matrica\:

I \=
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ]

{ ~%33.33333%A^T*A \= I ~%33.33333%A^-1*A \= I ~%-33.33333%A*A \= I ~%-33.33333%Visos A tikrinės vertės realios ir neneigiamos ~%33.33333%(x, A*y) \= (A^T**x, y) ~%-33.33333%(x, A*y) \= (A*x, y) ~%-33.33333%Visos A tikrinės vertės realios } // question: 307124 name: Perl operatorius atomo koordinatėms PDB ATOM įraše gauti. ::Perl operatorius atomo koordinatėms PDB ATOM įraše gauti.::[html]Kuris Perl'o kalbos operatorius (sakinys) teisingai grąžins PDB failo ATOM įrašo koordinatę X?{ =$x \= substr($_, 30, 8); ~$x \= $\{[split(" ", $_)]\}[6]; ~$x \=\~ m/[-+]?[0-9]+\\.[0-9]+/; ~$x \= $_[6]; ~$x \= $_->[6] } // question: 307125 name: Simetrinės matricos kvadrato savybės ::Simetrinės matricos kvadrato savybės::[html]Duota simetrinė reali matrica A. Kokias žemiau išvardintas savybes visada turi šios matricos kvadratas A² \= A*A?

Žymėjmai\: A^-1 -- atvirkštinė matrica; A^* -- kompleksinė-jungtinė matrica; A^T -- transponuota, A*x -- matricos A ir vektoriaus-stulpelio x sandauga; (x,y) \= x^T*y -- vektorių x ir y skaliarinė sandauga (ortonormuotose koordinatėse); I -- vienetinė matrica\:

I \=
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ]

{ ~%-25%A^T*A \= I ~%25%A^T \= A ~%-25%A*A \= I ~%-25%Visos A tikrinės vertės menamosios ~%25%(x, A*y) \= (A^T**x, y) ~%25%(x, A*y) \= (A*x, y) ~%25%Visos A tikrinės vertės realios ir neneigiamos } // question: 307126 name: Simetrinės matricos savybės ::Simetrinės matricos savybės::[html]Duota simetrinė reali matrica A. Kokias žemiau išvardintas savybes visada turi ši matrica?

Žymėjmai\: A^-1 -- atvirkštinė matrica; A^* -- kompleksinė-jungtinė matrica; A^T -- transponuota matrica, A*x -- matricos A ir vektoriaus-stulpelio x sandauga; (x,y) \= x^T*y -- vektorių x ir y skaliarinė sandauga (ortonormuotose koordinatėse); I -- vienetinė matrica\:

I \=
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ]

{ ~%-33.33333%A^T*A \= I ~%25%A^-1*A \= I ~%-33.33333%A*A \= I ~%25%Visos A tikrinės vertės realios ~%25%(x, A*y) \= (A^T**x, y) ~%25%(x, A*y) \= (A*x, y) ~%-33.33333%Visos A tikrinės vertės realios ir neneigiamos } // question: 307127 name: Simetrinės matricos tikrinių verčių ir vektorių savybės ::Simetrinės matricos tikrinių verčių ir vektorių savybės::[html]Duota reali simetrinė matrica A. Pažymėkite, kokias savybes visada turi jos tikriniai vektoriai ir tikrinės vertės.{ ~%50%Iš matricos tikrinių vektorių galime sudaryti bazę ~%50%Visos tikrinės vertės yra realios ~%-50%Visos tikrinės vertės yra teigiamos ~%-100%Visi tikriniai vektoriai yra tiesiškai priklausomi#Na ką Jūs! Iš tikrinių vektorių galime sudaryti bazę, o bazės vektoriai privalo būti tiesiškai nepriklausomi! ~%-50%Visos tikrinės vertės yra neneigiamos } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/09-devinta-paskaita-Eksp. metodai/09-egzaminas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/09-devinta-paskaita-Eksp. metodai/09-egzaminas // question: 307128 name: Rentgenostruktūrinės analizės ese ::Rentgenostruktūrinės analizės ese::[html]Aprašykite savais žodžiais, trumpai (4-5 sakiniais), kaip nustatomos biologinių makromolekulių struktūros rentgenostruktūrinės analizės metodu.
{} // question: 307129 name: Nevienetinis difrakcijos sprendinys I ::Nevienetinis difrakcijos sprendinys I::[html]Turime du vienodus difrakcijos vaizdus, anomalaus skaidymo nebuvo, bet mes žinome, kad mūsų struktūros yra skirtingos. Kaip tai galima paaiškinti bendruoju atveju?{ =Tai atspindėtos struktūros ir dėl to jų difrakcijos vaizdai gali sutapti. ~Taip būti negali - įvyko klaida ~Tai glicino struktūra - jis optiškai neaktyvus, dėl to taip ir gavome ~Toks rezultatas yra "normalus/standartinis" - panašių struktūrų difrakcijos vaizdai būna identiški. } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-kontrolinukas // question: 307130 name: Baltymo kampai I ::Baltymo kampai I::[html]Kokie kampai kokiomis raidėmis pažymėti paveiksliuke (c-alfa atomai ne visur sužymėti)?
{ =Paveiksliu ψ kampas pažymėtas raide\: -> A =Paveiksliuke Φ kampas pažymėtas raide\: -> B =Paveiksliuke ω kampas pažymėtas raide\: -> C = -> D = -> B ir C = -> A ir C } // question: 307131 name: D ir L ribozė I ::D ir L ribozė I::[html]D-ribozė L-ribozės atžvilgiu yra\:{ =Enantiomeras ~Diastereomeras ~Pentatiomeras ~Apibrėžti neįmanoma ~Enantiomeras ir diastereomeras } // question: 307132 name: Izoelektrinis taškas I ::Izoelektrinis taškas I::[html]Kaip vadinama būsena, kai baltymo paviršiuje teigiamų ir neigiamų krūvių skaičius sutampa?{ =Izoelektrinis taškas ~Endoterinis taškas ~Pusiausvyros taškas ~Lenardo Džonso taškas (potencialo minimumas) } // question: 307133 name: Kokios gamtines a.r yra I ::Kokios gamtines a.r yra I::[html]Kurioje padėtyje (arba prie kurio anglies atomo) gamtinėse, baltymus sudarančiose amino rūgštyse būna prisijungusi amino grupė?
{ =alfa ~beta ~epsilon ~Jokio skirtumo - svarbu, kad kur nors bus amino grupė } // question: 307134 name: Paskaičiuoti pH ::Paskaičiuoti pH::[html]Koks bus tirpalo pH, kai vandenilio jonų koncentracija [H⁺] \= 1x10^-5 mol/l ?

{ ~Neutralus ~Šarminis =Rūgštinis } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-elementų-valentingumas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-elementų-valentingumas // question: 307136 name: Biogeninių elementų valentingumas ::Biogeninių elementų valentingumas::[html]Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?{ =C -> 4 =S (-SH) -> 2 =O -> 2 =Cl -> 1 =N (-NH3+) -> 3 =P (-PO(OH)-) -> 5 } // question: 307137 name: Biogeninių elementų valentingumas (2) ::Biogeninių elementų valentingumas (2)::[html]Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?{ =C -> 4 =S (-SO3H) -> 6 =F -> 1 =Br -> 1 =N (-NO2) -> 5 =P (-PO(OH)-) -> 5 } // question: 307138 name: Biogeninių elementų valentingumas (3) ::Biogeninių elementų valentingumas (3)::[html]Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?{ =C -> 4 =S (-SH) -> 2 =S (-SO3H) -> 6 =N (-NH2) -> 3 =N (-NO2) -> 5 =P (-PO(OH)-) -> 5 } // question: 307139 name: Biogeninių elementų valentingumas (4) ::Biogeninių elementų valentingumas (4)::[html]Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?{ =C -> 4 =S (-SH) -> 2 =S (-SO3H) -> 6 =N (-NH2) -> 3 =Se (-SeH) -> 2 =P (-PO(OH)-) -> 5 } // question: 307140 name: Biogeninių elementų valentingumas (5) ::Biogeninių elementų valentingumas (5)::[html]Kokį valentingumą turi nurodyti elementai biologinėse molekulėse (jei nurodyta funkcinė grupė -- būtent toje funkcinėje grupėje)?{ =C (-COOH) -> 4 =S (-SH) -> 2 =C (-CH3) -> 4 =N (-NH2) -> 3 =Se (-SeH) -> 2 =H -> 1 } // question: 307141 name: Anglies valentingumas biologinėse molekulėse ::Anglies valentingumas biologinėse molekulėse::[html]Kokį valentingumą gali turėti anglies atomas biologinėse molekulėse?{ ~%-50%1 ~%-50%2 ~%-50%3 ~%100%4 ~%-50%5 ~%-50%6 ~%-50%7 ~%-50%8 } // question: 307142 name: Deguonies valentingumas biologinėse molekulėse ::Deguonies valentingumas biologinėse molekulėse::[html]Kokį valentingumą gali turėti deguonies atomas biologinėse molekulėse?{ ~%-50%1 ~%100%2 ~%-50%3 ~%-50%4#Siera gali būti keturvalentė, bet biologinėse sistemose tokia siera praktiškai nesutinkama. ~%-50%5 ~%-50%6 ~%-50%7 ~%-50%8 } // question: 307143 name: Halogenų valentingumas biologinėse molekulėse ::Halogenų valentingumas biologinėse molekulėse::[html]Kokį valentingumą gali turėti halogenų (Cl, F, Br, I) atomai biologinėse molekulėse?{ ~%100%1 ~%-50%2 ~%-50%3 ~%-50%4#Siera gali būti keturvalentė, bet biologinėse sistemose tokia siera praktiškai nesutinkama. ~%-50%5 ~%-50%6 ~%-50%7 ~%-50%8 } // question: 307144 name: Sieros valentingumas biologinėse molekulėse ::Sieros valentingumas biologinėse molekulėse::[html]Kokį valentingumą gali turėti sieros atomas biologinėse molekulėse?{ ~%-50%1 ~%50%2 ~%-50%3 ~4#Siera gali būti keturvalentė, bet biologinėse sistemose tokia siera praktiškai nesutinkama. ~%-50%5 ~%50%6 ~%-50%7 ~%-50%8 } // question: 307145 name: Vandenilio valentingumas biologinėse molekulėse ::Vandenilio valentingumas biologinėse molekulėse::[html]Kokį valentingumą gali turėti vandenilio atomas biologinėse molekulėse?{ ~%100%1 ~%-50%2 ~%-50%3 ~%-50%4#Siera gali būti keturvalentė, bet biologinėse sistemose tokia siera praktiškai nesutinkama. ~%-50%5 ~%-50%6 ~%-50%7 ~%-50%8 } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-studentiškas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-studentiškas // question: 307148 name: Biologinių makromolekulių tipai ::Biologinių makromolekulių tipai::[html]Nurodykite, kurios (makro)molekulės gali būti hetero-, o kurios homo- polimerais.{ =Baltymai -> Hetero =Nukleorūgštys -> Homo =Polisacharidai -> Ir hetero, ir homo } // question: 307149 name: Sudėlioti baltymo organizacinius lygius ::Sudėlioti baltymo organizacinius lygius::[html]Sudėliokite, kuris apibrėžimas tiksliausiai apibūdina kurį baltymo organizacijos lygį.{ =Tai paprasčiausia amino rūgščių seka. Jos elemetai ryšius palaiko peptidinės jungties dėka. -> Pirminė =Šį lygmenį sudaro lokalios baltymo struktūros, tokios kaip spiralės ar klostės. -> Antrinė =Tai gana sudėtinga struktūra, kurią sudaro įvairių žemesnių lygių struktūrų rinkiniai. Tokia struktūra jau gali sudaryti tam tikrą baltymo domeną, kuris pasižymi specifinėmis savybėmis. -> Tretinė =Formaliai šis lygis apibrėžia funkcionalų baltymą. -> Ketvirtinė } // question: 307150 name: atpažinti FASTA formatą ::atpažinti FASTA formatą::[html]Kokiu formatu pateikta toliau esanti baltymo seka?

>gi|9630954|ref|NP_047551.1| PTP [Bombyx mori NPV] MFPARWHNYLQCGQVIKDSNLICFKTPLQPELFAYVTSEEDVWTTEQIVKQNPSIGAIIDLTNTSKYYDG VHFLRAGLLYKKIQVPGQTLPSESIVQEFIDTVEEFTEKCPGMLVGVHCTHGINRTGYMVCRYLMHTLGI APQEAINRFEKARGHKIERQNYVQDLLI

{ ~%100%FASTA ~%-100%PDB ~%-100%CIF ~%-100%Gene bank ~%-100%GSS ~%-100%Swiss } // question: 307151 name: Baltymu struktūros spėjimo ir eksperimentinio nustatymo metodai ::Baltymu struktūros spėjimo ir eksperimentinio nustatymo metodai::[html]Kurie iš išvardintų tyrimo metodų yra eksperimentiniai baltymų struktūros nustatymo metodai?
\n

{ ~%-33.33333%PGR (Polimerazinė grandininė reakcija, angl. PCR) ~%-33.33333%Homologinis modeliavimas ~%-33.33333%Ab initio struktūros skaičiavimai ~%33.33333%BMR (Branduolių magnetinis rezonansas, angl. NMR) ~%33.33333%Elektronų mikroskopija ~%33.33333%Rentgenostruktūrinė analizė (angl. X-ray crystallography) } // question: 307152 name: D ar L izomeras ::D ar L izomeras::Baltymas, kurio ID yra 1knw, yra\:{ =L izomeras ~%-100%D izomeras ~%-100%Neįmanoma nustatyti } // question: 307153 name: Eksperimentiniai baltymų struktūros nustatymo metodai ::Eksperimentiniai baltymų struktūros nustatymo metodai::[html]Kurie iš išvardintų metodų yra eksperimentiniai baltymų struktūros nustatymo metodai?{ ~%50%BMR ~%50%EM ~%-50%Ab initio ~%-50%Homologinis modeliavimas ~%-50%Fold recognition } // question: 307154 name: eksperimentiniai metodai ::eksperimentiniai metodai::[html]Kokie iš šių metodų yra eksperimentiniai ir taikomi nustatinėjant baltymų struktūras?{ ~%33.33333%Rentgenostruktūrinė analizė ~%33.33333%BMR (branduolių magnetinis rezonansas) ~%33.33333%Elektronų mikroskopija ~%-33.33333%PGR (polimerazės grandinės reakcija) ~%-33.33333%FISH (flourescensinė in situ hibridizacija) ~%-33.33333%Ab initio ~%-33.33333%Fold recognition ~%-33.33333%Fragmentų metodas } // question: 307155 name: Įvardinti procesą, kurio metu iš stireno gaunamas polistirenas. ::Įvardinti procesą, kurio metu iš stireno gaunamas polistirenas.::[html]Gamtoje egzistuoja tiek monomerinės, tiek polimerinės medžiagos. Polimerinės gali būti sudarytos iš daugelio vienodų dalelių (pvz. polistirenas yra sudarytas iš daug stireno molekulių). Kaip vadinamas pramonėje naudojamas procesas, kurio metu gaunami minėto tipo homopolimerai?{ =Polimerizacija ~%-100%Polisterilizacija ~%-100%Homomerizacija ~Heteropolimerizacija } // question: 307156 name: Kas sudaro amino rūgštis? ::Kas sudaro amino rūgštis?::[html]Kokios yra amino rūgšties sudedamosios dalys?{ ~%33.33333%Amino grupė ~%33.33333%Šoninė grandinė (radikalas) ~%33.33333%Karboksi grupė ~%-33.33333%Ribozė ~%-33.33333%Fosfatas } // question: 307157 name: Kas sudaro DNR ::Kas sudaro DNR::[html]Kokie junginiai/sudedamosios dalys/komponentai sudaro DNR?{ ~%33.33333%Fosfatato liekana ~%33.33333%Cukrus ~%33.33333%Bazė ~%-33.33333%Aminas ~%-33.33333%Druskos jonai ~%-33.33333%Peptidas ~%-33.33333%Karbamidai } // question: 307158 name: L ir D izomerų dažnumas ::L ir D izomerų dažnumas::[html]Kuris, L ar D, baltymo izomeras gamtoje sutinkamas dažniau?{ =L ~%-100%D ~%-100%Abu sutinkami daugiau mažiau vienodai } // question: 307159 name: Nurodyti, kokioj SCOP klasėje reikia ieškoti lygiagrečių lakštų. ::Nurodyti, kokioj SCOP klasėje reikia ieškoti lygiagrečių lakštų.::[html]Norite surasti kokį nors baltymą, kuriame būtų gausu lygiagrečių beta lakštų. Kurioje SCOP klasėje ieškotumėte tokio baltymo pavyzdžių?{ ~Alfa ~Beta =Alfa štrich beta (a/b) ~Alfa plius beta (a+b) } // question: 307160 name: S-S tilteliai 7 ::S-S tilteliai 7::[html]\n

Keliais būdais gali susidaryti S-S tilteliai tarp 8 Cys liekanų?

{ =105 ~%-100%5040 ~%-100%1680 ~%-100%40320 ~%-100%2520 ~%-100%180 } // question: 307161 name: S-S tilteliai 8 ::S-S tilteliai 8::[html]\n

Keliais būdais gali susidaryti S-S tilteliai tarp 8 Cys liekanų?

{ =105 ~%-100%100 ~%-100%63 ~%-100%40320 ~%-100%384 } // question: 307162 name: Struktūros nustatymo metodai ::Struktūros nustatymo metodai::[html]Kuris (kurie) iš išvardintų metodų nėra naudojamas baltymų struktūros spėjimui?{ ~%100%PCR ~%-100%BMR ~%-100%EM ~%-100%Ab initio } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-tarpinis kontrolinis/Būtinos ir pakankamos ekstr. sąlygos $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-tarpinis kontrolinis/Būtinos ir pakankamos ekstr. sąlygos // question: 307166 name: Būtinos ir pakankamos balno taško sąlygos ::Būtinos ir pakankamos balno taško sąlygos::[html]Turime diferencijoujamą funkciją F(x,y) su tolydžiomis antrosiomis dalinėmis išvestinėmis. Kurie teiginiai yra būtinos, kurie yra pakankamos sąlygos balno taške taške, o kurie -- iš viso negalioja?

Žymėjimai\: grad F yra f-jos F gradientas, H yra funkcijos F Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica). Sąlygų pakankamumą vertinkite laikydami, kad išpildytos visos būtinos sąlygos.
{ =grad F \= 0 -> Būtina =H matrica turi visas teigiamas tikrines vertes -> Negalioja =H matrica turi visas neigiamas tikrines vertes -> Negalioja =F gradientas yra neigiamas -> Negalioja =H matricos dalis tikrinių verčių teigiamos, dalis -- neigiamos -> Pakankama } // question: 307167 name: Būtinos ir pakankamos maksimumo sąlygos ::Būtinos ir pakankamos maksimumo sąlygos::[html]Turime diferencijoujamą funkciją F(x,y) su tolydžiomis antrosiomis dalinėmis išvestinėmis. Kurie teiginiai yra būtinos, kurie yra pakankamos sąlygos maksimumo taške, o kurie -- iš viso negalioja?

Žymėjimai\: grad F yra f-jos F gradientas, H yra funkcijos F Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica). Sąlygų pakankamumą vertinkite laikydami, kad išpildytos visos būtinos sąlygos.{ =grad F \= 0 -> Būtina =H matrica turi visas teigiamas tikrines vertes -> Negalioja =H matrica turi visas neigiamas tikrines vertes -> Pakankama =F gradientas yra neigiamas -> Negalioja =H matricos dalis tikrinių verčių teigaimos, dalis -- neigiamos -> Negalioja } // question: 307168 name: Būtinos ir pakankamos minimumo sąlygos ::Būtinos ir pakankamos minimumo sąlygos::[html]Turime diferencijoujamą funkciją F(x,y) su tolydžiomis antrosiomis dalinėmis išvestinėmis. Kurie teiginiai yra būtinos, kurie yra pakankamos sąlygos minimumo taške, o kurie -- iš viso negalioja?

Žymėjimai\: grad F yra f-jos F gradientas, H yra funkcijos F Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica). Sąlygų pakankamumą vertinkite laikydami, kad išpildytos visos būtinos sąlygos.{ =grad F \= 0 -> Būtina =H matrica turi visas teigiamas tikrines vertes -> Pakankama =H matrica turi visas neigiamas tikrines vertes -> Negalioja =F gradientas yra teigiamas -> Negalioja =H matricos dalis tikrinių verčių yra teigiamos, dalis -- neigiamos -> Negalioja } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-C-alfa $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-C-alfa // question: 307171 name: C alfa atomai ::C alfa atomai::[html]Paveiksliuke pateikta baltymo grandinės dalis (atvaizduota naudojant Rasmol, Ball and stick modelis). Teisingai pažymėkite, kurie atomai/grandinės dalys kaip pažymėtos (pasirinkite tiksliausią atsakymą).
{ =C-alfa atomas/atomai -> 5 ir 8 =C-beta atomas/atomai -> 9 =Sieros atomai -> 1 = -> 5 = -> 8 = -> 4 ir 10 = -> Visi raudoni rutuliukai } // question: 307172 name: C alfa atomai (2) ::C alfa atomai (2)::[html]Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis su sunumeruotais kai kuriais atomais (viso 10 atomų, sunumeruotų nuo 1 iki 10).
Kuris (kurie) atomai yra c-alfa atomai?

{ ~%33.33333%2 ~%33.33333%5 ~%33.33333%8 ~%-33.33333%1 ~%-33.33333%3 ~%-33.33333%4 ~%-33.33333%7 ~%-33.33333%9 ~%-33.33333%6 ~%-33.33333%10 } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas/02-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas/02-kontrolinukas // question: 307173 name: CIF elementų pabaiga ::CIF elementų pabaiga::[html]Kokiu simboliu ar leksiniu elementu žymima CIF failuose šių konstrukcijų pabaiga?{ =Reikšmės-teksto su daugeliu eilučių (angl. multi-line text field) -> ; =loop_ lentelės -> sekantis leksinis elementas, kuris nėra CIF reikšmė (arba failo pabaiga) =data_... blokai -> Tik sekantis duomenų blokas (arba failo pabaiga) =duomenų vardai (angl. tags) -> tarpų simboliais =Viengubomis kabutėmis išskirtos duomenų reikšmės (angl. single-quoted strings) -> ' =Dvigubomis kabutėmis išskirtos duomenų reikšmės -> " } // question: 307174 name: CIF karkaso komponentai ::CIF karkaso komponentai::[html]Kaip aprašomi šie CIF karkaso komponentai?{ =CIF failų sintaksė -> Formaliomis gramatikomis (pvz. Bekaus-Nauro forma) =CIF failų semantikos ypatybės -> Žodynų failuose =CIF žodynų semantika -> DDL (Žodynų apibrėžimo kalba, Dictionary Definition Language) = -> Metažodynuose (mDDL) } // question: 307175 name: Pradiniai CIF elemetų simboliai ::Pradiniai CIF elemetų simboliai::[html]Kokiais pradiniais simboliais žymimi šie komponentai CIF faile?{ =Komentarai -> \# =Duomenų vardai (angl. tags) -> _ =Duomenų blokai -> data_ =Lentelės-ciklai -> loop_ =Reikšmės-tekstai su deugeliu eilučių (angl. multi-line text fields) -> ; } // question: 307176 name: CIF failo sintaksė ::CIF failo sintaksė::[html]Kokia koduotė naudojama CIF bylose?{ ~%100%ASCII ~%-100%UTF-8 ~%-100%Windows-1257 ~%-100%CIF-UNI ~%-100%Bekuso-Nauro } // question: 307177 name: CIF failų kampų vienetai ::CIF failų kampų vienetai::[html]Kokiais vienetais nurodomi kampai CIF failuose, pvz. _cell_angle_alpha duomenų vardui?{ ~Laipsniais (apskritimo 360-tosiomis dalimis), minutėmis, sekundėmis ~%-100%Laipsniais Celsijaus =Laipsniais (apskritimo 360-tosiomis dalimis) ir jų dešimtainėmis dalimis (dešimtosiomis, šimtosiomis ir t.t) ~%-100%Gradais (stataus kampo šimtosiomis dalimis) ~%-100%Tūkstantadaliais (6000-tosiomis apskritimo dalimis) ~%-100%Radianais ~%-100%Miliradianais } // question: 307178 name: d'Alamber's CIF faile ::d'Alamber's CIF faile::[html]CIF žymių reikšmės (tag'ai) gali būti rašomi viengubose kabutėse. Kaip bus interpretuojama žymė su reikšme\:
_tag1 'd'Alamber's zodzio interpretavimas'
{ =Kabutės žodžio viduryje neturi įtakos interpretacijai ~%-100%Bus interpretuojama kaip dvi atskiros reikšmės\: '1d' ir 's zodzio interpretavimas' ~%-100%Nebus interpretuojama - taip rašyti negalima ~%-100%Jeigu tokia konstrukcija bus pateikta cikle, tai kiekvienai žymei bus priskirta nauja reikšmė. Ne cikle tokia konstrukcija negalima. } // question: 307179 name: Daugelio eilučių tekstas CIFe ::Daugelio eilučių tekstas CIFe::[html]Daugelį eilučių užimantis tekstas CIF failuose yra pažymimas\:{ ~%100%; (kabliataškiais eilutės pradžioje) ~%-100%; ... ; (kabliataškiais bet kurioje eilutės vietoje) ~%-100%' (viengubomis kabutėmis) ~%-100%" (dvigubomis kabutėmis) ~<< >> („prancūziškomis“ kabutės) } // question: 307180 name: Simbolių eilutės CIFe ::Simbolių eilutės CIFe::[html]Simbolių eilutės su tarpais CIF faile, užimančios vieną eilutę, yra apribojamos (išskiriamos) šiais simboliais\:{ ~%50%" (dvigubos kabutės) ~%50%' (viengubos kabutės) ~%-50%; (kabliataškiai eilutės pradžioje) ~%-100%""" (trys dvigubos kabutės eilutės pradžioje) ~%-50%<< >> („prancūziškos“ kabutės) } // question: 307181 name: Vardu semantika ::Vardu semantika::[html]\n

CIF duomenų vardų semantikai aprašyti ir duomenų failams automatiškai tikrinti naudojami\:

{ ~XML formato žodynai ~PDB formato žodynai =CIF formato žodynai ~HTML formato žodynai } // question: 307182 name: vardu semantika II ::vardu semantika II::[html]\n

CIF duomenų vardų semantikai aprašyti naudojami\:

{ ~Tik žodynai (.dic) =Žodynai ir žodynų apibrėžimo failai (.dic, .ddl) ~Žodynai, žodynų apibrėžimo failai ir žodynų apibrėžimo kalbos aprašymo failai (.dic, .ddl, .def) } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-Kokį krūvį turės grupės $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-Kokį krūvį turės grupės // question: 307186 name: Grupių krūviai neutraliame tirpale ::Grupių krūviai neutraliame tirpale::[html]Baltymas ištirpintas tirpale su pH \= 7. Kokį krūvį turės dauguma įvairių funkcinių grupių, eksponuotų baltymo paviršiuje?{ =Asp -COOH (pKa \= 3) -> Neigiama =Lys -NH3 (pKa \= 11) -> Teigiama =His (pKa \= 6) -> Neutrali =Arg (pKa \= 10) -> Teigiama =Tyr -OH (pKa \= 10) -> Neutrali =Cys -SH (pKa \= 8) -> Neutrali = -> Neigiama = -> Teigiama = -> Neutrali } // question: 307187 name: Grupių krūviai rūgščiame tirpale ::Grupių krūviai rūgščiame tirpale::[html]Baltymas ištirpintas tirpale su pH \= 4.5. Kokį krūvį turės įvairios funkcinės grupės, eksponuotos baltymo paviršiuje?{ =Asp -COOH (pKa \= 3) -> Neigiama =Lys -NH3 (pKa \= 11) -> Teigiama =His (pKa \= 6) -> Teigiama =Arg (pKa \= 10) -> Teigiama =Ser -OH (pKa \= 14) -> Neutrali =Cys -SH (pKa \= 8) -> Neutrali = -> Neigiama } // question: 307188 name: Grupių krūviai šarminiame tirpale ::Grupių krūviai šarminiame tirpale::[html]Baltymas ištirpintas tirpale su pH \= 9.5. Kokį krūvį dauguma turės įvairių funkcinių grupių, eksponuotų baltymo paviršiuje?{ =Asp -COOH (pKa \= 3) -> Neigiama =Lys -NH3 (pKa \= 11) -> Teigiama =His (pKa \= 6) -> Teigiama =Arg (pKa \= 10) -> Teigiama =Ser -OH (pKa \= 14) -> Neutrali =Cys -SH (pKa \= 8) -> Neigiama = -> Neigiama } // question: 307189 name: Grupių krūviai silpnai rūgščiame tirpale ::Grupių krūviai silpnai rūgščiame tirpale::[html]Baltymas ištirpintas tirpale su pH \= 6. Kokį krūvį turės įvairios funkcinės grupės, eksponuotos baltymo paviršiuje?{ =Asp -COOH (pKa \= 3) -> Neigiama =Lys -NH3 (pKa \= 11) -> Teigiama =His (pKa \= 6) -> Neutrali =Arg (pKa \= 10) -> Teigiama =Ser -OH (pKa \= 14) -> Neutrali =Cys -SH (pKa \= 8) -> Neutrali } // question: 307190 name: Grupių krūviai silpnai šarminiame tirpale ::Grupių krūviai silpnai šarminiame tirpale::[html]Baltymas ištirpintas tirpale su pH \= 7.5. Kokį krūvį dauguma turės įvairių funkcinių grupių, eksponuotų baltymo paviršiuje?{ =Asp -COOH (pKa \= 3) -> Neigiama =Lys -NH3 (pKa \= 11) -> Teigiama =His (pKa \= 6) -> Neutrali =Arg (pKa \= 10) -> Teigiama =Ser -OH (pKa \= 14) -> Neutrali =Cys -SH (pKa \= 8) -> Neutrali = -> Neigiama } // question: 307191 name: Grupių krūviai stipriai rūgščiame tirpale ::Grupių krūviai stipriai rūgščiame tirpale::[html]Baltymas ištirpintas tirpale su pH \= 2. Kokį krūvį turės įvairios funkcinės grupės, eksponuotos baltymo paviršiuje?{ =Asp -COOH (pKa \= 3) -> Neutrali =Lys -NH3 (pKa \= 11) -> Teigiama =His (pKa \= 6) -> Teigiama =Arg (pKa \= 10) -> Teigiama =Ser -OH (pKa \= 14) -> Neutrali =Cys -SH (pKa \= 8) -> Neutrali = -> Neigiama } // question: 307192 name: Grupių krūviai stipriai šarminiame tirpale ::Grupių krūviai stipriai šarminiame tirpale::[html]Baltymas ištirpintas tirpale su pH \= 12. Kokį krūvį dauguma turės įvairių funkcinių grupių, eksponuotų baltymo paviršiuje?{ =Asp -COOH (pKa \= 3) -> Neigiama =Lys -NH3 (pKa \= 11) -> Neutrali =His (pKa \= 6) -> Neutrali =Arg (pKa \= 10) -> Neutrali =Tyr -OH (pKa \= 10) -> Neigiama =Cys -SH (pKa \= 8) -> Neigiama = -> Neigiama = -> Teigiama = -> Neutrali } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-įv. grandinės dalys $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-įv. grandinės dalys // question: 307194 name: įv. grandinės dalys ::įv. grandinės dalys::[html]Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis. Teisingai sudėliokite teiginius apie šią grandinės dalį ir jos komponentus.

{ =Deguonies atomai piešinuke yra pažymėti\: -> Raudonais rutuliukais = -> Pilkais rutuliukais = -> Tik numeriais 1, 4 ir 7 =Azoto atomai pažymėti\: -> Mėlynais rutuliukais =C-beta atomas pažymėtas\: -> 9 numeriu = -> 3 numeriu = -> 8 numeriu = -> Tokio atomo nėra pažymėta } // question: 307195 name: Įv. grandinės dalys ::Įv. grandinės dalys::[html]Paveiksliuke matote baltymo grandinės dalį (pavaizduota su Rasmol). Išsirinkite tiksliausius atsakymus iš pateiktų.

{ =Šoninė grandinė (turi būti įvardinti visi šoninės grandinės elementai) -> 6-12 numeriai =Deguonies atomai -> Visi raudoni rutuliukai =Azoto atomai -> Visi mėlyni rutuliukai = -> Visi pilki rutuliukai = -> Visi geltoni rutuliukai = -> 16-19 numeriai = -> Jokia šoninė grandinė nėra pilnai pažymėta } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-studentiškas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-studentiškas // question: 307196 name: Karboksi ir amino galų rūgštingumas/baziškumas ::Karboksi ir amino galų rūgštingumas/baziškumas::[html]Kuri amino rūgšties funkcinė grupė kokia savybe pasižymi?{ =Amino -> Bazinis =Karboksi -> Rūgštinis = -> Gali būti ir bazinis ir rūgštinis } // question: 307197 name: Amino grupės savybės ::Amino grupės savybės::[html]Kokia amino grupės savybė vaizduojama paveiksliuke? { ~%50%Baziškumas ~%50%Gebėjimas prisijungti protoną ~%-50%Rūgštingumas ~%-50%Gebėjimas atiduoti protoną ~%-50%Gebėjimas prisijungti pozitroną ~%-50%Neutralumas } // question: 307198 name: Cis ir trans apibrėžimas ::Cis ir trans apibrėžimas::[html]Cis ar trans padėtyje c alfa atomai yra "priešingose" pusėse?{ =Trans ~Cis ~Priklauso nuo baltymo ~Šie du terminai nėra taikomi kalbant apie baltymus } // question: 307199 name: pH apibrėžimas primityvus ::pH apibrėžimas primityvus::[html]Kuris iš šių paprastų apibrėžimų tiksliausiai apibrėžia pH?{ =Vandenilio jonų koncentracija ~%-100%Elektronų koncentracija ~%-100%Neutronų koncentracija ~%-100%amido grupės kiekis tirpale } // question: 307200 name: pH kas yra ::pH kas yra::[html]Kas yra pH?{ =Vandenilio jonų koncentracijos neigiamas logaritmas ~Hidroksilo jonų koncentracijos neigiamas logaritmas ~Amonio jonų koncentracijos neigiamas logaritmas ~Disociavusių amino grupių koncentracijos neigiamas logaritmas ~Bendra ištirpusių druskų koncentracija } // question: 307201 name: pH reikšmė maža ::pH reikšmė maža::[html]Tirpalo pH reikšmė yra 2.17. Kokiomis savybėmis pasižymi tirpalas?{ =Tirpalas yra rūgštinis ~%-100%Tirpalas yra šarminis ~%-100%Tirpalas yra neutralus ~Lakmuso popierėlis tirpale bus žalsvai mėlynas } // question: 307202 name: pH reikšmės ::pH reikšmės::[html]Tirpalo pH reikšmė yra 11.3. Kokios savybės tiksliausia apibūdina šį tirpalą?{ =Tirpalas yra šarminis. ~%-100%Tirpalas yra raudonos spalvos. ~%-100%Tirpalas yra rūgštinis. ~%-100%Tirpalas yra neutralus. ~%-100%Tirpalas yra neutralus } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-kontrolinukas // question: 307207 name: Katalitinis aktyvumas ::Katalitinis aktyvumas::[html]Sudėliokite, kurios medžiagos gali turėti katalitines savybes, kurios ne.{ =RNR -> Katalizuoja =DNR -> Katalizuoja =Baltymai -> Katalizuoja = -> Nekatalizuoja } // question: 307208 name: Asimetrinis vienetas ir grandines I ::Asimetrinis vienetas ir grandines I::[html]Kiek baltymo grandinių gali būti asimetriniame vienete?{ =Viena ar daugiau ~Visada tik viena ~Visada daugiau negu viena ~Tik dvi ~Ne daugiau negu 2 } // question: 307209 name: biologinis multimeras ::biologinis multimeras::[html]Turime biologinį multimerą. Kuris iš santykių neteisingai apibrėžia multimero ir asimetrinio santykio sutapimą?

{ =0 ~%-100%1 ~%-100%1/2 ~%-100%2 ~%-100%1 1/2 } // question: 307210 name: Cukraus žiedo konformacija I ::Cukraus žiedo konformacija I::[html]

Kokia konformacija nurodyta piešinuke?

{ =2' endo 3' egzo ~2' endo 3'endo ~3' endo 2' egzo ~4' trans } // question: 307211 name: Hoogsteen bp I ::Hoogsteen bp I::[html]Hoogsteen bazių pora yra\:{ ~%-100%Bazių dupleksas =Bazių tripleksas ~%-100%Bazių tetrapleksas ~%-100%Bazės ir baltymo kompleksas } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-kiek-asimetrinių-anglies-atomų-turės $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-kiek-asimetrinių-anglies-atomų-turės // question: 307212 name: Kiek asimetrinių atomų turės junginiai ::Kiek asimetrinių atomų turės junginiai::[html]Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?{ =Glicinas (H2N-CH2-COOH) -> nei vieno =Alaninas (H2N-CH(CH3)-COOH) -> 1 =Treoninas (H2N-CH(CH(OH)-CH3)-COOH) -> 2 =Glicerolis (Glicerinas) (HO-CH2-CH(OH)-CH2-OH) -> nei vieno =Glicerino aldehidas(HO-CH2-CH(OH)-C(\=O)H) -> 1 } // question: 307213 name: Kiek asimetrinių atomų turės junginiai ::Kiek asimetrinių atomų turės junginiai::[html]Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?{ =Glicinas (H2N-CH2-COOH) -> nei vieno =Alaninas (H2N-CH(CH3)-COOH) -> 1 =Treoninas (H2N-CH(CH(OH)-CH3)-COOH) -> 2 =Izoleucinas (H2N-CH(CH(CH2)(C2H5))-COOH) -> 2 =Leucinas (H2N-C(CH2-CH(CH3)2)-COOH) -> 1 } // question: 307214 name: Kiek asimetrinių atomų turės junginiai ::Kiek asimetrinių atomų turės junginiai::[html]Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?{ =Glicinas (H2N-CH2-COOH) -> nei vieno =Alaninas (H2N-CH(CH3)-COOH) -> 1 =Fenilalaninas (H2N-CH(CH2-Ph)-COOH), (Ph\=C6H5, fenilo liekana) -> 1 =Izoleucinas (H2N-CH(CH(CH2)(C2H5))-COOH) -> 2 =Leucinas (H2N-C(CH2-CH(CH3)2)-COOH) -> 1 } // question: 307215 name: Kiek asimetrinių atomų turės junginiai ::Kiek asimetrinių atomų turės junginiai::[html]Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?{ =Glicinas (H2N-CH2-COOH) -> nei vieno =Glicerinas (HO-CH2-CH(OH)-CH2-OH) -> nei vieno =Glicerino aldehidas(HO-CH2-CH(OH)-C(\=O)H) -> 1 =Izoleucinas (H2N-C(CH(CH2)(C2H5))-COOH) -> 2 =Leucinas (H2N-C(CH2-CH(CH3)2)-COOH) -> 1 } // question: 307216 name: Kiek asimetrinių atomų turės junginiai ::Kiek asimetrinių atomų turės junginiai::[html]Kiek asimetrinių atomų turės nurodyti junginiai?{ =Glicinas (H2N-CH2-COOH) -> nei vieno =Glicerinas (HO-CH2-CH(OH)-CH2-OH) -> nei vieno =Glicerino aldehidas(HO-CH2-CH(OH)-C(\=O)H) -> 1 =Izoleucinas (H2N-CH(CH(CH2)(C2H5))-COOH) -> 2 =Treoninas (H2N-CH(CH(OH)-CH3)-COOH) -> 2 } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-tarpinis kontrolinis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-tarpinis kontrolinis // question: 307218 name: Koduotės ::Koduotės::[html]Kokios koduotės naudojamos kokiuose failuose?{ =CIF failuose naudojama? -> ASCII koduotė su specialiomis formatavimo žymomis (markup) =PDB failuose naudojama\: -> ASCII koduotė = -> Latin1 (ISO 8859-1) koduotė = -> UTF8 koduotė } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-kurie-junginiai-bus-optiškai-aktyvūs $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-kurie-junginiai-bus-optiškai-aktyvūs // question: 307219 name: Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs ::Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs::[html]Kurie junginiai gali būti optiškai aktyvūs (t.y. gali turėti optinių izomerų)?{ =H2N-CH2-COOH (glicinas) -> ne =HOOC-CH(OH)-CH(OH)-COOH (vyno rūgštis) -> taip =H2N-CH(CH3)-COOH (alaninas) -> taip =HC(\=O)H (formaldehidas) -> ne =HCOOH (skruzdžių rūgštis) -> ne =HO-(CH2)-CH(OH)-C(\=O)H (gliceraldehidas) -> taip } // question: 307220 name: Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs ::Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs::[html]Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs (t.y. turės optinių izomerų)?{ =CHCl3 -> ne =CCl4 -> ne =CHBrI -> taip =HC(\=O)H (formaldehidas) -> ne =HCOOH (skruzdžių rūgštis) -> ne =CH2(OH)-CH(OH)-CH(\=O) (gliceraldehidas) -> taip } // question: 307221 name: Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs ::Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs::[html]Kurie junginiai bus optiškai aktyvūs (t.y. turės optinių izomerų)?{ =CHCl3 -> ne =CCl4 -> ne =CHBrI -> taip =HC(\=O)H (formaldehidas) -> ne =HCOOH (skruzdžių rūgštis) -> ne =HO-(CH2)-CH(OH)-C(\=O)H (gliceraldehidas) -> taip } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-nurodyti teisingas PDB eilutes $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-nurodyti teisingas PDB eilutes // question: 307222 name: PDB failas ::PDB failas::[html]Kurios PDB failo eilutės yra neteisingos? Toliau pateikta eilutė - teisinga
\n

ATOM 15785 C ARG J 19 116.586 -34.847 84.102 1.00 25.14 C

{ =ATOM 537338 O HOH I 070 146.667 -23.165 58.036 1.00 37.46 O -> Neteisinga =ATOM 13466 CA PHE H 133 143.47 21.549 67.038 1.00 18.75 C -> Neteisinga =ATOM 99999 OXT SER U 231 65.257 -29.473 61.913 1.00 53.67 O -> Teisinga =HETATM35998 S SO4 A4001 106.278 22.833 36.046 1.00106.25 S -> Teisinga =HETATM36002 O4 SO4 A4001 7 104.991 22.202 36.341 1.00105.92 O -> Teisinga = -> Visos teisingos = -> Visos neteisingos } // question: 307223 name: T/F PDB eilutės ::T/F PDB eilutės::[html]Žemiau matote PDB bylos ištrauką. Nurodykite, kurios eilutės yra neteisingos. Pirmas ATOM ir HETATM eilutes laikykite teisingomis.

{ ~%12.5%(4) ~%12.5%(7) ~%12.5%(12) ~%12.5%(13) ~%12.5%(14) ~%12.5%(16) ~%12.5%(17) ~%12.5%(18) ~%-12.5%(1) ~%-12.5%(2) ~%-12.5%(3) ~%-12.5%(5) ~%-12.5%(6) ~%-12.5%(8) ~%-12.5%(9) ~%-12.5%(11) ~%-12.5%(19) } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-tarpinis kontrolinis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-tarpinis kontrolinis // question: 307224 name: Sudėlioti funkcinių grupių pavadinimus I ::Sudėlioti funkcinių grupių pavadinimus I::[html]Sudėliokite, kokia funkcinė grupė kaip vadinasi.{ =-OH -> hidroksilo =-NH2 -> amino =-COOH -> karboksilo =-SH -> sulfhidrilo = -> antrinė amido = -> imino } // question: 307225 name: Sudėlioti savybes grupių I ::Sudėlioti savybes grupių I::[html]Sudėliokite, kurios grupės pasižymi kokiomis savybėmis.{ =Aminai -> baziniai =Karboksilai -> rūgštiniai =Guanidinai ( N-(NH2)2 ) -> baziniai = -> neutralūs = -> ypač silpni rūgštiniai } // question: 307226 name: Aminų savybė ::Aminų savybė::[html]Kokia savybe pasižymi aminai?{ =Gali prisijungti protoną ~Gali prisijungti elektroną ~Turi rezonansinę struktūrą ~Sudaro S-S tiltelius ~Tinka visi ankstesni atsakymai } // question: 307227 name: Baltymo sukimosi ašys ::Baltymo sukimosi ašys::[html]Kiek jungčių turi viena baltymo vidyryje a.r., apie kurias gali laisvai suktis polipetidinė baltymo grandinė?{ ~%-100%Tris =Dvi ~%-100%Vieną ~%-100%Jokių posūkių negali būti } // question: 307228 name: diastereomerai I ::diastereomerai I::[html]Optiniai izomerai, kurie nėra vienas kito veidrodiniai atspindžiai, vadinami\:

{ =diastereomerai ~%-100%endotereomerai ~%-100%tristereomerai ~%-100%pentastereomerai ~%-100%Ribozės } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/07-septinta-paskaita-DNR geometrija $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/07-septinta-paskaita-DNR geometrija // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/07-septinta-paskaita-DNR geometrija/07-studentiškas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/07-septinta-paskaita-DNR geometrija/07-studentiškas // question: 307229 name: suporuoti bazes I ::suporuoti bazes I::[html]Teisingai suporuokite bazes (sudarykite standartines poras)\:{ =A -> T =G -> C =A (RNR struktūroje) -> U =C (RNR struktūroje) -> G } // question: 307230 name: Kiek kampų apibrėžia DNR ::Kiek kampų apibrėžia DNR::[html]Keliais kampais galima apibrėžti DNR skeleto konformaciją?{ =Septyniais ~%-100%Dviem ~%-100%Trim ~%-100%Priklauso nuo to, kokios sudėties DNR (A\:G santykio) } // question: 307231 name: Sudelioti dNTP poras I ::Sudelioti dNTP poras I::[html]

Piešinuke matote keturis skirtingus dNTP. Kokios bazių poros susidarys klasikiniu (įprastu) atveju?

{ ~%50%1 ir 4 ~%50%2 ir 3 ~%-50%3 ir 4 ~%-50%1 ir 3 ~%-50%1 ir 2 ~%-50%Nuspėti neįmanoma } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-tarpinis kontrolinis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-tarpinis kontrolinis // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-tarpinis kontrolinis/08-Koordinačių sistemos $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-tarpinis kontrolinis/08-Koordinačių sistemos // question: 307234 name: Vektorinės sandaugos rezultatai ::Vektorinės sandaugos rezultatai::[html]Nagrinėkime vektorinę erdvę virš realiųjų skaičių kūno (t.y. vektorius, kuriuos galime dauginti iš realaus skaičiaus).

Teisingai sudėliokite vektorių operacijų rezultatus pagal geriausiai tinkantį rezultato tipą\:
{ =Skaliarinė sandauga -> Realus skaičius =Vektorinė sandauga -> Vektorius =Vektorinė sudėtis -> Vektorius =Vektorius, normuotas savo ilgiui (a/(a,a)) -> Vienetinis vektorius = -> 1 = -> Natūralusis skaičius =Triguba mišrioji sandauga (a dot [ b x c ]) -> Realus skaičius =Triguba vektorinė sandauga [a x [ b x c ]] -> Vektorius } // question: 307235 name: Skaliarinė sandauga ir perėjimas į kitą koordinačių sistemą ::Skaliarinė sandauga ir perėjimas į kitą koordinačių sistemą::[html]Kaip keičiasi skaliarinė sandauga, pereinant į kitą koordinačių sistemą?{ =Nesikeičia ~Dauginama iš metrino tenzoriaus determinanto ~Keičia ženklą, jei sistema keičia ranką ~Virsta 0, jei naujos sistemos baziniai vektoriai tiesiškai nepriklausomi } // question: 307236 name: Vektorinės sandaugos savybės ::Vektorinės sandaugos savybės::[html]Tegul raidės a, b žymi vektorius, žvaigždutė "*" -- vektorinės sandaugos operaciją, o raidė t -- skaliarą (realų skaičių).

Kokia savybė nebūdinga vektorinei sandaugai?{ =komutatyvumas (a*b \= b*a) ~Distributyvumas ( (a+b)*c \= a*c + b*c) ~Asociatyvumas (a*bt \= (a*b)t) } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas/02-studentiškas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas/02-studentiškas // question: 307237 name: CIF failų koduotė ::CIF failų koduotė::[html]Kokia simbolių koduote užrašomi CIF (ver. 1.1) formato failai?{ ~%-100%UTF-8 ~%-100%Windows-1257 =ASCII ~%-100%EBCDIC ~%-100%iso-8859-13 ~%-100%iso-8859-1 } // question: 307238 name: CIF gardelės ilgių matavimo vienetai ::CIF gardelės ilgių matavimo vienetai::[html]Kokiais vienetais matuojamos kristalo gardelės konstantos (kristalo gardelės vektorių ilgiai) CIF failuose?{ ~%-100%nanometrais (nm) ~%100%Angstremais (Å) ~%-100%metrais (m) ~%-100%parsekais (pc) ~%-100%pikometrais (pm) ~%-100%coliais (") ~%-100%centimetrais (cm) } // question: 307239 name: CIF sintaksė -- reikšmių žymėjimas ::CIF sintaksė -- reikšmių žymėjimas::[html]Kaip nustatoma, kokią reikšmę (prasmę, semantiką) turi skaitinės reikšmės CIF failuose?
{ ~%-100%Pagal lauko poziciją eilutėje ~%-100%Pagal raktinį žodį eilutės pradžioje ir poziciją eilutėję ~%-100%Pagal stulpelį, kuriame prasideda reikšmė ~%-100%Pagal reikšmės matavimo vienetus =Pagal raktinį žodį, žymintį reikšmę (arba prieš pat reikšmę, arba loop_ lentelės antraštėje) } // question: 307240 name: Kaip žymimas komentaras ::Kaip žymimas komentaras::[html]Kokiu simboliu pradedamas (ir baigiamas) komentaras CIF bylose?{ ~%50%Pradedamas \# ~%50%Pabaigos simbolio "nėra" - komentaras baigiasi, pasibaigus eilutei ~%-50%Pradedamas ; ~%-50%Baigiamas ; ~%-50%Baigiamas \# ~%-50%Pradedamas _ (pabraukimu) ~%-50%Pradžios simbolio nėra ~%-50%Pradedamas ir baigiamas ' ', t.y. viengubomis kabutėmis } // question: 307241 name: Eilučių „sulankstymo“ galimybė CIFe ::Eilučių „sulankstymo“ galimybė CIFe::[html]Ar galime CIF faile duomenų vardą parašyti vienoje eilutėje, o reikšmę nukelti į sekančią eilutę?{TRUE} // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas/02-studentiškas/02-nurodyti teisingas CIF eilutes $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas/02-studentiškas/02-nurodyti teisingas CIF eilutes // question: 307244 name: Nurodyti teisingas CIF eilutes I // question: 307256 name: Nurodyti teisingas CIF eilutes II // question: 307277 name: Nurodyti teisingas CIF eilutes III // question: 307288 name: Nurodyti teisingas CIF eilutes IV // question: 307305 name: Nurodyti teisingas CIF eilutes V // question: 307321 name: Nurodyti teisingas CIF eilutes VI // question: 307333 name: Nurodyti teisingas CIF eilutes VII // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-tarpinis kontrolinis/08-Simetrijos operatoriaus sudarymas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-tarpinis kontrolinis/08-Simetrijos operatoriaus sudarymas // question: 307346 name: Simetrijos operatoriaus sudarymas (antro laipsnio a. išilgai x) // question: 307359 name: Simetrijos operatoriaus sudarymas (inversijos centras) // question: 307372 name: Simetrijos operatoriaus sudarymas I // question: 307385 name: Simetrijos operatoriaus sudarymas II // question: 307398 name: Simetrijos operatoriaus sudarymas III // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas/02-tarpinis kontrolinis/02-sudaryti teisingą CIF $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/02-antra-paskaita-CIF formatas/02-tarpinis kontrolinis/02-sudaryti teisingą CIF // question: 307415 name: Sudaryti teisingą CIF I // question: 307421 name: Sudaryti teisingą CIF II // question: 307426 name: Sudaryti teisingą CIF III // question: 307432 name: Sudaryti teisingą CIF IV // question: 307440 name: Sudaryti teisingą CIF V // question: 307446 name: Sudaryti teisingą CIF VI // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-sudaryti teisingą PDB failą $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-sudaryti teisingą PDB failą // question: 307452 name: Sudėti elementus PDB eilutėse (iš drop down meniu) // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-tarpinis kontrolinis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-tarpinis kontrolinis // question: 307458 name: 3_10 spiralės vandeniliniai ryšiai ::3_10 spiralės vandeniliniai ryšiai::[html]Kokios baltymuose dažnai sutinkamos antrinės struktūros vandeniliniai ryšiai pavaizduoti šioje cheminėje formulėje?

\n

{ ~Lygiagretaus beta-lakšto ~Antilygiagretaus beta-lakšto ~Alfa-spiralės =3₁₀ spiralės ~Beta-posūkio } // question: 307459 name: Lygiagretaus beta-lakšto vandeniliniai ryšiai ::Lygiagretaus beta-lakšto vandeniliniai ryšiai::[html]Kokios baltymuose dažnai sutinkamos antrinės struktūros vandeniliniai ryšiai pavaizduoti šioje cheminėje formulėje?

\n

{ =Lygiagretaus beta-lakšto ~Antilygiagretaus beta-lakšto ~Alfa-spiralės ~3₁₀ spiralės ~Beta-posūkio } // question: 307460 name: Anglies valentingumas ::Anglies valentingumas::[html]Keliavalentė yra anglis organiniuose junginiuose? (Nurodykite skaičiumi, pvz. 3, kas reikštų, kad anglis yra trivalentė){ =%100%4# =%0%3# =%0%2# =%0%5# =%0%6# } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-kontrolinukas // question: 307461 name: a. r. sudėtinės dalys ::a. r. sudėtinės dalys::[html]Kas sudaro amino rūgštis?{ ~%33.33333%Amino grupė ~%33.33333%Šoninė grandinė (radikalas) ~%33.33333%Karboksi grupė ~%-33.33333%Ribozė ~%-33.33333%Fosfatas } // question: 307462 name: Alfa spirales kryptis ::Alfa spirales kryptis::[html]Kairiojo ar dešiniojo sukimo yra įprasta, gamtiniuose baltymuose dažniausiai sutinkama alfa spiralė?{ =Dešiniojo ~%-100%Kairiojo ~%-100%Gali būti susisukus į abi puses ~%-100%Spiralė keičia kryptis priklausomai nuo aplinkos sąlygų } // question: 307463 name: Alfa-spiralių vandenilinės jungtys ::Alfa-spiralių vandenilinės jungtys::[html]Kokios baltymuose dažnai sutinkamos antrinės struktūros vandeniliniai ryšiai pavaizduoti šioje cheminėje formulėje?

\n

{ ~%-100%Lygiagretaus beta-lakšto ~%-100%Antilygiagretaus beta-lakšto =Alfa-spiralės ~%-100%3₁₀ spiralės ~%-100%Beta-posūkio } // question: 307464 name: Antilygiagretaus beta-lakšto vandeniliniai ryšiai ::Antilygiagretaus beta-lakšto vandeniliniai ryšiai::[html]Kokios baltymuose dažnai sutinkamos antrinės struktūros vandeniliniai ryšiai pavaizduoti šioje cheminėje formulėje?

\n

{ ~%-100%Lygiagretaus beta-lakšto =Antilygiagretaus beta-lakšto ~%-100%Alfa-spiralės ~%-100%3₁₀ spiralės ~%-100%Beta-posūkio } // question: 307465 name: Baltymų struktūros lygiai ::Baltymų struktūros lygiai::[html]Kokie yra baltymų struktūros lygiai? Išdėliokite eilės tvarka, pradėkite, nuo
"žemiausio".
1. Baltymo molekulių susijungimas į stambesnius kompleksus
2. Baltymo globulė, domenai
3. Amino rūgščių seka
4. Alfa-spiralės, beta-klostės, beta lakštai, kilpos ir posūkiai
{ =3, 4, 2, 1 ~1, 2, 3, 4 ~1, 2, 4, 3 ~1, 3, 2, 4 ~1, 3, 4, 2 ~3, 4, 1, 2 ~3, 2, 1, 4 ~4, 3, 2, 1 } // question: 307466 name: beta spiralė ::beta spiralė::[html]Ar įmanoma struktūra, sudaryta iš beta lakštų, sudarančių spiralę?{ =Įmanoma ~%-100%Neįmanoma } // question: 307467 name: Katalitinės funkcijos vykdytojai ::Katalitinės funkcijos vykdytojai::[html]Baltymų viena iš funkcijų yra katalitinė. Ar gali gali šią funkciją atlikti kas nors kitas?{ =Taip, gali ~%-100%Ne, negali } // question: 307468 name: Keliaguba yra vandenilinė jungtis ::Keliaguba yra vandenilinė jungtis::[html]Formaliai žiūrint, keliaguba yra vandenilinė jungtis?{ =Vienguba ~%-100%Dviguba ~%-100%Triguba ~%-100%Keturguba ~%-100%Priklauso nuo aplinkos } // question: 307469 name: Kur rasti L izoformos baltymus ::Kur rasti L izoformos baltymus::[html]Kur ieškotumėte natūralių L izoformos baltymų?{ =Bet kur - tai natūrali/įprasta baltymo izoforma ~Antibiotikuose ~Naguose, plaukuose ir panašiose struktūrose ~Natūralių šios izoformos baltymų nėra } // question: 307470 name: Kur sutinkami D amino rūgščių izomerai? ::Kur sutinkami D amino rūgščių izomerai?::[html]Kur ieškotumėte natūralių (gamtinių) D amino rūgščių izomerų?{ =Antibiotikuose ~Tokių neįmanoma rasti ~Bet kur - tai įprasta izoforma ~Tik naguose/plaukuose ir pan. struktūras sudarančiuose baltymuose } // question: 307471 name: Nestandartinės truktūros ::Nestandartinės truktūros::[html]Paskaitos metu susipažinote su įvairiomis struktūromis, kurias formuoja baltymai. Tai spiralės, klostė ir posūkiai. Bet ar egzistuoja kitokios struktūros negu anksčiau įvardintos?
Iš pateiktų atsakymų parinkite vieną ar kelis teisingus atsakymus. Jei manote, kad tokios struktūros egzistuoja, pažymėkite jas.
{ ~%-50%Kitokių struktūrų negali būti ~%-50%Teoriškai tokių struktūrų turėtų būti, bet kol kas jų egzistavimas neįrodytas. ~%50%Taip, egzistuoja. Pvz. triguba kairioji spiralė. ~%50%Taip, egzistuoja. Pvz. beta spiralė. } // question: 307472 name: Optiškai neaktyvi a. r. I ::Optiškai neaktyvi a. r. I::[html]Kuri amino rūgštis yra optiškai neaktyvi?{ =Glicinas ~%-100%Leucinas ~%-100%Izoleucinas ~%-100%Valinas ~%-100%Treoninas ~%-100%Visos yra optiškai neaktyvios ~%-100%Visos yra optiškai aktyvios ~%-100%Tirozinas ~Serinas ~Glicerolis ~Glebinas } // question: 307473 name: Peptidinis ryšys ::Peptidinis ryšys::[html]Kaip "atrodo" peptidinis ryšys? (kuriame paveiksliuke jis pavaizduotas?)
A.

B.
C.
D.
{ =A ~B ~C ~D } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-studentiškas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-studentiškas // question: 307480 name: Amino rūgštys ir jų lokalizacija baltyme ::Amino rūgštys ir jų lokalizacija baltyme::[html]Turime baltymo motyvą, kurio a. r. seka ASTIIV. Kurioje baltymo vietoje greičiausia bus randamas šis motyvas?{ ~Baltymo paviršiuje (išorėje) ~%80%Baltymo viduje ~Per mažai informacijos ~Pagal a. r. neįmanoma nuspėti domeno lokalizacijos ~%20%Aktyvajame centre } // question: 307481 name: Ramachandrano diagramos kampai I ::Ramachandrano diagramos kampai I::[html]Kokių baltymo kampų leistinas ribas vaizduoja Ramačandrano diagramos?
{ ~%50%Psi ~%50%Phi ~%-50%Tau ~%-50%Omega ~%-50%Alfa } // question: 307482 name: Sierą turinčios a. r. ::Sierą turinčios a. r.::[html]Kurios amino rūgštys (amino rūgštis) turi sierą savo sudėtyje?{ ~%50%Cisteinas ~%50%Metioninas ~Valinas ~Leucinas ~Glicinas ~Izoleucinas ~Amino rūgštys negali turėti sieros savo sudėtyje } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-studentiškas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-studentiškas // question: 307484 name: Baltymų struktūros spėjimo metodai ::Baltymų struktūros spėjimo metodai::[html]Kuris (kurie) iš išvardintų metodų nėra taikomas nuspėjant arba eksperimentiškai nustatant baltymų struktūras?
{ ~%-100%Rentgeno struktūrinė analizė ~%100%PCR ~%-100%Ab initio ~%-100%Fold recognition ~%-100%Homologinis modeliavimas } // question: 307485 name: Kiek kokių lakštų struktūroj ::Kiek kokių lakštų struktūroj::[html]Apibrėšime dvi sąvokas\: lakštu vadinsime darinį sudarytą iš daugelio klosčių. O klostė - antrinė baltymo struktūra.
A klasės L2 beta-laktamazės (unikalus duomenų bazės identifikatorius 1N4O) rentgeno struktūrine analize nustatytoje struktūroje yra matoma visų tipų antrinių struktūrų. Kiek struktūroje yra lygiagrečių beta lakštų?

{ =%100%0# } // question: 307487 name: PDB failų koduotės ::PDB failų koduotės::[html]Kokia koduotė naudojama PDB formato failuose?{ =%100%ASCII# =%0%UTF-8# =%0%Windows-1257# } // question: 307488 name: Atomo krūvio nurodymas ::Atomo krūvio nurodymas::[html]Ar galima PDB formato faile nurodyti atomo krūvį?{TRUE} // question: 307489 name: Kristalo gardelės kampai CRYST1 įraše ::Kristalo gardelės kampai CRYST1 įraše::[html]Ar gali kristalo gardelės kampai, kurie yra nurodyti CRYST1 įraše, nebūti po 90 laipsnių?{TRUE} // question: 307490 name: PDB failas ir tekstas per kelias eilutes ::PDB failas ir tekstas per kelias eilutes::[html]Ar galima PDB formato failuose įrašą rašyti per kelias eilutes? (Pvz.
REMARKS "3 REFINEMENT. THESE ATOMIC COORDINATES MUST BE CONSIDERED AS
PRELIMINARY. THEY WERE OBTAINED BY RUNNING SEVERAL CYCLES")
{FALSE} // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis/12-kontrolinukas-II $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis/12-kontrolinukas-II // question: 307491 name: Būtina ekstremumo sąlyga ::Būtina ekstremumo sąlyga::[html]Daugelio kintamųjų funkcija duotame taške gali turėti ekstremumą, jeigu\:{ =jos gradientas tame taške lygus nuliui ~jos gradientas tame taške teigiamas ~jos gradientas tame taške neigiamas ~jos Heso matrica tame taške lygi nuliui ~jos Heso matrica tame taške turi lygias nuliui tikrines vertes } // question: 307492 name: Lagranžo koefcientų metodas ::Lagranžo koefcientų metodas::[html]Ieškome funkcijos E(x,y) minimumo su apribojimu f(x,y) \= 0. Kokiame taške gali būti šis apribotas minimumas (t.y. kokia yra būtina apriboto minimumo sąlyga)?{ =G(x,y,l) \= E(x,y) + l*f(x,y) stacionariame taške ~taške, kur grad(E(x,y)) \= 0 ~taške, kur grad(f(x,y)) \= 0 ~G(x,y,l) \= E(x,y) * l*f(x,y) stacionariame taške ~G(x,y,l) \= E(x,y) / (l*f(x,y)) stacionariame taške } // question: 307493 name: Simetrinės matricos tikriniai vektoriai ::Simetrinės matricos tikriniai vektoriai::[html]Kokias savybes turi realios simetrinės matricos tikriniai (nuosavi) vektoriai?{ ~%50%Skirtingams tikrines vertes atitinkantys vektoriai yra ortogonalūs ~%50%Iš simetrinės matricos tikrinių vektorių galima sudaryti bazę ~%-50%Simetrinės matricos tikriniai vektoriai yra tiesiškai priklausomi ~%-50%Simetrinės matricos bent vienas tikrinis vektorius lygus nuliniam ~%-50%Simetrinės matricos vektoriai, turintys vienodas tikrines vertes, visada yra tiesiškai priklausomi } // question: 307494 name: Simetrinio operatoriaus savybės ::Simetrinio operatoriaus savybės::[html]Tegul A yra reali simetrinė matrica, x -- bet koks su ja suderinamas vektorius, Ax -- šios matricos ir vektoriaus sandauga, o (x,y) -- vektorių x ir y skaliarinė sandauga. Be to, transp(A) žymėsime transponuotą matricą, o inv(A) -- atvirkštinę matricą. Kurios lygybės šiomis sąlygomis yra visada teisingos?{ ~%50%(x,Ay) \= (Ax,y) ~%50%(transp(A)x,y) \= (x,Ay) ~%-50%(Ax,Ay) \= (x,y) ~%-50%(x,Ay) \= (inv(A)x,y) } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/07-septinta-paskaita-DNR geometrija/07-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/07-septinta-paskaita-DNR geometrija/07-kontrolinukas // question: 307495 name: Cukraus 3' konformacija ::Cukraus 3' konformacija::[html]Kokia cukraus žiedo konformacija pavaizduota paveiksliuke?

{ ~%-100%3' endo ~%-100%3' egzo =2'endo-3egzo =3'egzo-2'endo ~%-100%2 egzo } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis/12-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis/12-kontrolinukas // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis/12-kontrolinukas/Daugelio kontamųjų f-jos ekstremumas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis/12-kontrolinukas/Daugelio kontamųjų f-jos ekstremumas // question: 307496 name: Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės ::Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės::[html]Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške yra teigiama, funkcija turės\:{ =Minimumą ~Maksimumą ~Balno tašką } // question: 307497 name: Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės II ::Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės II::[html]Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške yra neigiama, funkcija turės\:{ =Maksimumą ~Minimumą ~Balno tašką } // question: 307498 name: Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės III ::Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės III::[html]Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške turi tiek teigiamas, tiek neigiamas nuosavas (tikrines) vertes, funkcija turės\:{ =Balno tašką ~Minimumą ~Maksimumą } // question: 307499 name: Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės IV ::Daugelio kintamųjų funkcijos ekstremumo savybės IV::[html]Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške turi lygią nuliui nuosavą (tikrinę) vertę, o kitos tikrinės vertės teigiamos\:{ =Funkcijos savybes apsprendžia aukštesnės eilės išvestinės ~Funkcija turės minimumą ~Funkcija turės balno tašką } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-egzaminas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-egzaminas // question: 307500 name: Dešiniosios Dekarto k. sistemos bazinių vektorių savybės ::Dešiniosios Dekarto k. sistemos bazinių vektorių savybės::[html]Tegul x, z ir z yra dešiniosios Dekarto koordinačių sistemos ortonormuotos bazės vektoriai. Žvaigždute "*" žymėsime vektorinę sandaugą, skliausteliuose užrašytais vektorių simboliais (a b) -- skaliarinę sandaugą. Nulis 0 žymės nulinį vektorių arba nulinį skaliarą.

Kurios iš žemiau pateiktų tapatybių yra teisingos\:
{ ~%-33.33333%(x [y * z]) \= 0 ~%33.33333%(x [y * z]) > 0 ~%-33.33333%(x [y * z]) < 0 ~%33.33333%(x y) \= (x z) \= 0 ~%-33.33333%(x x) \= (y y) \= 0 ~%33.33333%(z z) \= 1 } // question: 307501 name: Numatytoji PDB failų ortogonalizacija ::Numatytoji PDB failų ortogonalizacija::[html]Tegul a, b ir c yra kristalo gardelės ašys, o C -- vektorius, statmentas a ir b ašims\: C \= [ a * b ] (simbolis "*" žymi vektorinę sandaugą); atitinkamai A \= [ b * c ]. ir B \= [ c * A ]

Kuris ortogonalizacijos susitarimas priimtas PDB failuose kaip numatytasis (t.y. pagal nutylėjimą)? Kitaip tariant, kuriems išvardintiems vektoriams lygiagretūs šios ortonormuotos bazės vektoriai?
{ =a, [C * a], C ~b, [A * b], A ~c, [B * c], B ~a+b, [C * (a+b)], C ~A, [c * A], C ~a, B, [a * B] ~A, b, [A * b] } // question: 307502 name: SCALEn matricos ::SCALEn matricos::[html]Kuriame įraše PDB faile yra pateikiama matrica, leidžianti ortogonalias PDB failo atomų koordinates paversti į frakcines (trupmenines)?{ =SCALEn (n\=1,2,3) ~%-100%ORIGXn (n\=1,2,3) ~%-100%MTRIXn (n\=1,2,3) ~%-100%CRYST1 ~%-100%REMARK } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/Egzaminas/Heso matricos pavidalas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/Egzaminas/Heso matricos pavidalas // question: 307504 name: Heso matricos pavidalas funkcijos balno taške ::Heso matricos pavidalas funkcijos balno taške::[html]Turime daugelio kintamųjų f-ją F(x,y,z). Funkcija turi bet kurio laipsnio tolydžias dalines išvestines taške r₀ \= (x₀, y₀, z₀). Žinome, kad ši funkcija taške r₀ turi balno tašką, ir Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica) jame yra nenulinė. Kurios žemiau nurodytos matricos gali būti šios f-jos Heso matricos taške r₀?

{ ~%-50%
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ] ~%-50%
[ 6 0 0 ]
[ 0 5 0 ]
[ 0 0 7 ] ~%100%
[ -6 0 0 ]
[ 0 5 0 ]
[ 0 0 -7 ] ~%-50%
[ 6 1 0 ]
[ 0 5 1 ]
[ 0 3 -7 ] ~%-50%
[ -1 0 0 ]
[ 0 -1 0 ]
[ 0 0 -1 ] ~%-50%
[ -6 0 0 ]
[ 0 -5 0 ]
[ 0 0 -7 ] } // question: 307505 name: Heso matricos pavidalas funkcijos maksimume ::Heso matricos pavidalas funkcijos maksimume::[html]Turime daugelio kintamųjų f-ją F(x,y,z). Funkcija turi bet kurio laipsnio tolydžias dalines išvestines taške r₀ \= (x₀, y₀, z₀). Žinome, kad ši funkcija taške r₀ turi maksimumą, ir Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica) jame yra nenulinė. Kurios žemiau nurodytos matricos gali būti šios f-jos Heso matricos taške r₀?

{ ~%-50%
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ] ~%-50%
[ 6 0 0 ]
[ 0 5 0 ]
[ 0 0 7 ] ~%-50%
[ -6 0 0 ]
[ 0 5 0 ]
[ 0 0 -7 ] ~%-50%
[ 6 1 0 ]
[ 0 5 1 ]
[ 0 3 -7 ] ~%50%
[ -1 0 0 ]
[ 0 -1 0 ]
[ 0 0 -1 ] ~%50%
[ -6 0 0 ]
[ 0 -5 0 ]
[ 0 0 -7 ] } // question: 307506 name: Heso matricos pavidalas funkcijos minimume ::Heso matricos pavidalas funkcijos minimume::[html]Turime daugelio kintamųjų f-ją F(x,y,z). Funkcija turi bet kurio laipsnio tolydžias dalines išvestines taške r₀ \= (x₀, y₀, z₀). Žinome, kad ši funkcija taške r₀ turi minimumą, ir Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica) jame yra nenulinė. Kurios žemiau nurodytos matricos gali būti šios f-jos Heso matricos taške r₀?

{ ~%50%
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ] ~%50%
[ 6 0 0 ]
[ 0 5 0 ]
[ 0 0 7 ] ~%-50%
[ -6 0 0 ]
[ 0 5 0 ]
[ 0 0 -7 ] ~%-50%
[ 6 1 0 ]
[ 0 5 1 ]
[ 0 3 -7 ] ~%-50%
[ -1 0 0 ]
[ 0 -1 0 ]
[ 0 0 -1 ] ~%-50%
[ -6 0 0 ]
[ 0 -5 0 ]
[ 0 0 -7 ] } // question: 307507 name: Heso matricos pavidalas funkcijos minimume (dublikatas) ::Heso matricos pavidalas funkcijos minimume (dublikatas)::[html]Turime daugelio kintamųjų f-ją F(x,y,z). Funkcija turi bet kurio laipsnio tolydžias dalines išvestines taške r₀ \= (x₀, y₀, z₀). Žinome, kad ši funkcija taške r₀ turi minimumą, ir Heso matrica (antrųjų dalinių išvestinių matrica) jame yra nenulinė. Kurios žemiau nurodytos matricos gali būti šios f-jos Heso matricos taške r₀?

{ ~%50%
[ 1 0 0 ]
[ 0 1 0 ]
[ 0 0 1 ] ~%50%
[ 6 0 0 ]
[ 0 5 0 ]
[ 0 0 7 ] ~%-50%
[ -6 0 0 ]
[ 0 5 0 ]
[ 0 0 -7 ] ~%-50%
[ 6 1 0 ]
[ 0 5 1 ]
[ 0 3 -7 ] ~%-50%
[ -1 0 0 ]
[ 0 -1 0 ]
[ 0 0 -1 ] ~%-50%
[ -6 0 0 ]
[ 0 -5 0 ]
[ 0 0 -7 ] } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/13-Kabšo-algoritmas-III-dalis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/13-Kabšo-algoritmas-III-dalis // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/13-Kabšo-algoritmas-III-dalis/13-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/13-Kabšo-algoritmas-III-dalis/13-kontrolinukas // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/13-Kabšo-algoritmas-III-dalis/13-kontrolinukas/13-Kabšo algoritmo galimybės $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/13-Kabšo-algoritmas-III-dalis/13-kontrolinukas/13-Kabšo algoritmo galimybės // question: 307508 name: Kabšo algoritmo pritaikomumas enantiomerams ::Kabšo algoritmo pritaikomumas enantiomerams::[html]Ar galima Kabšo algoritmu sutapatinti dvi molekules, kurios yra viena kitos veidrodinis atspindys (t.y. skirtingų enantiomerų molekules)?{ =Galima, gausime matricą su atspinžio elementu (det(U) \= -1) ~Galima, gausime geriausą gryno posūkio matricą (det(U) \= +1) ~Negalima ~Galima, bet tik tada, kai visi atomai proklauso vienai plokštumai } // question: 307509 name: Kabšo algoritmo pritaikomumas plokščiai taškų aibei ::Kabšo algoritmo pritaikomumas plokščiai taškų aibei::[html]Ar galima Kabšo algoritmą pritaikyti taškų aibėms, kai visi taškai jose guli vienoje plokštumoje?{ =Galima, įvedus papildomą plokštumai statmeną vektorių ~Galima be jokių papildomų pakeitimų ~Negalima iš principo } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-studentiškas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-studentiškas // question: 307510 name: Kas yra vandenilinė jungtis ::Kas yra vandenilinė jungtis::[html]Kuris atsakymas tiksliausiai apibrėžia vandenilinę jungtį?{ =Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir elektroneigiamo atomo. ~%-100%Vandenilinė jungtis - tai jungtis tik tarp deguonies ir vandenilio atomų. ~%-100%Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir bet kokio kito atomo. ~%-100%Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandens molekulės ir bet kurio kito elektroteigiamo atomo. ~%-100%Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir kokio nors kito elektroteigiamo atomo. } // question: 307511 name: Nekovalentinės sąveikos baltymuose ::Nekovalentinės sąveikos baltymuose::[html]Baltymų struktūrą palaiko įvairios sąveikos. Kurios iš išvardintų sąveikų nepriklauso nekovalentinėms sąveikoms, palaikančioms baltymo struktūrą?
{ ~%-50%Van der Valso ~%-50%Vandeniliniai ryšiai ~%-50%Hidrofobinė sąveika ~%-50%Elektrostatinė sąveika ~%50%Joninė sąveika ~%50%S-S tilteliai } // question: 307512 name: Su kuo susidarys vandenilinė jungtis ::Su kuo susidarys vandenilinė jungtis::[html]Kurie atomai gali sudaryti vandenilinę jungtį? (pažymėkite tris tikėtiniausius){ ~%33.33333%Azotas ~%33.33333%Deguonis ~%33.33333%Fluoras ~%-33.33333%Argonas ~%-33.33333%Kalis ~%-33.33333%Kalcis ~%-33.33333%Helis } // question: 307513 name: Van der Waals sąveika ::Van der Waals sąveika::[html]Van der Valso sąveika tarp dviejų molekulių ar jos dalių apima\:{ ~%-100%Stūmos jėgas ~%-100%Traukos jėgas =Stūmos ir traukos jėgas } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-kontrolinukas // question: 307514 name: Kas yra vandenilinė jungtis I ::Kas yra vandenilinė jungtis I::[html]Kuris atsakymas tiksliausiai apibrėžia vandenilinę jungtį?{ =Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir elektroneigiamo atomo. ~%-100%Vandenilinė jungtis - tai jungtis tik tarp deguonies ir vandenilio atomų. ~%-100%Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir bet kokio kito atomo. ~%-100%Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandens molekulės ir bet kurio kito elektroteigiamo atomo. ~%-100%Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir kokio nors kito elektroteigiamo atomo. } // question: 307515 name: Su kuo susidarys vandenilinė jungtis I ::Su kuo susidarys vandenilinė jungtis I::[html]Kurie atomai gali sudaryti vandenilinę jungtį? (pažymėkite tris tikėtiniausius){ ~%33.33333%Azotas ~%33.33333%Deguonis ~%33.33333%Fluoras ~%-33.33333%Argonas ~%-33.33333%Kalis ~%-33.33333%Kalcis ~%-33.33333%Helis } // question: 307516 name: Van der Waals sąveika I ::Van der Waals sąveika I::[html]Van der Valso sąveika tarp dviejų molekulių ar jos dalių apima\:{ ~%-100%Stūmos jėgas ~%-100%Traukos jėgas =Stūmos ir traukos jėgas } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-kiek-junginiai-turės-optinių-izomerų $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-kiek-junginiai-turės-optinių-izomerų // question: 307517 name: Kiek optinių izomerų turės penkianaris žiedinis cukrus ::Kiek optinių izomerų turės penkianaris žiedinis cukrus::[html]Kiek optinių izomerų turės penkianaris žiedinis cukrus su aldehido grupe? Pvz.\:

{ ~1 ~2 ~32 ~4 ~5 ~6 ~8 =16 } // question: 307518 name: Kiek optinių izomerų turės šešianaris žiedinis cukrus ::Kiek optinių izomerų turės šešianaris žiedinis cukrus::[html]Kiek optinių izomerų turės šešianaris žiedinis cukrus su aldehido grupe? Pvz.\:

{ ~1 ~2 =32 ~4 ~5 ~6 ~8 ~16 } // question: 307519 name: Kiek optinių izomerų turės tiesinė aldoheksozė ::Kiek optinių izomerų turės tiesinė aldoheksozė::[html]Kiek optinių izomerų turės šešianarė tiesinė cukraus su aldehido grupe molekulė (aldoheksozė)? Pvz.\:

{ ~1 ~2 ~32 ~4 ~5 ~6 ~8 =16 } // question: 307520 name: Kiek optinių izomerų turės tiesinė aldopentozė ::Kiek optinių izomerų turės tiesinė aldopentozė::[html]Kiek optinių izomerų turės penkianarė tiesinė cukraus su aldehido grupe molekulė (aldopentozė)? Pvz.\:

{ ~1 ~2 ~32 ~4 ~5 ~6 =8 ~16 } // question: 307521 name: Kiek optinių izomerų turės tiesinė ketoheksozė ::Kiek optinių izomerų turės tiesinė ketoheksozė::[html]Kiek optinių izomerų turės šešianarė tiesinė cukraus su keto-grupe molekulė (ketoheksozė)? Pvz.\:

{ ~1 ~2 ~32 ~4 ~5 ~6 =8 ~16 } // question: 307522 name: Kiek optinių izomerų turės tiesinė ketopentozė ::Kiek optinių izomerų turės tiesinė ketopentozė::[html]Kiek optinių izomerų turės penkianarė tiesinė cukraus su ketono grupe molekulė (ketopentozė)? Pvz.\:

{ ~1 ~2 ~32 =4 ~5 ~6 ~8 ~16 } // question: 307523 name: Kiek optinių izomerų turės vyno rūgštis ::Kiek optinių izomerų turės vyno rūgštis::[html]Kiek optinių izomerų turės vyno rūgštis HOOC-CH(OH)-CH(OH)-COOH?

{ ~1 ~2 =3 ~4 ~5 ~6 ~8 ~16 } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/11-vienuolikta-paskaita-Kabšo-algoritmas-I-dalis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/11-vienuolikta-paskaita-Kabšo-algoritmas-I-dalis // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/11-vienuolikta-paskaita-Kabšo-algoritmas-I-dalis/11-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/11-vienuolikta-paskaita-Kabšo-algoritmas-I-dalis/11-kontrolinukas // question: 307524 name: Kokios matricos ieškome, naudodami Kabšo algoritmą? ::Kokios matricos ieškome, naudodami Kabšo algoritmą?::[html]Kokios matricos ieškome Kabšo algoritmu?
{ =Ortogonalios ~Simetrinės ~Išsigimusios ~Su determinantu, lygiu 0 } // question: 307525 name: Ortogonalios matricos savybės ::Ortogonalios matricos savybės::[html]Kokias savybes turi ortogonali matrica?{ =Jos atvirkšinė lygi transponuotai ~Ji lygi savo transponuotai ~Turi bent vieną stupelį su visais elementais, lygiais 0 ~Turi determinantą, lygų 0 } // question: 307526 name: Ortogonalios matricos savybės II ::Ortogonalios matricos savybės II::[html]Kokias savybes turi ortogonali matrica?{ =Padauginta iš vektoriaus ortogonaliose koordinatėse, nekeičia jo ilgio ~Aprašo tik posūkius Euklidinėje erdvėje ~Aprašo tik atspindžius Euklidinėje erdvėje ~Visada turi realias tikrines (nuosavas) vertes } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-studentiškas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-studentiškas // question: 307527 name: Koordinačių sistemos komponentai ::Koordinačių sistemos komponentai::[html]Kas nėra koordinačių sistemos komponentai?
{ ~%-50%Koordinačių pradžia ~%-50%Koordinačių ašys ~%-50%Matavimo vienetai ar skalė ~%-50%"Ranka" ~%50%Ortogonalai ~%50%Radialinis faktorius } // question: 307528 name: Skaliarinė sandauga ::Skaliarinė sandauga::[html]Kuris apibūdinimas tiksliausia apibrėžia dviejų vektorių skaliarinę sandaugą?{ =Dviejų vektorių skaliarinė sandauga yra lygi šių vektorių modulių sandaugai, padaugintai iš kosinuso kampo tarp šių vektorių. ~%-100%Skaliarinė sandauga yra vektorius, lygus tų vektorių ilgių sandaugai, padaugintai iš kampo tarp vektorių sinuso ir vienetino vektoriaus, stataus abiem. ~%-100%Skaliarinė vektorių skaliarinė sandauga yra lygi šių vektorių ilgių modulių sandaugai. ~%-100%Skaliarinė sandauga yra lygi dviejų vektorių vektorinei sandaugai, padalintai iš vektorių ilgių kvadratų sumos. } // question: 307529 name: Vektorinės sandaugos savybės ::Vektorinės sandaugos savybės::[html]Tegul raidės a, b žymi vektorius, žvaigždutė "*" -- vektorinės sandaugos operaciją, o raidė t -- skaliarą (realų skaičių).

Kokia savybė nebūdinga vektorinei sandaugai?{ =komutatyvumas (a*b \= b*a) ~Distributyvumas ( (a+b)*c \= a*c + b*c) ~Asociatyvumas (a*bt \= (a*b)t) } // question: 307530 name: Paskaičiuoti gardelės tūrį iš konkretaus CIF ::Paskaičiuoti gardelės tūrį iš konkretaus CIF::[html]Yra nustatyta medžiagos 1,3,5-Trifeniladamantano (angl. 1,3,5-Triphenyladamantane, unikalus COD ID 2017113). Struktūra publikuota Acta Crystallographica Section C (Boldog ir kiti).
Remdamiesi savo žiniomis bei čia pateikta informacija, apskaičiuoti minėto kristalo gardelės tūrį (atsakymą pateikite vienos dešimtosios Angstremo tikslumu).{ =%100%2908.8# } // question: 307531 name: Tiesinių koordinačių tipas ::Tiesinių koordinačių tipas::[html]Kokių rūšių būna tiesinės koordinačių sistemos? Pateikite vieną pvz.{ =%100%afininės# =%100%ortogonalios# =%100%ortogonaliosios# =%100%ortonormuotos# =%100%Dekarto# =%100%stačiakampės# =%100%nestačiakampės# =%100%su ortonormuota baze# } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-Koordinačių transformacijos $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/08-aštunta paskaita-Kristalų simetrija/08-Koordinačių transformacijos // question: 307533 name: koordinačių transformacija ::koordinačių transformacija::[html]Turime molekulę, kurią norime pasukti neiškraipydami atstumų tarp molekulės komponentų tam tikru kampu. Kuris operatorius tinkamas tokiam darbui atlikti?

1. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
1 0 0
0 -1 0
0 0 -1

2. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
0 0.5 0
0 0 0
0 0 0

3. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
1 0 1
0 0 0
0 0 1

4. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
0 0 0
15 0 0
0 0 1

{ =1 ~%-100%2 ~%-100%3 ~%-100%4 ~%-100%1 ir 4 ~%-100%1 ir 2 } // question: 307534 name: koordinačių transformacija I ::koordinačių transformacija I::[html]Turime molekulę, kurią norime pasukti neiškraipydami atstumų tarp molekulės komponentų tam tikru kampu. Kuris operatorius tinkamas tokiam darbui atlikti?

1. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
-1 0 0
0 1 0
0 0 -1

2. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
0 0.5 0
0 0 0
0 0 0

3. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
1 0 1
0 0 0
0 0 1

4. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)
0 0 0
15 0 0
0 0 1

{ =1 ~%-100%2 ~%-100%3 ~%-100%4 ~%-100%1 ir 4 ~%-100%1 ir 2 } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/09-devinta-paskaita-Eksp. metodai/09-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/09-devinta-paskaita-Eksp. metodai/09-kontrolinukas // question: 307535 name: Kristalografijos schema I ::Kristalografijos schema I::[html]Toliau pateikti trys trumpi aprašymai. Kuris iš jų tiksliausiai apibūdina dalį kristalografinio struktūros nustatymo eksperimento eigos?

Pirmas\:
Spinduliai yra generuojami katode rentgeno spindulių vamzdyje. Katodas yra kaitinamas, o "išlėkę" elektronai yra pagreitinami iki tam tikro lygio. Kai elektronai turi pakankamai energijos, kad galėtų išmušti tiriamos struktūros vidinių orbitalių elektronus, gaunamas rentgeno struktūrinei analizei charakteringas vaizdas/spektras, kuris toliau analizuojamas.

Antras\:
Spinduliai yra generuojami anode, kuris yra rentgeno spindulių vamzdyje. Anodas yra kaitinamas, o išlėkę elektronai yra pagreitinami iki tam tikro greičio. Kai elektronai turi pakankamai energijos, kad galėtų išmušti tiriamos struktūros vidinių orbitalių elektronus, gaunamas rentgeno struktūrinei analizei charakteringas vaizdas/spektras, kuris toliau analizuojamas.
Trečias
Spinduliai yra generuojami specialiaus aparato, vadinamo goniometru. Šiuo vamzdžiu sugeneruoti UV spinduliai "praeina" pro turimą kristalą (ar kitą medžiagą, kurios struktūra tiriama) ir vietose, kur yra atomai, lieka juodi taškai, o visur kitur - fono spalva nepasikeičia.

{ =Pirmas ~Antras ~Trečias } // question: 307536 name: Pagrindinės kristalo savybės I ::Pagrindinės kristalo savybės I::[html]Įvardinkite dvi pagrindines kristalo savybes.{ ~%50%Periodiškumas ~%50%Diskretiškumas ~%-50%Stochastiškumas ~%-50%Tolydumas ~%-50%Faziškumas } // question: 307537 name: Teisingas/klaidingas PDB I ::Teisingas/klaidingas PDB I::[html]Jaunasis kristalografas Martynas išsprendė jūsų struktūrą (baltymą) bei pateikė jums baltymo struktūrinę informaciją PDB formatu. PDB bylos ištrauką matote toliau. Ar struktūra atrodo patikimai išspręsta? (pats PDB failas formaliai yra teisingai, jame nėra sintaksės klaidų).

{ ~Remiantis pateiktais duomenis, struktūros sprendimas atrodo geras ~Remiantis pateiktais duomenimis, struktūra nėra išspręsta visiškai teisingai - įtartimus kelia koordinatės =Remiantis pateiktais duomenimis, struktūra nėra išspręsta visiškai teisingai - įtartimus kelia užimtumo reikšmės ~Remiantis pateiktais duomenimis, struktūra nėra išspręsta visiškai teisingai - įtartimus kelia temperatūriniai faktoriai } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-egzaminas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-egzaminas // question: 307538 name: Lakstai I ::Lakstai I::[html]Kokia struktūra pavaizduota piešinėlyje

{ ~Antilygiagretus beta lakštas =Lygiagretus beta lakštas ~Alfa spiralė ~Kilpa } // question: 307539 name: Lakstai II ::Lakstai II::[html]Kokia struktūra pavaizduota paveiksliuke? { =Antilygiagretus beta lakštas ~Lygiagretus beta lakštas ~Alfa spiralė ~Kilpa ~z spiralė } // question: 307540 name: Lakstai III ::Lakstai III::[html]Kokia struktūra pavaizduota paveiksliuke? { ~Antilygiagretus beta lakštas =Lygiagretus beta lakštas ~Alfa spiralė ~Kilpa ~z spiralė } // question: 307541 name: Lakstai IV ::Lakstai IV::[html]Kokia struktūra pavaizduota paveikslėlyje? { =Antilygiagretus beta lakštas ~Lygiagretus beta lakštas ~Alfa spiralė ~Kilpa ~z spiralė } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-kontrolinukas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-kontrolinukas // question: 307542 name: Neteisingas užimtumas ::Neteisingas užimtumas::[html]Kurie parametrai PDB eilutėje neturi fizikinės prasmės (t.y. neaprašo realaus, gamtinio baltymo struktūros PDB formatu)?

"ATOM 370 O LYS A 54 -0.125 -22.679 43.561 4.00 75.48 C"

{ ~%100%Užimtumas ~%-100%Koordinatės ~%-100%Raktinis žodis ~%-100%Atomo vardas ~%-100%Beta faktorius } // question: 307543 name: PDB eilutes perkelimas ::PDB eilutes perkelimas::[html]Kokiu būdu galima PDB failo ATOM įrašą išdėstyti per kelias eilutes?{ ~%100%Tai neįmanoma ~%-100%Antrą (ir kitas) eilutes pradedant ";" ~%-100%Antrą (ir kitas) eilutes pradedant "/" ~%-100%Antrą (ir kitas) eilutes pradedant "\#" ~%-100%Tai daroma automatiškai\: eilutė tęsiasi iki randamas kitas raktinis žodis } // question: 307544 name: PDB failas neteisingas atomo numeris ::PDB failas neteisingas atomo numeris::[html]Kuri eilutė PDB faile yra neteisinga? Laikykite, kad pirma eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

{ ~%100%Trečia (nr. 822305) ~%-100%Antra (nr. 2304) ~%-100%Ketvirta (nr. 2306) ~%-100%Penkta (nr. 2307) ~%-100%Visos teisingos } // question: 307545 name: PDB failas neteisingas REMARK ::PDB failas neteisingas REMARK::[html]Kuri PDB failo eilutė yra neteisinga? Laikykite, kad pirma eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

{ ~%-50%Antra (REMARK 350 COORDINATES ...) ~%50%Trečia (BIOLOGICALLY SIGNIFICANT ...) ~%50%Ketvirta (BY APPLYING ...) ~%-50%Penkta (REMARK 350 BOTH ...) ~%-50%Visos eilutės teisingos } // question: 307546 name: PDB failas teisingas ::PDB failas teisingas::[html]Kurios eilutės PDB faile yra neteisingos? (laikykite, kad pirmoji eilutė yra teisinga)

{ =Visos eilutės teisingos ~Neteisinga antra (ATOM 162) ~Neteisinga trečia (ATOM 163) ~Neteisinga ketvirta (ATOM 164) ~Neteisinga penkta (ATOM 165) ~Visos neteisingos } // question: 307547 name: PDB failo savybės ::PDB failo savybės::[html]Kuri savybė (savybės) yra būdingos PDB formato failams?{ ~%33.33333%Fiksuoto ilgio eilutės ~%33.33333%Kiekviena eilutė prasideda raktiniu žodžiu ~%-100%Lengva įvesti papildomus/naujus duomenų laukus ~%33.33333%Formatas labai paplitęs ir standartizuotas } // question: 307548 name: PDB failų validacija ::PDB failų validacija::[html]Kaip validuojami PDB failai?{ ~%-100%Naudojant žodynus (*.ddl failus) ~%100%Pagal PDB dokumentaciją parašytomis programomis ~%-100%XML formato žodynais ~%-100%PDB formato žodynais } // question: 307549 name: PDB irasas HETERO ::PDB irasas HETERO::[html]Kurios PDB failo eilutės yra neteisingos? Laikykite, kad pirmoji eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

{ ~%100%Trečia (nr. 2301) ~%-100%Antra (nr. 2300) ~%-100%Ketvirta (nr. 2302) ~%-100%Penkta (nr. 2303) ~%-100%Visos neteisingos } // question: 307550 name: PDB neteisinga koordinatė ::PDB neteisinga koordinatė::[html]Kurios eilutės PDB faile yra neteisingos? Laikykite, kad pirmoji eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

{ ~%-100%Antra (ATOM 193) ~%100%Trečia (ATOM 194) ~%-100%Ketvirta (ATOM 195) ~%-100%Penkta (ATOM 196) } // question: 307551 name: PDB neteisingas temperatūrinis ::PDB neteisingas temperatūrinis::[html]Kurios PBD failo eilutės yra neteisingos? Laikykite, kad pirma eilutė su PDB raktažodžiu yra teisinga.

{ ~%-100%ATOM 1624 ~%100%ATOM 1623 ~%-100%ATOM 1625 ~%-100%ATOM 1626 ~%-100%ATOM 1627 } // question: 307552 name: Standartiniai PDB raktiniai žodžiai ::Standartiniai PDB raktiniai žodžiai::[html]Kuris iš nurodytų raktinių žodžių greičiausiai nebus sutinkamas PDB tipo failuose?{ ~%-33.33333%ATOM ~%-33.33333%HETATM ~%25%data_ ~%25%REMARKS ~%25%loop_ ~%25%ATOMS } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-studentiškas/01-SCOP $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-studentiškas/01-SCOP // question: 307558 name: Nurodyti klasę pagal duotas struktūras baltyme ::Nurodyti klasę pagal duotas struktūras baltyme::[html]Tretinę baltymo struktūrą sudaro daug antrinių struktūrų, tarp kurių išsidėstymo galima pastebėti tam tikrą dėsningumą\: daugiausia struktūros išsidėsčiusios pakaitomis, t.y. alfa-beta-alfa-beta ir t.t. (alfa - alfa spiralė, beta - beta klostė/lakštas). Kokiai SCOP klasei priskirtumėte tokį baltymą?
{ ~Alfa ~Beta ~Alfa plius beta (a+b) =Alfa štrich beta (a/b) } // question: 307559 name: Nurodyti klasę pagal duotas struktūras baltyme ::Nurodyti klasę pagal duotas struktūras baltyme::[html]Tretinę baltymo grandinę sudaro 16-olika iš eilės einančių antrinių struktūrų - alfa spiralių. Kokiai SCOP klasei priskirtumėte šį baltymą?{ =Alfa ~Beta ~Alfa plius beta (a+b) ~Alfa štrich beta (a/b) } // question: 307560 name: Nurodyti klasę pagal duotas struktūras baltyme ::Nurodyti klasę pagal duotas struktūras baltyme::[html]Tretinę baltymo grandinę sudaro 12-ika iš eilės einančių antrinių struktūrų - beta lakštų. Kokiai SCOP klasei priskirtumėte šį baltymą?{ ~Alfa =Beta ~Alfa plius beta (a+b) ~Alfa štrich beta (a/b) } // question: 307561 name: SCOP ir antilygiagretūs lakštai ::SCOP ir antilygiagretūs lakštai::[html]Gavote užduotį surasti dešimt baltymų, kuriuose vyrautų antilygiagretūs lakštai (antrinės struktūros). Kurioje SCOP klasėje ieškosite šių baltymų?{ ~Alfa ~Beta =Alfa plius beta (a+b) ~Alfa štrich beta (a/b) ~Ieškočiau ne SCOP, o PDB duomenų bazėje.#Klausime buvo parašyta, kad reik ieškoti SCOP. PDB standartinė paieška būtų neekonomiška, o naudojant sudėtingesnę paiešką vis vien reiktų žinoti SCOP klases. } // question: 307562 name: SCOP ir lygiagretūs lakštai ::SCOP ir lygiagretūs lakštai::[html]Gavote užduotį surasti dešimt baltymų, kuriuose vyrautų lygiagretūs lakštai (antrinės struktūros). Kurioje SCOP klasėje ieškosite šių baltymų?{ ~Alfa ~Beta ~Alfa plius beta (a+b) =Alfa štrich beta (a/b) ~Ieškočiau ne SCOP, o PDB duomenų bazėje.#Klausime buvo parašyta, kad reik ieškoti SCOP. PDB standartinė paieška būtų neekonomiška, o naudojant sudėtingesnę paiešką vis vien reiktų žinoti SCOP klases. } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-egzaminas/01-SCOP $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/01-pirma-paskaita-Baltymų organizacija/01-egzaminas/01-SCOP // question: 307563 name: Nurodyti, kokioj SCOP klasėje reikia ieškoti antilygiagrečių lakštų. ::Nurodyti, kokioj SCOP klasėje reikia ieškoti antilygiagrečių lakštų.::[html]Norite surasti kokį nors baltymą, kuriame būtų gausu antilygiagrečių beta lakštų. Kurioje SCOP klasėje ieškotumėte tokio baltymo pavyzdžių?{ ~Alfa ~Beta ~Alfa štrich beta (a/b) =Alfa plius beta (a+b) ~Alfa minus beta (a-b) } // question: 307564 name: Nurodyti, kokioj SCOP klasėje reikia ieškoti lygiagrečių lakštų. ::Nurodyti, kokioj SCOP klasėje reikia ieškoti lygiagrečių lakštų.::[html]Norite surasti kokį nors baltymą, kuriame būtų gausu lygiagrečių beta lakštų. Kurioje SCOP klasėje ieškotumėte tokio baltymo pavyzdžių?{ ~Alfa ~Beta =Alfa štrich beta (a/b) ~Alfa plius beta (a+b) ~Alfa minus beta (a-b) } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-egzaminas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-egzaminas // question: 307565 name: PDB semantika ::PDB semantika::[html]\n

PDB failų semantikai aprašyti ir duomenų failams automatiškai tikrinti naudojami\:

{ ~XML formato žodynai ~PDB formato žodynai ~CIF formato žodyna =Pagal PDB formato dokumentaciją parašytos programos } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-peptido krūvis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/06-šešta paskaita-BCh priminimas/06-egzaminas/06-peptido krūvis // question: 307566 name: Peptido_kruvis_tirpale ::Peptido_kruvis_tirpale::[html]

1. Koks bus pavaizduoto peptido krūvis vandens tirpale, esant neutraliam pH?

{ ~Teigiamas =Neigiamas } // question: 307567 name: Peptido_kruvis_tirpale_2 ::Peptido_kruvis_tirpale_2::[html]

1. Koks bus pavaizduoto peptido krūvis vandens tirpale, esant neutraliam pH?

{ =Teigiamas ~Neigiamas } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-egzaminas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-egzaminas // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-egzaminas/Klausimas apie jungčių energijas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/10-dešimta-paskaita-Sąveikos/10-egzaminas/Klausimas apie jungčių energijas // question: 307568 name: Sąveikos energijos pokytis ::Sąveikos energijos pokytis::[html]Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, sumažėjo 30 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.

Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
{ ~Vandenilinės jungties susidarymas =Vandenilinės jungties nutrūkimas ~Kovalentinės jungties susidarymas ~Kovalentinės jungties nutrūkimas ~Van der Valso sąveikos susidarymas ~Van der Valso sąveikos nutrūkimas } // question: 307569 name: Sąveikos energijos pokytis (2) ::Sąveikos energijos pokytis (2)::[html]Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, padidėjo 2 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.

Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
{ ~Vandenilinės jungties susidarymas ~Vandenilinės jungties nutrūkimas ~Kovalentinės jungties susidarymas ~Kovalentinės jungties nutrūkimas =Van der Valso sąveikos susidarymas ~Van der Valso sąveikos nutrūkimas } // question: 307570 name: Sąveikos energijos pokytis (3) ::Sąveikos energijos pokytis (3)::[html]Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, padidėjo 30 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.

Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
{ =Vandenilinės jungties susidarymas ~Vandenilinės jungties nutrūkimas ~Kovalentinės jungties susidarymas ~Kovalentinės jungties nutrūkimas ~Van der Valso sąveikos susidarymas ~Van der Valso sąveikos nutrūkimas } // question: 307571 name: Sąveikos energijos pokytis (4) ::Sąveikos energijos pokytis (4)::[html]Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, sumažėjo 2 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.

Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
{ ~Vandenilinės jungties susidarymas ~Vandenilinės jungties nutrūkimas ~Kovalentinės jungties susidarymas ~Kovalentinės jungties nutrūkimas ~Van der Valso sąveikos susidarymas =Van der Valso sąveikos nutrūkimas } // question: 307572 name: Sąveikos energijos pokytis (5) ::Sąveikos energijos pokytis (5)::[html]Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, sumažėjo 300 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.

Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
{ ~Vandenilinės jungties susidarymas ~Vandenilinės jungties nutrūkimas ~Kovalentinės jungties susidarymas =Kovalentinės jungties nutrūkimas ~Van der Valso sąveikos susidarymas ~Van der Valso sąveikos nutrūkimas } // question: 307573 name: Sąveikos energijos pokytis (6) ::Sąveikos energijos pokytis (6)::[html]Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, padidėjo 300 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.

Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
{ ~Vandenilinės jungties susidarymas ~Vandenilinės jungties nutrūkimas =Kovalentinės jungties susidarymas ~Kovalentinės jungties nutrūkimas ~Van der Valso sąveikos susidarymas ~Van der Valso sąveikos nutrūkimas } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/13-Kabšo-algoritmas-III-dalis/13-kontrolinukas/13-simetrinės-matricos-funkcijos $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/13-Kabšo-algoritmas-III-dalis/13-kontrolinukas/13-simetrinės-matricos-funkcijos // question: 307574 name: Simetrinės matricos kvadrato tikriniai skaičiai ::Simetrinės matricos kvadrato tikriniai skaičiai::[html]Tegul A -- reali simetrinė matrica. Laikykime, kad l[i] yra jos tikrinių (nuosavų) verčių masyvas. Kam bus lygios šios matricos kvadrato, Q \= A*A, tikrinės vertės? (žymėjimai\: * -- matricų sandauga, ** -- kėlimas kvadratu, sqrt(x) -- kvadratinė šaknis iš x)\:
{ =l[i] ** 2 ~sqrt(l[i]) ~1/l[i] ~1/l[i]**2 ~1/sqrt(l[i]) } // question: 307575 name: Simetrinės matricos šaknies tikriniai skaičiai ::Simetrinės matricos šaknies tikriniai skaičiai::[html]Tegul A -- reali simetrinė matrica. Laikykime, kad l[i] yra jos tikrinių (nuosavų) verčių masyvas. Kam bus lygios šios matricos kvadratinės šaknies Q, A \= Q*Q, tikrinės vertės? (žymėjimai\: * -- matricų sandauga, ** -- kėlimas kvadratu, sqrt(x) -- kvadratinė šaknis iš x)\:
{ ~l[i] ** 2 =sqrt(l[i]) ~1/l[i] ~1/l[i]**2 ~1/sqrt(l[i]) } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis/12-kontrolinukas/Simetrinės matricos savybės $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/12-Kabšo-algoritmas-II-dalis/12-kontrolinukas/Simetrinės matricos savybės // question: 307576 name: Simetrinės matricos savybės ::Simetrinės matricos savybės::[html]Kokias savybes visada turi reali simetrinė matrica?{ =Ji lygi savo transponuotai ~Ji lygi savo atvirkštinei ~Ji lygi sau pačiai ~Jos visos tikrinės vertės menamos } // question: 307577 name: Simetrinės matricos savybės II ::Simetrinės matricos savybės II::[html]Kokias savybes visada turi reali simetrinė matrica?{ =Jos visos tikrinės (nuosavos) vertės realios ~Ji lygi savo atvirkštinei ~Jos visos tikrinės vertės menamos ~Jos visos tikrinės (nuosavos) vertės nelygios nuliui } // question: 307578 name: Simetrinės matricos savybės III ::Simetrinės matricos savybės III::[html]Kokias savybes visada turi reali simetrinė matrica?{ =Iš jos tikrinių vektorių galima sudaryti ortoginalią bazę ~Jos tikriniai vektoriai yra tiesiškai priklausomi ~Jos visos tikrinės vertės menamos ~Jos visos tikrinės (nuosavos) vertės nelygios nuliui } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/09-devinta-paskaita-Eksp. metodai/09-studentiškas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/09-devinta-paskaita-Eksp. metodai/09-studentiškas // question: 307579 name: Struktūros nustatymo metodai ::Struktūros nustatymo metodai::[html]Kuris/kurie iš šių metodų netaikomi baltymų struktūros radimui?{ ~NMR ~BMR ~X-RAY ~%50%PCR ~SANS ~%50%RALP ~EM } // question: 307580 name: Skiriamoji geba ::Skiriamoji geba::[html]Skiriamoji geba nurodoma angstremais ar daltonais?{ =%100%angstremais# =%0%Daltonais# } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-Užimtumo skaičiavimas $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-Užimtumo skaičiavimas // question: 307581 name: Paskaičiuoti užimtumą ::Paskaičiuoti užimtumą::[html]Koks bus šio kristalo užimtumas? (atsakymą nurodykite paprastąja trupmena, vietoj dalybos ženklo naudokite "/")
{ =%100%5/8# =%50%0,625# =%50%0.625# =%50%0,63# =%50%0.63# } // question: 307582 name: Paskaičiuoti užimtumą ::Paskaičiuoti užimtumą::[html]Koks bus šio kristalo užimtumas? (atsakymą nurodykite paprastąja trupmena, vietoj dalybos ženklo naudokite "/")
{ =%100%4/6# =%100%2/3# =%50%0.66# } // question: 307583 name: Paskaičiuoti užimtumą ::Paskaičiuoti užimtumą::[html]Koks bus šio kristalo užimtumas? (atsakymą nurodykite paprastąja trupmena, vietoj dalybos ženklo naudokite "/")

{ =%100%7/9# =%100%2/3# =%50%0.77# =%0%9/7# } // question: 307584 name: Paskaičiuoti užimtumą ::Paskaičiuoti užimtumą::[html]Koks bus šio kristalo užimtumas? (atsakymą nurodykite paprastąja trupmena, vietoj dalybos ženklo naudokite "/")

{ =%100%6/9# =%100%2/3# =%50%0.66# } // question: 307585 name: Paskaičiuoti užimtumą ::Paskaičiuoti užimtumą::[html]Koks bus šio kristalo užimtumas? (atsakymą nurodykite paprastąja trupmena, vietoj dalybos ženklo naudokite "/")

{ =%100%7/12# =%50%0.58# =%50%0,58# } // question: 307586 name: Paskaičiuoti užimtumą ::Paskaičiuoti užimtumą::[html]Koks bus šio kristalo užimtumas? (atsakymą nurodykite paprastąja trupmena, vietoj dalybos ženklo naudokite "/")

{ =%100%4/8# =%100%1/2# =%100%2/4# =%50%0,5# =%50%0.5# } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-studentiškas/03-studentiškas-spiralių-skaičius $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/03-trečia-paskaita-PDB formatas/03-studentiškas/03-studentiškas-spiralių-skaičius // question: 307486 name: Kiek spiralių struktūroj 1zzz (3_10) ::Kiek spiralių struktūroj 1zzz (3_10)::[html]Tripsino inhibitoriaus (unikalus duomenų bazės identifikatorius 1ZZZ) rentgeno struktūrine analize nustatytoje struktūroje yra matoma visų tipų antrinių struktūrų. Kiek struktūroje yra susidariusių 3₁₀ spiralių (būtent 3₁₀, o ne alfa, 5₁₆ ir t.t.) spiralių? Įrašykite tik vieną skaičių – bendrą 3₁₀ spiralių skaičių.

{ =%0%3# =%0%1# =%100%2# =%0%4# } // question: 466873 name: Kiek spiralių struktūroj 1zzz (alfa) ::Kiek spiralių struktūroj 1zzz (alfa)::[html]Tripsino inhibitoriaus (unikalus duomenų bazės identifikatorius 1ZZZ) \nrentgeno struktūrine analize nustatytoje struktūroje yra matoma visų \ntipų antrinių struktūrų. Kiek struktūroje yra susidariusių alfa spiralių\n (būtent alfa, 4₁₃ , o ne 3₁₀, 5₁₆ ar kitų) spiralių? Įrašykite tik vieną skaičių – bendrą alfa spiralių skaičių.

{ =%0%3# =%100%1# =%0%2# =%0%4# } // question: 466875 name: Kiek spiralių struktūroj 1zzz (visų) ::Kiek spiralių struktūroj 1zzz (visų)::[html]Tripsino inhibitoriaus (unikalus duomenų bazės identifikatorius 1ZZZ) \nrentgeno struktūrine analize nustatytoje struktūroje yra matoma visų \ntipų antrinių struktūrų. Kiek struktūroje yra susidariusių visų tipų (alfa, 4₁₃ , 3₁₀, 5₁₆ ir kitų) spiralių? Įrašykite tik vieną skaičių – bendrą visų spiralių skaičių.

{ =%100%3# =%0%1# =%0%2# =%0%4# } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-tarpinis kontrolinis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-tarpinis kontrolinis // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-tarpinis kontrolinis/04-tarpinis-kontrolinis-vektorinės-sandaugos-savybės $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/04-ketvirta-paskaita-Koord. sistemos/04-tarpinis kontrolinis/04-tarpinis-kontrolinis-vektorinės-sandaugos-savybės // question: 466961 name: Vektoriaus su juo pačiu triguba vektorinė sandauga ::Vektoriaus su juo pačiu triguba vektorinė sandauga::[html]

Kam lygi vektoriaus triguba vektorinė sandauga su juo pačiu? T.y., jei a, b ir c yra vektoriai, o ([a x b] · c) žymi vektorinę sandaugą, kam lygu ([a x a] · a)?

{ ~

Nuliniam vektoriui

0 (skaliarui)

-a

1 (skaliarui)

} // question: 466958 name: Vektoriaus su juo pačiu vektorinė sandauga ::Vektoriaus su juo pačiu vektorinė sandauga::[html]

Kam lygi vektoriaus vektorinė sandauga su juo pačiu? T.y., jei a ir b yra vektoriai, o [a x b] žymi vektorinę sandaugą, kam lygu [a x a]?

{ =

Nuliniam vektoriui

0 (skaliarui)

-a

1 (skaliarui)

} // question: 466955 name: Vektorinės sandaugos elgesys atspindėjus veidrodyje ::Vektorinės sandaugos elgesys atspindėjus veidrodyje::[html]

Kaip pasikeičia vektorinė sandauga po veidrodinio atspindžio operatoriaus pritaikymo (x,y,-z, atspindys veidrodžio plokštumoje x-y)?

{ =

Vektorinė sandauga pakeičia ženklą

Vektorinė sandauga nepasikeičia

Vektorinė sandauga tampa 0 (nuliniu vektoriumi)

Vektorinė sandauga padvigubėja

Vektorinės sandaugos modulis sumažėja perpus

} // question: 466957 name: Vektorinės sandaugos elgesys pasukus sistemą ::Vektorinės sandaugos elgesys pasukus sistemą::[html]

Kaip pasikeičia vektorinė sandauga po posūkio operatoriaus pritaikymo (-x,-y,z, 180 laipsnių posūkis aplink z ašį)?

{ ~

Vektorinė sandauga pakeičia ženklą

Vektorinė sandauga nepasikeičia

Vektorinė sandauga tampa 0 (nuliniu vektoriumi)

Vektorinė sandauga padvigubėja

Vektorinės sandaugos modulis sumažėja perpus

} // question: 466967 name: Vektorinės sandaugos modulis ::Vektorinės sandaugos modulis::[html]

Tebūnie a ir b – du vektoriai trimatėje erdvėje, a ir b – šių vektorių ilgiai, |a| – skaičiaus a modulis, [a x b] – vektorių vektorinė sandauga, (a · b) – vektorių skaliarinė sandauga, a * b – dviejų skaičių sandauga (kaip C programavimo kalboje).

Vektorinės sandaugos modulį |[a x b]| galime suskaičiuoti pagal formulę\:

{ =

|[a x b]| \= a * b * sin(γ)

|[a x b]| \= a * b * cos(γ)

|[a x b]| \= a * b

|[a x b]| \= (a · b) / (a * b)

} // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-tarpinis-kontrolinis $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-tarpinis-kontrolinis // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-tarpinis-kontrolinis/05-tarpinis-kontrolinis-kampas-tarp-plokštumų $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-tarpinis-kontrolinis/05-tarpinis-kontrolinis-kampas-tarp-plokštumų // question: 466996 name: Kampas tarp plokštumų ::Kampas tarp plokštumų::[html]

Kampą tarp dviejų plokštumų galime suskaičiuoti kaip\:

{ =

Kampą tarp tų plokštumų normalių (t.y. statmenų vektorių)

Kampą tarp bet kurių tose plokštumose gulinčių vektorių

Kampą tarp plokštumos normalų sumos ir vektoriaus, gulinčio susikirtimo tiesėje

} // question: 466997 name: Kampas tarp plokštumų (II) ::Kampas tarp plokštumų (II)::[html]

Kampą tarp dviejų plokštumų galime suskaičiuoti kaip\:

{ =

Kampą tarp tose plokštumose gulinčių vektorių, statmenų susikirtimo tiesei

Kampą tarp bet kurių tose plokštumose gulinčių vektorių

Kampą tarp plokštumos normalų sumos ir vektoriaus, gulinčio susikirtimo tiesėje

} // question: 467003 name: Vienareikšmiškas dvisienio kampo apibrėžimas ::Vienareikšmiškas dvisienio kampo apibrėžimas::[html]

Kokius susitarimus turime nurodyti, kad vienareikšmiškai apibrėžti dvisienio kampo reikšmę?

{ ~%33.33333%

Plokštumas per atomus, tarp kurių skaičiuosime dvisienį kampą

~%33.33333%

Atomų (plokštumų) tarpusavio padėtį, atitinkančią kampo reikšmę 0

~%33.33333%

Kryptį, kuria sukant, kampo pokytį laikome teigiamu

~%-33.33333%

Atomų, apibrėžiančių dvisienį kampą, valentingumus

~%-33.33333%

Atomų, apibrėžiančių dvisienį kampą, van der Valso spindulius

~%-33.33333%Atomų, apibrėžiančių dvisienį kampą, kovalentinius spindulius

} // question: 467006 name: Vienareikšmiškas dvisienio kampo apibrėžimas (II) ::Vienareikšmiškas dvisienio kampo apibrėžimas (II)::[html]

Kokius susitarimus turime nurodyti, kad vienareikšmiškai apibrėžti dvisienio kampo reikšmę?

{ ~%33.33333%

Plokštumas per atomus, tarp kurių skaičiuosime dvisienį kampą

~%33.33333%

Atomų (plokštumų) tarpusavio padėtį, atitinkančią kampo reikšmę 0

~%33.33333%

Kryptį, kuria sukant, kampo pokytį laikome teigiamu

~%-50%

Jungčių ilgius tarp atomų, apibrėžiančių dvisienį kampą

~%-50%

Vektorių, jungiančių atomus, ilgius

} // question: 466999 name: Kiek atomų apibrėžia dvisienį kampą? ::Kiek atomų apibrėžia dvisienį kampą?::[html]

Kiek atomų turime nurodyti, kad apibrėžti dvisienį kampą tarp plokštumų, einančių per tų atomų chemines jungtis?

{# =%100%4:0# } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-tarpinis-kontrolinis/05-tarpinis-kontrolinis-parametrų-skaičius $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-tarpinis-kontrolinis/05-tarpinis-kontrolinis-parametrų-skaičius // question: 467036 name: Arg šoninės grandinės konformacijos parametrų skaičius (kopija) (kopija) ::Arg šoninės grandinės konformacijos parametrų skaičius (kopija) (kopija)::[html]

Kiek nepriklausomų parametrų reikia, norint aprašyti arginino (Arg) šoninės grandinės konformaciją, jei į modelį neįtraukiamos vandenilio atomų padėtys? Nepamirškite, kad guanidino grupė šoninės grandinės gale visada plokščia!

{# =%100%4:0# } // question: 467032 name: Ile šoninės grandinės konformacijos parametrų skaičius (kopija) ::Ile šoninės grandinės konformacijos parametrų skaičius (kopija)::[html]

Kiek nepriklausomų parametrų reikia, norint aprašyti izoleucino (Ile) šoninės grandinės konformaciją, jei į modelį neįtraukiamos vandenilio atomų padėtys?

{# =%100%2:0# } // question: 467022 name: Peptidinės jungties aprašymo parametrų skaičius ::Peptidinės jungties aprašymo parametrų skaičius::[html]

Kiek nepriklausomų parametrų reikia, norint aprašyti cis-peptidinės jungties konformaciją, laikant, kad peptidinė jungtis visada plokščia?

{# =%100%2:0# } // question: 467028 name: Val šoninės grandinės konformacijos parametrų skaičius ::Val šoninės grandinės konformacijos parametrų skaičius::[html]

Kiek nepriklausomų parametrų reikia, norint aprašyti Val amino rūgšties (H2N-CH(-CH(CH3))-COOH) šoninės grandinės konformaciją, jei į modelį neįtraukiamos vandenilio atomų padėtys?

{# =%100%1:0# } // question: 0 name: Switch category to $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-tarpinis-kontrolinis/05-tarpinis-kontrolinis-suskaičiuoti-sistemos-parametrų-skaičių $CATEGORY: $course$/top/Default for Bioinformatika III/05-penkta-paskaita-Baltymo grand. geo/05-tarpinis-kontrolinis/05-tarpinis-kontrolinis-suskaičiuoti-sistemos-parametrų-skaičių // question: 467072 name: Suskaičiuoti nepriklausomų parametrų skaičių // question: 467089 name: Suskaičiuoti nepriklausomų parametrų skaičių (2D) // question: 467091 name: Suskaičiuoti nepriklausomų parametrų skaičių (2D, masės centro sistemoje, ignoruojant orientaciją) (kopija) // question: 467087 name: Suskaičiuoti nepriklausomų parametrų skaičių (masės centro sistemoje, ignoruojant orientaciją)