Kuri formulė teisingai suskaičiuos kristalo elementarios gardelės tūrį V, kai kristalo ašys a, b ir c susikerta nestačiais kampais (G -- gardelės metrinis tenzorius)?Pastaba: sqrt() žymi kvadratinės šaknies traukimą, det G -- matricos G determinantą, |t| -- dydžio t absoliučią reikšmę (modulį).
A) V = sqrt(|det G|)
B) V = a * b * c
C) V = a * b * c * sin(gamma)
D) V = a * b * c * |det(G)|
E) V = |det(G)|
ANSWER: E
Kuri formulė teisingai suskaičiuos kristalo elementarios gardelės tūrį V, kai kristalo ašys a, b ir c susikerta nestačiais kampais (G -- gardelės metrinis tenzorius)?Pastaba: sqrt() žymi kvadratinės šaknies traukimą, det G -- matricos G determinantą, |t| -- dydžio t absoliučią reikšmę (modulį).
A) V = sqrt(|det G|)
B) V = a * b * c
C) V = a * b * c * sin(gamma)
D) V = a * b * c * |det(G)|
E) V = |det(G)|
ANSWER: A
Ar visada galime vektorinėje erdvėje, kurioje duota nestačiakampė (afininė) bazė, pasirinkti ortogonalią bazę?
A) Visada
B) Tik tada, kai koordinačių sistema dešinioji
C) Tik tada, kai koordinačių sistema dešinioji
D) Tik data, kai duoti baziniai vektoriai yra tiesiškai priklausomi
E) Niekada
ANSWER: A
Kaip keičiasi skaliarinė sandauga, pereinant į kitą koordinačių sistemą?
A) Nesikeičia
B) Dauginama iš metrino tenzoriaus determinanto
C) Keičia ženklą, jei sistema keičia ranką
D) Virsta 0, jei naujos sistemos baziniai vektoriai tiesiškai nepriklausomi
ANSWER: A
Turime heksagoninį kristalą (kampas tarp kristalo ašių a ir c -- 120 laipsnių). Ar matrica, pervedanti tokio kristalo atomų trupmenines koordinates į Dekarto koordinates gali būti ortogonali?
A) Ne, niekada
B) Taip, visada bus ortogonali
C) Gali, jei visi kristalo gardelės vektorių a, b ir c ilgiai yra 1 Å
D) Gali, jei kiti du elementaruas narvelio kampai bus statūs
E) Gali, jei kristalas neturi statmenų antro laipsnio simetrijos ašių
ANSWER: A
Kaip susijusios glicino (Gly) ir jo veidrodyje atspindėto molekulės varianto Ramačandrano diagramos leistini rajonai?
A) Jie yra identiški, nes glicino molekulė sutampa su savo veidrodiniu atspindžiu
B) Veidrodyje atspindėtos molekulės leistinų konformacijų rajonas yra didesnis
C) Veidrodyje atspindėtos molekulės leistinų konformacijų rajonas yra mažesnis
ANSWER: A
Kaip susietos L- ir D- fenilalanino (Phe) Ramačandrano diagramos leistini regionai?
A) Inversijos centru Ramačandrano diagramos plokštumoje
B) Simetrijos plokštuma, statmena Ramačandrano diagramos plokštumai
C) Leistini regionai yra identiški
D) D- amino rūgštis turi nedidelius papildomus leistinus rajonus, šalia visų L- izomero leistinų rajonų
ANSWER: A
Tegul dviejų atomų sveika aprašoma Lenardo-Džonso potencialu (Lennard-Jones potential):U(r) = 4 * eps * ( (sigma / r)**12 - (sigma / r)**6 )čia eps ir sigma yra sąveiką aprašančios konstantos, r -- atstumas tarp atomų. Formulėse naudojami Fortran'o/Perl'o susitarimai (** yra kėlimo laipsniu operatorius, * daugybos operatorius).Kuri formulė teisingai aprašo pusiausvyrinį atstumą tarp šių atomų (t.y. atstumą, kuriuo esant atomų sąveikos energija yra minimali)?
A) r = sigma * (2 ** 1/6)
B) r = sigma * (2 ** -6)
C) r = sigma / (2 ** 1/6)
D) r = sigma / (2 ** -6)
E) r = 4 * eps * sigma * (2 ** 1/6)
ANSWER: A
Piešinuke pavaizduota baltymo grandinės dalis (Rasmol, sticks modelis). Nustatykite, kokia antrinė struktūra pavaizduota piešinuke.[struktura]
A) Alfa spiralė
B) Lygiagretus beta lakštas
C) Antilygiagretus beta lakštas
ANSWER: B
Kuri amino rūgštis yra optiškai neaktyvi?
A) Glicinas
B) Asparaginas
C) Lizinas
D) Cisteinas
E) Glicinas ir cisteinas
F) Visos
G) Tokių nėra
H) Aromatinės
ANSWER: A
Kokiuose kristaluose galima įvesti ortonormuotą (Dekarto) koordinačių sistemą?
A) Visuose
B) Jokiuose
C) Tik tokiuose, kuriuose vektorius a statmenas vektoriui b, vektorius b statmenas vektoriui c ir vektorius c statmenas vektoriui a
D) Apibrėžti neįmanoma
ANSWER: A
Kuris apibūdinimas tiksliausiai apibrėžia pH?
A) Neigiamas vandenilio jonų koncentracijos tirpale logaritmas
B) Vandens jonų koncentracija
C) Vandenilio jonų koncentracija
D) Azoto jonų koncentracija
E) Nei vienas apibūdinimas netinkamas pH terminui
ANSWER: A
Ieškome funkcijos F(x,y) ekstremumo su apribojimu g(x,y) = 0. Kokią būtiną sąlygą ekstremumo su apribojimu taške tenkina funkcijų F ir g gradientai?Žymėjimai: x,y, -- nepriklausomi kintamieji, a -- realus skaičius; grad F yra funkcijos F gradientas, grad F = [ ∂F/∂x, ∂F/∂y ], čia ∂F/dx pažymėta daline F išvestinė pagal x ir pan.; r * p yra vektorių r ir p skaliarinė sandauga; a * r yra skaičiaus a ir vektoriaus r sandauga. Visos reikiamos išvestinės laikomos ezistuojančiomis ir tolydžiomis, visos funkcijos -- diferencijuojamomis.
A) grad F(x,y) = a * grad g(x,y)
B) grad F(x,y) * grad g(x,y) = 0
C) F(x,y) = a * g(x,y)
D) grad F(x,y) = grad g(a * x,y)
E) grad F(x,y) = grad g(x,y)
ANSWER: A
Kokią funkciją minimizuojame be apribojimų, norėdami surasti funkcijos F(x,y) minimumą su apribojimu g(x,y) = 0?Žymėjimai: x,y, -- nepriklausomi kintamieji, l -- nežinomas realus koeficientas; grad F yra funkcijos F gradientas, grad F = [ ∂F/∂x, ∂F/∂y], čia ∂F/dx pažymėta daline F išvestinė pagal x ir pan. Visos reikiamos išvestinės laikomos ezistuojančiomis ir tolydžiomis, visos funkcijos -- diferencijuojamomis. r * p žymi dviejų vektorių r ir p skaliarinę sandaugą; l * r žymi realaus skaičiaus l ir vektoriaus r sandaugą.
A) F(x,y) + l * g(x,y)
B) F(x,y) * l * g(x,y)
C) l * F(x,y) / g(x,y)
D) F(x,y) + g(l * x,y)
E) grad F(x,y) * (l * grad g(x,y))
ANSWER: A
Kuris Perl'o kalbos operatorius (sakinys) teisingai grąžins PDB failo ATOM įrašo koordinatę X?
A) $x = substr($_, 30, 8);
B) $x = ${[split(" ", $_)]}[6];
C) $x =~ m/[-+]?[0-9]+\.[0-9]+/;
D) $x = $_[6];
E) $x = $_->[6]
ANSWER: A
Turime du vienodus difrakcijos vaizdus, anomalaus skaidymo nebuvo, bet mes žinome, kad mūsų struktūros yra skirtingos. Kaip tai galima paaiškinti bendruoju atveju?
A) Tai atspindėtos struktūros ir dėl to jų difrakcijos vaizdai gali sutapti.
B) Taip būti negali - įvyko klaida
C) Tai glicino struktūra - jis optiškai neaktyvus, dėl to taip ir gavome
D) Toks rezultatas yra "normalus/standartinis" - panašių struktūrų difrakcijos vaizdai būna identiški.
ANSWER: A
D-ribozė L-ribozės atžvilgiu yra:
A) Enantiomeras
B) Diastereomeras
C) Pentatiomeras
D) Apibrėžti neįmanoma
E) Enantiomeras ir diastereomeras
ANSWER: A
Kaip vadinama būsena, kai baltymo paviršiuje teigiamų ir neigiamų krūvių skaičius sutampa?
A) Izoelektrinis taškas
B) Endoterinis taškas
C) Pusiausvyros taškas
D) Lenardo Džonso taškas (potencialo minimumas)
ANSWER: A
Kurioje padėtyje (arba prie kurio anglies atomo) gamtinėse, baltymus sudarančiose amino rūgštyse būna prisijungusi amino grupė?
A) alfa
B) beta
C) epsilon
D) Jokio skirtumo - svarbu, kad kur nors bus amino grupė
ANSWER: A
Koks bus tirpalo pH, kai vandenilio jonų koncentracija [H+] = 1x10-5 mol/l ?
A) Neutralus
B) Šarminis
C) Rūgštinis
ANSWER: C
Baltymas, kurio ID yra 1knw, yra:
A) L izomeras
B) D izomeras
C) Neįmanoma nustatyti
ANSWER: A
Gamtoje egzistuoja tiek monomerinės, tiek polimerinės medžiagos. Polimerinės gali būti sudarytos iš daugelio vienodų dalelių (pvz. polistirenas yra sudarytas iš daug stireno molekulių). Kaip vadinamas pramonėje naudojamas procesas, kurio metu gaunami minėto tipo homopolimerai?
A) Polimerizacija
B) Polisterilizacija
C) Homomerizacija
D) Heteropolimerizacija
ANSWER: A
Kuris, L ar D, baltymo izomeras gamtoje sutinkamas dažniau?
A) L
B) D
C) Abu sutinkami daugiau mažiau vienodai
ANSWER: A
Norite surasti kokį nors baltymą, kuriame būtų gausu lygiagrečių beta lakštų. Kurioje SCOP klasėje ieškotumėte tokio baltymo pavyzdžių?
A) Alfa
B) Beta
C) Alfa štrich beta (a/b)
D) Alfa plius beta (a+b)
ANSWER: C
Keliais būdais gali susidaryti S-S tilteliai tarp 8 Cys liekanų?
A) 105
B) 5040
C) 1680
D) 40320
E) 2520
F) 180
ANSWER: A
Keliais būdais gali susidaryti S-S tilteliai tarp 8 Cys liekanų?
A) 105
B) 100
C) 63
D) 40320
E) 384
ANSWER: A
Kokiais vienetais nurodomi kampai CIF failuose, pvz. _cell_angle_alpha duomenų vardui?
A) Laipsniais (apskritimo 360-tosiomis dalimis), minutėmis, sekundėmis
B) Laipsniais Celsijaus
C) Laipsniais (apskritimo 360-tosiomis dalimis) ir jų dešimtainėmis dalimis (dešimtosiomis, šimtosiomis ir t.t)
D) Gradais (stataus kampo šimtosiomis dalimis)
E) Tūkstantadaliais (6000-tosiomis apskritimo dalimis)
F) Radianais
G) Miliradianais
ANSWER: C
CIF žymių reikšmės (tag'ai) gali būti rašomi viengubose kabutėse. Kaip bus interpretuojama žymė su reikšme:_tag1 'd'Alamber's zodzio interpretavimas'
A) Kabutės žodžio viduryje neturi įtakos interpretacijai
B) Bus interpretuojama kaip dvi atskiros reikšmės: '1d' ir 's zodzio interpretavimas'
C) Nebus interpretuojama - taip rašyti negalima
D) Jeigu tokia konstrukcija bus pateikta cikle, tai kiekvienai žymei bus priskirta nauja reikšmė. Ne cikle tokia konstrukcija negalima.
ANSWER: A
CIF duomenų vardų semantikai aprašyti ir duomenų failams automatiškai tikrinti naudojami:
A) XML formato žodynai
B) PDB formato žodynai
C) CIF formato žodynai
D) HTML formato žodynai
ANSWER: C
CIF duomenų vardų semantikai aprašyti naudojami:
A) Tik žodynai (.dic)
B) Žodynai ir žodynų apibrėžimo failai (.dic, .ddl)
C) Žodynai, žodynų apibrėžimo failai ir žodynų apibrėžimo kalbos aprašymo failai (.dic, .ddl, .def)
ANSWER: B
Cis ar trans padėtyje c alfa atomai yra "priešingose" pusėse?
A) Trans
B) Cis
C) Priklauso nuo baltymo
D) Šie du terminai nėra taikomi kalbant apie baltymus
ANSWER: A
Kuris iš šių paprastų apibrėžimų tiksliausiai apibrėžia pH?
A) Vandenilio jonų koncentracija
B) Elektronų koncentracija
C) Neutronų koncentracija
D) amido grupės kiekis tirpale
ANSWER: A
Kas yra pH?
A) Vandenilio jonų koncentracijos neigiamas logaritmas
B) Hidroksilo jonų koncentracijos neigiamas logaritmas
C) Amonio jonų koncentracijos neigiamas logaritmas
D) Disociavusių amino grupių koncentracijos neigiamas logaritmas
E) Bendra ištirpusių druskų koncentracija
ANSWER: A
Tirpalo pH reikšmė yra 2.17. Kokiomis savybėmis pasižymi tirpalas?
A) Tirpalas yra rūgštinis
B) Tirpalas yra šarminis
C) Tirpalas yra neutralus
D) Lakmuso popierėlis tirpale bus žalsvai mėlynas
ANSWER: A
Tirpalo pH reikšmė yra 11.3. Kokios savybės tiksliausia apibūdina šį tirpalą?
A) Tirpalas yra šarminis.
B) Tirpalas yra raudonos spalvos.
C) Tirpalas yra rūgštinis.
D) Tirpalas yra neutralus.
E) Tirpalas yra neutralus
ANSWER: A
Kiek baltymo grandinių gali būti asimetriniame vienete?
A) Viena ar daugiau
B) Visada tik viena
C) Visada daugiau negu viena
D) Tik dvi
E) Ne daugiau negu 2
ANSWER: A
Turime biologinį multimerą. Kuris iš santykių neteisingai apibrėžia multimero ir asimetrinio santykio sutapimą?
A) 0
B) 1
C) 1/2
D) 2
E) 1 1/2
ANSWER: A
Kokia konformacija nurodyta piešinuke?[DNA]
A) 2' endo 3' egzo
B) 2' endo 3'endo
C) 3' endo 2' egzo
D) 4' trans
ANSWER: A
Hoogsteen bazių pora yra:
A) Bazių dupleksas
B) Bazių tripleksas
C) Bazių tetrapleksas
D) Bazės ir baltymo kompleksas
ANSWER: B
Kokia savybe pasižymi aminai?
A) Gali prisijungti protoną
B) Gali prisijungti elektroną
C) Turi rezonansinę struktūrą
D) Sudaro S-S tiltelius
E) Tinka visi ankstesni atsakymai
ANSWER: A
Kiek jungčių turi viena baltymo vidyryje a.r., apie kurias gali laisvai suktis polipetidinė baltymo grandinė?
A) Tris
B) Dvi
C) Vieną
D) Jokių posūkių negali būti
ANSWER: B
Optiniai izomerai, kurie nėra vienas kito veidrodiniai atspindžiai, vadinami:
A) diastereomerai
B) endotereomerai
C) tristereomerai
D) pentastereomerai
E) Ribozės
ANSWER: A
Keliais kampais galima apibrėžti DNR skeleto konformaciją?
A) Septyniais
B) Dviem
C) Trim
D) Priklauso nuo to, kokios sudėties DNR (A:G santykio)
ANSWER: A
Kaip keičiasi skaliarinė sandauga, pereinant į kitą koordinačių sistemą?
A) Nesikeičia
B) Dauginama iš metrino tenzoriaus determinanto
C) Keičia ženklą, jei sistema keičia ranką
D) Virsta 0, jei naujos sistemos baziniai vektoriai tiesiškai nepriklausomi
ANSWER: A
Tegul raidės a, b žymi vektorius, žvaigždutė "*" -- vektorinės sandaugos operaciją, o raidė t -- skaliarą (realų skaičių).Kokia savybė nebūdinga vektorinei sandaugai?
A) komutatyvumas (a*b = b*a)
B) Distributyvumas ( (a+b)*c = a*c + b*c)
C) Asociatyvumas (a*bt = (a*b)t)
ANSWER: A
Kokia simbolių koduote užrašomi CIF (ver. 1.1) formato failai?
A) UTF-8
B) Windows-1257
C) ASCII
D) EBCDIC
E) iso-8859-13
F) iso-8859-1
ANSWER: C
Kaip nustatoma, kokią reikšmę (prasmę, semantiką) turi skaitinės reikšmės CIF failuose?
A) Pagal lauko poziciją eilutėje
B) Pagal raktinį žodį eilutės pradžioje ir poziciją eilutėję
C) Pagal stulpelį, kuriame prasideda reikšmė
D) Pagal reikšmės matavimo vienetus
E) Pagal raktinį žodį, žymintį reikšmę (arba prieš pat reikšmę, arba loop_ lentelės antraštėje)
ANSWER: E
Kokios baltymuose dažnai sutinkamos antrinės struktūros vandeniliniai ryšiai pavaizduoti šioje cheminėje formulėje?[vandeniliniai ryšiai]
A) Lygiagretaus beta-lakšto
B) Antilygiagretaus beta-lakšto
C) Alfa-spiralės
D) 310 spiralės
E) Beta-posūkio
ANSWER: D
Kokios baltymuose dažnai sutinkamos antrinės struktūros vandeniliniai ryšiai pavaizduoti šioje cheminėje formulėje?[vandeniliniai ryšiai]
A) Lygiagretaus beta-lakšto
B) Antilygiagretaus beta-lakšto
C) Alfa-spiralės
D) 310 spiralės
E) Beta-posūkio
ANSWER: A
Kairiojo ar dešiniojo sukimo yra įprasta, gamtiniuose baltymuose dažniausiai sutinkama alfa spiralė?
A) Dešiniojo
B) Kairiojo
C) Gali būti susisukus į abi puses
D) Spiralė keičia kryptis priklausomai nuo aplinkos sąlygų
ANSWER: A
Kokios baltymuose dažnai sutinkamos antrinės struktūros vandeniliniai ryšiai pavaizduoti šioje cheminėje formulėje?[vandenilinės jungtys]
A) Lygiagretaus beta-lakšto
B) Antilygiagretaus beta-lakšto
C) Alfa-spiralės
D) 310 spiralės
E) Beta-posūkio
ANSWER: C
Kokios baltymuose dažnai sutinkamos antrinės struktūros vandeniliniai ryšiai pavaizduoti šioje cheminėje formulėje?[vandeniliniai ryšiai]
A) Lygiagretaus beta-lakšto
B) Antilygiagretaus beta-lakšto
C) Alfa-spiralės
D) 310 spiralės
E) Beta-posūkio
ANSWER: B
Kokie yra baltymų struktūros lygiai? Išdėliokite eilės tvarka, pradėkite, nuo"žemiausio".1. Baltymo molekulių susijungimas į stambesnius kompleksus2. Baltymo globulė, domenai3. Amino rūgščių seka4. Alfa-spiralės, beta-klostės, beta lakštai, kilpos ir posūkiai
A) 3, 4, 2, 1
B) 1, 2, 3, 4
C) 1, 2, 4, 3
D) 1, 3, 2, 4
E) 1, 3, 4, 2
F) 3, 4, 1, 2
G) 3, 2, 1, 4
H) 4, 3, 2, 1
ANSWER: A
Ar įmanoma struktūra, sudaryta iš beta lakštų, sudarančių spiralę?
A) Įmanoma
B) Neįmanoma
ANSWER: A
Baltymų viena iš funkcijų yra katalitinė. Ar gali gali šią funkciją atlikti kas nors kitas?
A) Taip, gali
B) Ne, negali
ANSWER: A
Formaliai žiūrint, keliaguba yra vandenilinė jungtis?
A) Vienguba
B) Dviguba
C) Triguba
D) Keturguba
E) Priklauso nuo aplinkos
ANSWER: A
Kur ieškotumėte natūralių L izoformos baltymų?
A) Bet kur - tai natūrali/įprasta baltymo izoforma
B) Antibiotikuose
C) Naguose, plaukuose ir panašiose struktūrose
D) Natūralių šios izoformos baltymų nėra
ANSWER: A
Kur ieškotumėte natūralių (gamtinių) D amino rūgščių izomerų?
A) Antibiotikuose
B) Tokių neįmanoma rasti
C) Bet kur - tai įprasta izoforma
D) Tik naguose/plaukuose ir pan. struktūras sudarančiuose baltymuose
ANSWER: A
Kuri amino rūgštis yra optiškai neaktyvi?
A) Glicinas
B) Leucinas
C) Izoleucinas
D) Valinas
E) Treoninas
F) Visos yra optiškai neaktyvios
G) Visos yra optiškai aktyvios
H) Tirozinas
I) Serinas
J) Glicerolis
K) Glebinas
ANSWER: A
Kaip "atrodo" peptidinis ryšys? (kuriame paveiksliuke jis pavaizduotas?)A. [Pirmas paveiksliukas]B. [Antras paveiksliukas]C. [Trecias paveiksliukas]D. [Ketvirtas paveiksliukas]
A) A
B) B
C) C
D) D
ANSWER: A
Daugelio kintamųjų funkcija duotame taške gali turėti ekstremumą, jeigu:
A) jos gradientas tame taške lygus nuliui
B) jos gradientas tame taške teigiamas
C) jos gradientas tame taške neigiamas
D) jos Heso matrica tame taške lygi nuliui
E) jos Heso matrica tame taške turi lygias nuliui tikrines vertes
ANSWER: A
Ieškome funkcijos E(x,y) minimumo su apribojimu f(x,y) = 0. Kokiame taške gali būti šis apribotas minimumas (t.y. kokia yra būtina apriboto minimumo sąlyga)?
A) G(x,y,l) = E(x,y) + l*f(x,y) stacionariame taške
B) taške, kur grad(E(x,y)) = 0
C) taške, kur grad(f(x,y)) = 0
D) G(x,y,l) = E(x,y) * l*f(x,y) stacionariame taške
E) G(x,y,l) = E(x,y) / (l*f(x,y)) stacionariame taške
ANSWER: A
Kokia cukraus žiedo konformacija pavaizduota paveiksliuke?[cukraus konformacija]
A) 3' endo
B) 3' egzo
C) 2'endo-3egzo
D) 3'egzo-2'endo
E) 2 egzo
ANSWER: D
Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške yra teigiama, funkcija turės:
A) Minimumą
B) Maksimumą
C) Balno tašką
ANSWER: A
Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške yra neigiama, funkcija turės:
A) Maksimumą
B) Minimumą
C) Balno tašką
ANSWER: A
Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške turi tiek teigiamas, tiek neigiamas nuosavas (tikrines) vertes, funkcija turės:
A) Balno tašką
B) Minimumą
C) Maksimumą
ANSWER: A
Jei Heso matrica stacionariame du kartus tolydžiai diferencijuojamos funkcijos taške turi lygią nuliui nuosavą (tikrinę) vertę, o kitos tikrinės vertės teigiamos:
A) Funkcijos savybes apsprendžia aukštesnės eilės išvestinės
B) Funkcija turės minimumą
C) Funkcija turės balno tašką
ANSWER: A
Tegul a, b ir c yra kristalo gardelės ašys, o C -- vektorius, statmentas a ir b ašims: C = [ a * b ] (simbolis "*" žymi vektorinę sandaugą); atitinkamai A = [ b * c ]. ir B = [ c * A ]Kuris ortogonalizacijos susitarimas priimtas PDB failuose kaip numatytasis (t.y. pagal nutylėjimą)? Kitaip tariant, kuriems išvardintiems vektoriams lygiagretūs šios ortonormuotos bazės vektoriai?
A) a, [C * a], C
B) b, [A * b], A
C) c, [B * c], B
D) a+b, [C * (a+b)], C
E) A, [c * A], C
F) a, B, [a * B]
G) A, b, [A * b]
ANSWER: A
Kuriame įraše PDB faile yra pateikiama matrica, leidžianti ortogonalias PDB failo atomų koordinates paversti į frakcines (trupmenines)?
A) SCALEn (n=1,2,3)
B) ORIGXn (n=1,2,3)
C) MTRIXn (n=1,2,3)
D) CRYST1
E) REMARK
ANSWER: A
Ar galima Kabšo algoritmu sutapatinti dvi molekules, kurios yra viena kitos veidrodinis atspindys (t.y. skirtingų enantiomerų molekules)?
A) Galima, gausime matricą su atspinžio elementu (det(U) = -1)
B) Galima, gausime geriausą gryno posūkio matricą (det(U) = +1)
C) Negalima
D) Galima, bet tik tada, kai visi atomai proklauso vienai plokštumai
ANSWER: A
Ar galima Kabšo algoritmą pritaikyti taškų aibėms, kai visi taškai jose guli vienoje plokštumoje?
A) Galima, įvedus papildomą plokštumai statmeną vektorių
B) Galima be jokių papildomų pakeitimų
C) Negalima iš principo
ANSWER: A
Kuris atsakymas tiksliausiai apibrėžia vandenilinę jungtį?
A) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir elektroneigiamo atomo.
B) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tik tarp deguonies ir vandenilio atomų.
C) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir bet kokio kito atomo.
D) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandens molekulės ir bet kurio kito elektroteigiamo atomo.
E) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir kokio nors kito elektroteigiamo atomo.
ANSWER: A
Van der Valso sąveika tarp dviejų molekulių ar jos dalių apima:
A) Stūmos jėgas
B) Traukos jėgas
C) Stūmos ir traukos jėgas
ANSWER: C
Kuris atsakymas tiksliausiai apibrėžia vandenilinę jungtį?
A) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir elektroneigiamo atomo.
B) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tik tarp deguonies ir vandenilio atomų.
C) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir bet kokio kito atomo.
D) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandens molekulės ir bet kurio kito elektroteigiamo atomo.
E) Vandenilinė jungtis - tai jungtis tarp vandenilio ir kokio nors kito elektroteigiamo atomo.
ANSWER: A
Van der Valso sąveika tarp dviejų molekulių ar jos dalių apima:
A) Stūmos jėgas
B) Traukos jėgas
C) Stūmos ir traukos jėgas
ANSWER: C
Kiek optinių izomerų turės penkianaris žiedinis cukrus su aldehido grupe? Pvz.:[Ribozė]
A) 1
B) 2
C) 32
D) 4
E) 5
F) 6
G) 8
H) 16
ANSWER: H
Kiek optinių izomerų turės šešianaris žiedinis cukrus su aldehido grupe? Pvz.:[Glucose]
A) 1
B) 2
C) 32
D) 4
E) 5
F) 6
G) 8
H) 16
ANSWER: C
Kiek optinių izomerų turės šešianarė tiesinė cukraus su aldehido grupe molekulė (aldoheksozė)? Pvz.:[Galactose]
A) 1
B) 2
C) 32
D) 4
E) 5
F) 6
G) 8
H) 16
ANSWER: H
Kiek optinių izomerų turės penkianarė tiesinė cukraus su aldehido grupe molekulė (aldopentozė)? Pvz.:[Arabinozė]
A) 1
B) 2
C) 32
D) 4
E) 5
F) 6
G) 8
H) 16
ANSWER: G
Kiek optinių izomerų turės šešianarė tiesinė cukraus su keto-grupe molekulė (ketoheksozė)? Pvz.:[Fruktozė]
A) 1
B) 2
C) 32
D) 4
E) 5
F) 6
G) 8
H) 16
ANSWER: G
Kiek optinių izomerų turės penkianarė tiesinė cukraus su ketono grupe molekulė (ketopentozė)? Pvz.:[Ribuliozė]
A) 1
B) 2
C) 32
D) 4
E) 5
F) 6
G) 8
H) 16
ANSWER: D
Kiek optinių izomerų turės vyno rūgštis HOOC-CH(OH)-CH(OH)-COOH?[HOOC-CH(OH)-CH(OH)-COOH]
A) 1
B) 2
C) 3
D) 4
E) 5
F) 6
G) 8
H) 16
ANSWER: C
Kokios matricos ieškome Kabšo algoritmu?
A) Ortogonalios
B) Simetrinės
C) Išsigimusios
D) Su determinantu, lygiu 0
ANSWER: A
Kokias savybes turi ortogonali matrica?
A) Jos atvirkšinė lygi transponuotai
B) Ji lygi savo transponuotai
C) Turi bent vieną stupelį su visais elementais, lygiais 0
D) Turi determinantą, lygų 0
ANSWER: A
Kokias savybes turi ortogonali matrica?
A) Padauginta iš vektoriaus ortogonaliose koordinatėse, nekeičia jo ilgio
B) Aprašo tik posūkius Euklidinėje erdvėje
C) Aprašo tik atspindžius Euklidinėje erdvėje
D) Visada turi realias tikrines (nuosavas) vertes
ANSWER: A
Kuris apibūdinimas tiksliausia apibrėžia dviejų vektorių skaliarinę sandaugą?
A) Dviejų vektorių skaliarinė sandauga yra lygi šių vektorių modulių sandaugai, padaugintai iš kosinuso kampo tarp šių vektorių.
B) Skaliarinė sandauga yra vektorius, lygus tų vektorių ilgių sandaugai, padaugintai iš kampo tarp vektorių sinuso ir vienetino vektoriaus, stataus abiem.
C) Skaliarinė vektorių skaliarinė sandauga yra lygi šių vektorių ilgių modulių sandaugai.
D) Skaliarinė sandauga yra lygi dviejų vektorių vektorinei sandaugai, padalintai iš vektorių ilgių kvadratų sumos.
ANSWER: A
Tegul raidės a, b žymi vektorius, žvaigždutė "*" -- vektorinės sandaugos operaciją, o raidė t -- skaliarą (realų skaičių).Kokia savybė nebūdinga vektorinei sandaugai?
A) komutatyvumas (a*b = b*a)
B) Distributyvumas ( (a+b)*c = a*c + b*c)
C) Asociatyvumas (a*bt = (a*b)t)
ANSWER: A
Turime molekulę, kurią norime pasukti neiškraipydami atstumų tarp molekulės komponentų tam tikru kampu. Kuris operatorius tinkamas tokiam darbui atlikti?1. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)1 0 00 -1 00 0 -12. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)0 0.5 00 0 00 0 03. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)1 0 10 0 00 0 14. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)0 0 015 0 00 0 1
A) 1
B) 2
C) 3
D) 4
E) 1 ir 4
F) 1 ir 2
ANSWER: A
Turime molekulę, kurią norime pasukti neiškraipydami atstumų tarp molekulės komponentų tam tikru kampu. Kuris operatorius tinkamas tokiam darbui atlikti?1. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)-1 0 00 1 00 0 -12. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)0 0.5 00 0 00 0 03. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)1 0 10 0 00 0 14. (atsakymą interpretuokite kaip matricą)0 0 015 0 00 0 1
A) 1
B) 2
C) 3
D) 4
E) 1 ir 4
F) 1 ir 2
ANSWER: A
Toliau pateikti trys trumpi aprašymai. Kuris iš jų tiksliausiai apibūdina dalį kristalografinio struktūros nustatymo eksperimento eigos?Pirmas:Spinduliai yra generuojami katode rentgeno spindulių vamzdyje. Katodas yra kaitinamas, o "išlėkę" elektronai yra pagreitinami iki tam tikro lygio. Kai elektronai turi pakankamai energijos, kad galėtų išmušti tiriamos struktūros vidinių orbitalių elektronus, gaunamas rentgeno struktūrinei analizei charakteringas vaizdas/spektras, kuris toliau analizuojamas.Antras:Spinduliai yra generuojami anode, kuris yra rentgeno spindulių vamzdyje. Anodas yra kaitinamas, o išlėkę elektronai yra pagreitinami iki tam tikro greičio. Kai elektronai turi pakankamai energijos, kad galėtų išmušti tiriamos struktūros vidinių orbitalių elektronus, gaunamas rentgeno struktūrinei analizei charakteringas vaizdas/spektras, kuris toliau analizuojamas.TrečiasSpinduliai yra generuojami specialiaus aparato, vadinamo goniometru. Šiuo vamzdžiu sugeneruoti UV spinduliai "praeina" pro turimą kristalą (ar kitą medžiagą, kurios struktūra tiriama) ir vietose, kur yra atomai, lieka juodi taškai, o visur kitur - fono spalva nepasikeičia.
A) Pirmas
B) Antras
C) Trečias
ANSWER: A
Jaunasis kristalografas Martynas išsprendė jūsų struktūrą (baltymą) bei pateikė jums baltymo struktūrinę informaciją PDB formatu. PDB bylos ištrauką matote toliau. Ar struktūra atrodo patikimai išspręsta? (pats PDB failas formaliai yra teisingai, jame nėra sintaksės klaidų).[PDB]
A) Remiantis pateiktais duomenis, struktūros sprendimas atrodo geras
B) Remiantis pateiktais duomenimis, struktūra nėra išspręsta visiškai teisingai - įtartimus kelia koordinatės
C) Remiantis pateiktais duomenimis, struktūra nėra išspręsta visiškai teisingai - įtartimus kelia užimtumo reikšmės
D) Remiantis pateiktais duomenimis, struktūra nėra išspręsta visiškai teisingai - įtartimus kelia temperatūriniai faktoriai
ANSWER: C
Kokia struktūra pavaizduota piešinėlyje[Testukas_I_lakstas1.jpg]
A) Antilygiagretus beta lakštas
B) Lygiagretus beta lakštas
C) Alfa spiralė
D) Kilpa
ANSWER: B
Kokia struktūra pavaizduota paveiksliuke? [Testukas_I_lakstas2.jpg]
A) Antilygiagretus beta lakštas
B) Lygiagretus beta lakštas
C) Alfa spiralė
D) Kilpa
E) z spiralė
ANSWER: A
Kokia struktūra pavaizduota paveiksliuke? [Testukas_I_lakstas3.jpg]
A) Antilygiagretus beta lakštas
B) Lygiagretus beta lakštas
C) Alfa spiralė
D) Kilpa
E) z spiralė
ANSWER: B
Kokia struktūra pavaizduota paveikslėlyje? [Testukas_I_lakstas4.jpg]
A) Antilygiagretus beta lakštas
B) Lygiagretus beta lakštas
C) Alfa spiralė
D) Kilpa
E) z spiralė
ANSWER: A
Kurios eilutės PDB faile yra neteisingos? (laikykite, kad pirmoji eilutė yra teisinga)[pirmas]
A) Visos eilutės teisingos
B) Neteisinga antra (ATOM 162)
C) Neteisinga trečia (ATOM 163)
D) Neteisinga ketvirta (ATOM 164)
E) Neteisinga penkta (ATOM 165)
F) Visos neteisingos
ANSWER: A
Tretinę baltymo struktūrą sudaro daug antrinių struktūrų, tarp kurių išsidėstymo galima pastebėti tam tikrą dėsningumą: daugiausia struktūros išsidėsčiusios pakaitomis, t.y. alfa-beta-alfa-beta ir t.t. (alfa - alfa spiralė, beta - beta klostė/lakštas). Kokiai SCOP klasei priskirtumėte tokį baltymą?
A) Alfa
B) Beta
C) Alfa plius beta (a+b)
D) Alfa štrich beta (a/b)
ANSWER: D
Tretinę baltymo grandinę sudaro 16-olika iš eilės einančių antrinių struktūrų - alfa spiralių. Kokiai SCOP klasei priskirtumėte šį baltymą?
A) Alfa
B) Beta
C) Alfa plius beta (a+b)
D) Alfa štrich beta (a/b)
ANSWER: A
Tretinę baltymo grandinę sudaro 12-ika iš eilės einančių antrinių struktūrų - beta lakštų. Kokiai SCOP klasei priskirtumėte šį baltymą?
A) Alfa
B) Beta
C) Alfa plius beta (a+b)
D) Alfa štrich beta (a/b)
ANSWER: B
Gavote užduotį surasti dešimt baltymų, kuriuose vyrautų antilygiagretūs lakštai (antrinės struktūros). Kurioje SCOP klasėje ieškosite šių baltymų?
A) Alfa
B) Beta
C) Alfa plius beta (a+b)
D) Alfa štrich beta (a/b)
E) Ieškočiau ne SCOP, o PDB duomenų bazėje.
ANSWER: C
Gavote užduotį surasti dešimt baltymų, kuriuose vyrautų lygiagretūs lakštai (antrinės struktūros). Kurioje SCOP klasėje ieškosite šių baltymų?
A) Alfa
B) Beta
C) Alfa plius beta (a+b)
D) Alfa štrich beta (a/b)
E) Ieškočiau ne SCOP, o PDB duomenų bazėje.
ANSWER: D
Norite surasti kokį nors baltymą, kuriame būtų gausu antilygiagrečių beta lakštų. Kurioje SCOP klasėje ieškotumėte tokio baltymo pavyzdžių?
A) Alfa
B) Beta
C) Alfa štrich beta (a/b)
D) Alfa plius beta (a+b)
E) Alfa minus beta (a-b)
ANSWER: D
Norite surasti kokį nors baltymą, kuriame būtų gausu lygiagrečių beta lakštų. Kurioje SCOP klasėje ieškotumėte tokio baltymo pavyzdžių?
A) Alfa
B) Beta
C) Alfa štrich beta (a/b)
D) Alfa plius beta (a+b)
E) Alfa minus beta (a-b)
ANSWER: C
PDB failų semantikai aprašyti ir duomenų failams automatiškai tikrinti naudojami:
A) XML formato žodynai
B) PDB formato žodynai
C) CIF formato žodyna
D) Pagal PDB formato dokumentaciją parašytos programos
ANSWER: D
1. Koks bus pavaizduoto peptido krūvis vandens tirpale, esant neutraliam pH?[peptidas]
A) Teigiamas
B) Neigiamas
ANSWER: B
1. Koks bus pavaizduoto peptido krūvis vandens tirpale, esant neutraliam pH?[Peptidas]
A) Teigiamas
B) Neigiamas
ANSWER: A
Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, sumažėjo 30 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
A) Vandenilinės jungties susidarymas
B) Vandenilinės jungties nutrūkimas
C) Kovalentinės jungties susidarymas
D) Kovalentinės jungties nutrūkimas
E) Van der Valso sąveikos susidarymas
F) Van der Valso sąveikos nutrūkimas
ANSWER: B
Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, padidėjo 2 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
A) Vandenilinės jungties susidarymas
B) Vandenilinės jungties nutrūkimas
C) Kovalentinės jungties susidarymas
D) Kovalentinės jungties nutrūkimas
E) Van der Valso sąveikos susidarymas
F) Van der Valso sąveikos nutrūkimas
ANSWER: E
Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, padidėjo 30 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
A) Vandenilinės jungties susidarymas
B) Vandenilinės jungties nutrūkimas
C) Kovalentinės jungties susidarymas
D) Kovalentinės jungties nutrūkimas
E) Van der Valso sąveikos susidarymas
F) Van der Valso sąveikos nutrūkimas
ANSWER: A
Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, sumažėjo 2 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
A) Vandenilinės jungties susidarymas
B) Vandenilinės jungties nutrūkimas
C) Kovalentinės jungties susidarymas
D) Kovalentinės jungties nutrūkimas
E) Van der Valso sąveikos susidarymas
F) Van der Valso sąveikos nutrūkimas
ANSWER: F
Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, sumažėjo 300 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
A) Vandenilinės jungties susidarymas
B) Vandenilinės jungties nutrūkimas
C) Kovalentinės jungties susidarymas
D) Kovalentinės jungties nutrūkimas
E) Van der Valso sąveikos susidarymas
F) Van der Valso sąveikos nutrūkimas
ANSWER: D
Įvedus mutaciją į baltymą, jo sąveikos su ligandu energija, stebima eksperimente, padidėjo 300 kJ/mol. Laikykite, kad sąveikos energijos pokytį galima paaiškinti porinės sąveikos tarp dviejų atomų pokyčiu; jokių daugiau pokyčių komplekso ar atskirų molekulių struktūrose neįvyko.Koks procesas, tikėtiniausia, gali paaiškinti stebimą energijos pokytį?
A) Vandenilinės jungties susidarymas
B) Vandenilinės jungties nutrūkimas
C) Kovalentinės jungties susidarymas
D) Kovalentinės jungties nutrūkimas
E) Van der Valso sąveikos susidarymas
F) Van der Valso sąveikos nutrūkimas
ANSWER: C
Tegul A -- reali simetrinė matrica. Laikykime, kad l[i] yra jos tikrinių (nuosavų) verčių masyvas. Kam bus lygios šios matricos kvadrato, Q = A*A, tikrinės vertės? (žymėjimai: * -- matricų sandauga, ** -- kėlimas kvadratu, sqrt(x) -- kvadratinė šaknis iš x):
A) l[i] ** 2
B) sqrt(l[i])
C) 1/l[i]
D) 1/l[i]**2
E) 1/sqrt(l[i])
ANSWER: A
Tegul A -- reali simetrinė matrica. Laikykime, kad l[i] yra jos tikrinių (nuosavų) verčių masyvas. Kam bus lygios šios matricos kvadratinės šaknies Q, A = Q*Q, tikrinės vertės? (žymėjimai: * -- matricų sandauga, ** -- kėlimas kvadratu, sqrt(x) -- kvadratinė šaknis iš x):
A) l[i] ** 2
B) sqrt(l[i])
C) 1/l[i]
D) 1/l[i]**2
E) 1/sqrt(l[i])
ANSWER: B
Kokias savybes visada turi reali simetrinė matrica?
A) Ji lygi savo transponuotai
B) Ji lygi savo atvirkštinei
C) Ji lygi sau pačiai
D) Jos visos tikrinės vertės menamos
ANSWER: A
Kokias savybes visada turi reali simetrinė matrica?
A) Jos visos tikrinės (nuosavos) vertės realios
B) Ji lygi savo atvirkštinei
C) Jos visos tikrinės vertės menamos
D) Jos visos tikrinės (nuosavos) vertės nelygios nuliui
ANSWER: A
Kokias savybes visada turi reali simetrinė matrica?
A) Iš jos tikrinių vektorių galima sudaryti ortoginalią bazę
B) Jos tikriniai vektoriai yra tiesiškai priklausomi
C) Jos visos tikrinės vertės menamos
D) Jos visos tikrinės (nuosavos) vertės nelygios nuliui
ANSWER: A
Kam lygi vektoriaus _triguba_ vektorinė sandauga su juo pačiu? T.y., jei A, B ir C yra vektoriai, o ([A x B] · C) žymi vektorinę sandaugą, kam lygu ([A x A] · A)?
A) Nuliniam vektoriui
B) 0 (skaliarui)
C) 2a
D) -a
E) 1 (skaliarui)
ANSWER: B
Kam lygi vektoriaus vektorinė sandauga su juo pačiu? T.y., jei A ir B yra vektoriai, o [A x B] žymi vektorinę sandaugą, kam lygu [A x A]?
A) Nuliniam vektoriui
B) 0 (skaliarui)
C) 2a
D) -a
E) 1 (skaliarui)
ANSWER: A
Kaip pasikeičia vektorinė sandauga po veidrodinio atspindžio operatoriaus pritaikymo (x,y,-z, atspindys veidrodžio plokštumoje x-y)?
A) Vektorinė sandauga pakeičia ženklą
B) Vektorinė sandauga nepasikeičia
C) Vektorinė sandauga tampa 0 (nuliniu vektoriumi)
D) Vektorinė sandauga padvigubėja
E) Vektorinės sandaugos modulis sumažėja perpus
ANSWER: A
Kaip pasikeičia vektorinė sandauga po posūkio operatoriaus pritaikymo (-x,-y,z, 180 laipsnių posūkis aplink z ašį)?
A) Vektorinė sandauga pakeičia ženklą
B) Vektorinė sandauga nepasikeičia
C) Vektorinė sandauga tampa 0 (nuliniu vektoriumi)
D) Vektorinė sandauga padvigubėja
E) Vektorinės sandaugos modulis sumažėja perpus
ANSWER: B
Tebūnie A ir B – du vektoriai trimatėje erdvėje, a ir b – šių vektorių ilgiai, |a| – skaičiaus a modulis, [A x B] – vektorių vektorinė sandauga, (A · B) – vektorių skaliarinė sandauga, a * b – dviejų skaičių sandauga (kaip C programavimo kalboje).Vektorinės sandaugos modulį |[A x B]| galime suskaičiuoti pagal formulę:
A) |[A x B]| = a * b * sin(γ)
B) |[A x B]| = a * b * cos(γ)
C) |[A x B]| = a * b
D) |[A x B]| = (A · B) / (a * b)
ANSWER: A
Kampą tarp dviejų plokštumų galime suskaičiuoti kaip:
A) Kampą tarp tų plokštumų normalių (t.y. statmenų vektorių)
B) Kampą tarp bet kurių tose plokštumose gulinčių vektorių
C) Kampą tarp plokštumos normalų sumos ir vektoriaus, gulinčio susikirtimo tiesėje
ANSWER: A
Kampą tarp dviejų plokštumų galime suskaičiuoti kaip:
A) Kampą tarp tose plokštumose gulinčių vektorių, statmenų susikirtimo tiesei
B) Kampą tarp bet kurių tose plokštumose gulinčių vektorių
C) Kampą tarp plokštumos normalų sumos ir vektoriaus, gulinčio susikirtimo tiesėje
ANSWER: A